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百万人民反贪倒扁运动或称反贪腐倒扁运动、倒扁红衫军运动，为2006年8月12日起由民主进步党前主席施明德于台湾发起政治诉求运动，要求时任民进党籍的中华民国总统陈水扁应为国务机要费案、其亲信及家人相关的诸多弊案负责，并主动下台。
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2006年起，陈水扁政府爆发许多贪污事证，并且导致台湾社会上的议论与抗争。施明德呼吁群众，一个人捐献新台币100元的承诺金及身分证字号，承诺愿支持反贪倒扁的运动；原本预计一个月的工作天来汇集100万人的承诺金支持，结果10天内汇集了约130万人的汇款。最终结帐金额约为新台币1.1亿元。
施明德所主导的“百万人民反贪倒扁运动总部”在汇集超过100万人的支持后，于是号召2006年9月9日起群众在台北市凯达格兰大道与台北车站广场等地进行静坐、游行等街头示威。
而当时的扁政府在陷入空前危机时，曾经担心发生像泰国红衫军的军事政变，因此在玉山官邸宴请军方以及情治系统官员时，要求希望能稳定浮动的民心，更表达希望军情治系统一定要中立的立场，避免在危急关头再生事端。因此国防部长李杰更是直奔衡山指挥所紧急下令，由各司令部限制所有国军官兵不得参与凯道前的静坐活动，还要签署切结书，一旦发现违反，不论官阶、身分，一律严惩。由于部份反贪腐倒扁总部领导层为先前的泛绿人士，支持群众则多泛蓝支持者，即媒体称之“绿头蓝身”现象。
活动最后因久拖未决，以及红衫军内哄、施明德用款帐目不清引发社会质疑后几近消声。2007年底，反贪腐总部的部份核心干部组成“红党”，转而以组织政党取得国会一席之地，但终并未取得任何席位。
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2005年8月爆发的“高雄捷运外劳弊案”，从此之后总统陈水扁周遭人士也陆续传出了多起贪污弊案，部分台湾媒体称之为“一妻、二秘、三师、四亲、五总管”[1]，主要有总统女婿赵建铭涉及的内线交易案、总统夫人吴淑珍被控收受太平洋Sogo百货的礼券并介入该公司经营权之争[2]、炒作股票、总统府的国务机要费案等，让陈水扁的声望不断下跌。
2006年6月，国民党籍立法委员丁守中与亲民党籍立法委员吕学樟等人，以“财政崩盘”、“毁宪乱法”为由，分别提出“对陈水扁总统提出罢免案”，并获得国民党与亲民党全部党籍立法委员连署，超过提案门槛，交付立法院表决。于2006年6月27日表决时，民进党党团限制党籍立委不进场投票，台联则动员集体投废票，因此虽然中国国民党、亲民党及无党籍立委皆投赞成票，但仍未超过三分之二立法委员同意之法定门槛，该总统罢免案不成立，因此依法无法再举行罢免总统之公民投票[3]。
之后，施明德在2006年8月7日，写了一封《给总统陈水扁的信函》，希望总统陈水扁能主动辞职下台。
由于未获得总统陈水扁的正面回应，2006年8月10日施明德提出“百万人民倒扁运动”，并于2006年8月12日在台北市228和平纪念公园举行记者会，宣布成立“百万人民倒扁运动总部”，同时呼吁民众每人捐新台币100元的方式，当捐款累计至一亿元时，代表有一百万人参与捐款，而他也会随即开始策划长期的静坐抗议活动。2006年8月14日开始捐款，三个“百万人民倒扁运动承诺金帐户”约十天后即突破一亿元，并于2006年8月25日停止接受汇款，最后统计的结帐金额为新台币1亿1,121万1,563元。
中华民国内政部曾对这次捐款活动提出合法性质疑，认为其可能违反《政治献金法》的规定[4]。监察院则去函该活动主办单位要求说明募集款项性质，并指出违法与否的认定与裁罚，仍待第四届监察委员上任后组成的廉政委员会决定[5]。
之后，施明德开始受到民进党人士质疑其真正的倒扁动机，是否与北京势力幕后操控有关，针对此事，施明德与许博允控告王世坚毁谤，正在法院诉讼当中。倒扁总部发言人知名社运人士贺德芬2006年8月18日则表示，施明德是到泰国取经，观察群众运动[6]。
2006年8月21日立委王世坚及林国庆爆料施明德接受陈由豪馈赠位于台北县汐止市（今新北市汐止区）的一百70坪3,000万豪宅，质疑他发动倒扁的正当性。但该房地产是施明德于2001年自行购买。施为此向法院提起毁谤告诉。2008年1月21日台北地方法院判决王世坚败诉[7][8]。
总统陈水扁则表示，做不好总会下台，但要依据民主政治原则与《中华民国宪法》规定，采取不理性的流血抗争是民主退步。而总统府国务机要费的使用、总统官邸的用人问题，是转型期的后遗症，就是要改的[9]。并表示总统职位一定会做到2008年5月20日[10]。 陈水扁他说，静坐的诉求，我们都已经听到了，但也强调，任何质疑事涉不法的事件，都应该尊重司法的调查判断。
倒扁总部于2006年9月5日召开记者会宣布由总召集人施明德担任总指挥，台湾促进和平基金会执行长简锡堦担任执行副总指挥。而此时出访帛琉的陈水扁则批评：倒扁运动是打著道德与政治责任的大旗，行斗争之实。对于民调支持度低，阿扁则以“民意如流水，不要太在意”回应[11]。
施明德于静坐开始的前一天发表了“九九运动宣言”，呼吁台湾人民涌上凯达格兰大道，“终结民进党政权”[12]。
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2006年9月9日，反贪倒扁行动登场，民众集结于总统府前的凯达格兰大道进行静坐。当时的台北市市长马英九破例核准其24小时的集会游行，且在静坐期间与当时的国民党台北市长参选人郝龙斌数度前往赠送早餐表达支持，并在现场陪同静坐。倒扁总部发言人范可钦表示，民众不散，倒扁行动就不会解散。持续几天的静坐中，有学生上台呐喊倒扁口号，甚至让孩童上台朗诵倒扁诗； 有人供应免费的餐点， 晚上则有艺人演唱会，其中女高音吕丽莉教授以义大利美声唱法，和著名的民歌音乐家胡德夫，每日演唱“美丽岛”歌曲。现场民众也自发性高唱多首爱国歌曲。
并宣称有大量现场值勤之军警人员趁休息时间加入倒扁活动。
首日静坐人数，各报章媒体及政府机关的认定，有相当的数据落差。台北市政府警察局认为有9万馀人[13]。倒扁总部则宣称有30万人[14]美国CNN及英国路透社报导称3~5万人[15]。
总统陈水扁于2006年9月9日回到家乡台南县官田乡时强调：“阿扁不会倒，因为台湾不会倒，台湾的民主自由法治之路也不会倒。大家要加油，阿扁要加油，台湾要加油。人家说要反贪腐，阿扁完全支持和赞成，但反贪腐要先反对台湾有史以来最大贪腐集团。国民党过去不公不义取得、霸占台湾人民的财产，要还给国家。”
此举动被认为是推卸责任，也试图将自己与“台湾”此一意识做连结。
许多国际媒体对此活动加以报导，其中美国CNN报导数万名台湾群众上街要求总统下台，并提及人数落差[16]。华盛顿邮报一篇发自台北的观察表示，总统陈水扁有来自党与独派人士的支持，不太可能提早下台。新加坡电视台以头条新闻报导：大约20万的民众占据街头，他们多半穿红衣，来表达他们的愤怒。香港的凤凰卫视以连线报导作第一手观察，将凯达格兰大道的现场状况传递给部份中国大陆和香港的民众了解。中东世界的半岛电视台除了报导台湾倒扁民众对总统陈水扁贪腐忍无可忍之的观感外，还引述专家看法认为总统陈水扁不会下台[17]。
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2006年9月15日，倒扁活动撤离凯达格兰大道的同时，倒扁总部发动“萤光围城”游行（又称围城之夜），随后并违法占据台北车站继续静坐。活动原定晚间7时登场，因为人潮太多，倒扁总部提前1小时，在傍晚6时正式出发，施明德车队在晚间7时45分抵西门町，第三波围城群众，晚间7时55分已从凯道出发。晚间6时的萤光围城游行，由公园路（台北宾馆门口）出发，沿襄阳路、怀宁街、衡阳路、中华路、和平西路、南海路、泉州街、宁波西街、罗斯福路、中山南路、凯达格兰大道、公园路、襄阳路、馆前路、台北火车站站前（交七）广场集会。游行十分热门，途中有不少妇女及穿著制服的高中生高喊“阿扁下台”。在凯道旁的古迹台北宾馆被喷“倒扁”、“死扁”、“屎扁”的绿漆，相关单位赶紧贴上告示，盼群众不要伤害古迹建筑[20]。
依据台北市警察局估计，该次游行约有36万人参加[21]；倒扁总部宣称超过百万人[22]；台北捷运公司统计单日总运量高达151万人次[23]。
红衫军围城之夜后，台湾各地陆续发生零星冲突事件，多人受伤。
- 2006年9月16日由台湾社所主办“我们在向阳的地方”的挺扁大会，在凯达格兰大道登场。现场曾发生挺扁群众拆除并攻击中天新闻台的户外转播棚与工作人员，一旁的东森电视主播台也遭到攻击，一位民视摄影记者也因身穿红衣而遭到追逐、殴打[24]。
- 同日集会结束后，民进党台北县妇女团体“水当当联谊会”会长欧怡伶，在台北车站准备搭车回家，遭身穿红衣男子偷袭痛殴，送医救治。警方认为是倒扁群众所为[25]。
- 2006年9月18日，倒扁高雄办事处三度申请在高雄市三民区十全跳蚤市场的倒扁集会未获路权，改以“倒扁泡茶广场”进行。遭到众多挺扁人士包围，双方隔著警方拒马叫阵，拒马在深夜十一时许被挺扁群众推倒，双方爆发冲突，因此多人受伤[26]。零时十五分高雄市政府警察局出动警备车，强制带走红衫军，结束了这场长达六小时的流血冲突[27]。当晚双方负责人都是未获原属政党提名的高雄市议员参选人[28]。
- 同日三位民众于台南市政府倒扁静坐活动会场外聚众抗议，因高喊“冲啊！”并攀爬拒马。事后警方依妨害公务罪名将三人移送法办[29]。
- 2006年9月19日，台南市议员自行发起之倒扁静坐活动在台南市议会、台南市政府前广场举办，亦发生挺扁与倒扁民众互呛的场面。挺扁民众丢掷东西击中香港亚视记者、并朝TVBS采访车丢石块[30]。而一名驾著红色自小客车、身穿红衣的女子，在离开附近的停车场准备回家的时候，遭到数百名挺扁人士追逐攻击砸毁汽车并敲碎车窗玻璃，警方则从现场带回三名滋事者[31]。22时后合法集会时间截止，倒扁民众在警车强制护送下离开现场。
- 2006年9月20日，台南市倒扁静坐活动再次开始。此次台南市政府警察局动用优势警力维持秩序，逮捕12名滋事者[32]。此后直至2006年9月21日22时场地租借到期，集会未见冲突。
- 2006年9月20日，由“反贪腐联盟”所举办的倒扁晚会于屏东车站举行，倒扁和挺扁群众发生数波的口角冲突，但因警方的强势驱离和隔离措施而未酿成暴力事件，整个活动平安落幕。
由于连日爆发激烈群众冲突，致使警政署署长侯友宜分别对高雄市政府警察局局长蔡以与台南市政府警察局局长王文忠各记一次大过。
反贪倒扁运动总部决策委员、律师魏千峰2006年9月21日表示，民视反复播出一则内容有关倒扁运动计画与中共经典歌曲〈桂花遍地开〉[33]歌词雷同的新闻，刻意扭曲运动本质，倒扁总部已侧录搜证，日内将对民视提出诉讼。
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倒扁总部发起“环岛遍地开花”行动，于2006年9月29日下午4时许，由总指挥施明德率队启程出发，首站在新竹孔庙前集会[34]，晚上在台中仙福堂过夜[35][36]。
2006年10月1日，环岛倒扁到云林，发生云林县警察局虎尾分局侦查队长刘天下过劳死的意外[37]，云林县长苏治芬感到愧疚，内政部长李逸洋抨击倒扁行动要适可而止，否则会有更多警力负担。施明德回批，这是在“牵拖”[38]。警政署警监督察金浩明指出刘天下的工作与个性符合过劳死发生的高危险族群的特征[39]，认为如果总统陈水扁能够遵守诺言，在第一次政策失败时下台，这场悲剧即可避免。也有相当的声浪质疑，警政署在制度上及统调上也有缺失，无法应付任何日常规律外的状况。
倒扁环台车队于2006年10月5日下午到达宜兰河滨公园，一名抗议者拿著鸡蛋砸向游览车，并动以粗话，当时车内的倒扁民众已经下车，而现场人员亦强力制止倒扁民众，所以没有造成进一步的冲突[40]。
2006年10月6日中秋夜，反贪倒扁总部“遍地开花”前往外县市活动。
2006年10月8日，施明德宣布要把“反罢免”的绿营立委罢免[41]；但倒扁总部的干部们纷纷表示这个方法不可行，不但模糊了焦点，也让受到党团下令禁止罢免的绿营立委展开空前的团结气势[42]。
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2006年10月10日双十节，当天的国庆大典上，国民党立委于总统致词时，在观礼台上高呼倒扁口号及比划倒扁手势，因而与民进党立委发生肢体冲突。而亲民党主席宋楚瑜则穿著红西装带领亲民党立委于典礼中途退席，在府前的重庆南路上游走，立委刘文雄则趁三军仪队正通过观礼台时突然窜入队伍中，与安全人员大玩追逐游戏。最后由国民党立委手持布条自成一队，高呼倒扁口号经过观礼台，与三军仪队交错而过。观礼台上的外宾则是非常讶异，纷纷拍照留念。事后亲民党立委黄义交认为，不如此激情演出，不足以表达在野党的强硬立场[43]。
倒扁总部则在当天发动“天下围攻”，此活动并未经合法申请。上午的活动当中，发生了民进党立委林国庆、李明宪等人前往总统府参加国庆大典途中遭到红衫军攻击[44]，阻扰宪兵机车连部队进场，大典结束后包括行政院长等挺扁政府官员及应邀参加国庆大典外宾的座车遭红衫军民众拍打等事件[45]。
事后行政院长苏贞昌批评红衫军没有遵守向立法院长王金平所作的“国庆不闹场”之承诺，同时更让外宾进出车辆遭拍打惊吓[46]。民进党主席游锡堃批评泛蓝和倒扁群众刻意破坏国家庆典，让国庆日变成国耻日。负责筹备国庆活动的立法院长王金平则说，这是台湾社会多元化的一面，不必太大惊小怪，大家过了就好[47]。而美国在台协会台北办事处处长杨甦棣应邀出席国庆大典，对此大闹国庆大典的现象感到相当不可思议，并反问：“大家不都是应该要有礼貌吗[48]？”
下午，倒扁红衫军突然改变路线，转往忠孝东路，朝台北东区的SOGO商圈游行并就地静坐，所到之处百货公司与各行业商家业绩较往常萎缩，有观点认为生意人成为最大受害者[49]。晚上，红衫军并持续占据忠孝西路[50]。
直到2006年10月11日凌晨四点，占据忠孝西路的倒扁民众遭警方强制驱离。晚间，有不满的红衫民众以大字报问施明德，警方在执行驱离时，施人在哪里[51][52]？
倒扁总部申请集会时曾签下14条限制的切结书，但进行天下围攻时，并未遵守[53]。而news98节目与倒扁总部连线，让总部带领红军群众高呼口号，接收总部指令。国家通讯传播委员会官员指出，电台行为是否违法，将交由检调认定[54]。
台北警方国庆日当天表示：中午12时国庆庆典结束时，倒扁参与人数达到最大值，倒扁总部宣称150万人，而警政署估计约只有12万人，不过根据自立晚报报导，也有警察私下估计，应该有超过30万。
总统陈水扁在国庆大典演讲时表示，庆祝国家的生日方式很多，但任何的强制动员或非自愿的出席，都不应该继续存在，建议明年以后不再举办国庆庆典[55][56]。王金平则表示，明年的事明年再说。
针对“天下围攻”事件，之前曾有媒体反应：“受天下围攻影响，国庆日当天台北捷运通勤族可能受到影响，早上6点开始，台大医院站和小南门站全站关闭，列车过站不停；中正纪念堂站则是部分出口封闭。上述这样的措施是史上头一遭[57]。”以及“由于倒扁总部发起天下围攻的关系，使得国庆大典相当敏感”。
台北市警察局中正一分局停止倒扁总部所申请从2006年10月14日至2006年10月27日期间，在凯达格兰大道的集会申请[58]，而倒扁总部也正式宣布，2006年10月14日开始将缩小活动规模，等待高检署检察官陈瑞仁对国务机要费案的侦查结果出炉后，再决定下一步行动。
民进党中常会于2006年10月11日提出“倒扁总部十大贪腐名单”，讽刺倒扁总部对反贪腐采双重标准。施明德则反讥民进党模糊焦点[59]
倒扁运动进行超过一个月，反倒扁人士促其公布帐目[60]。2006年10月13日，反贪倒扁总部公布2006年9月9日至2006年10月2日的财务状况，募得1亿1,100多万元承诺金已支出4,178万馀元，结馀6,262万馀元[61]。
- 倒扁总部规划3个方向，将倒扁活动推入第二阶段。此3个方向包括：
- (1)施明德领军深入校园与青年学子谈民主。
- (2)推动反贪腐法案。
- (3)罢免支持陈水扁的立法委员[62]。
- 倒扁总部在推动反贪腐立法方面的诉求包括：倒扁总部列出大批法案，其中包括要求政党财产清查和处理相关草案尽快付委。要求修订《贪污治罪条例》，增订财产来源不明罪，并可溯及既往；扩大公职人员财产申报范围到二亲等，并提高罚则等等。[63]
由总统陈水扁国务机要费案，民进党立委也指出台北市长兼中国国民党主席马英九的市长特支（特别）费，疑有使用他人发票报帐之情事，马英九本人也在2006年11月14日遭查黑行动中心检察官侯宽仁传讯，后因特别费是首长实资薪资的一部份是各县市施行已久的情况而获判无罪。而当时施明德及多数反贪腐运动支持者并未对此案件以相同程度的关注检视，使运动逐渐式微。
施明德本人在2006年12月5日宣布自囚直至总统陈水扁下台、或卸任为止。闭关前，施明德呼吁12月9日的直辖市长选举时，人民应投票给泛蓝候选人，或是废票。仍维持倒扁活动的红衫军民众，则移至台北市重庆南路一段141号的办公店面室内，做为倒扁总部会场，并取名“红衫军之家”。
目前国务机要费案已经转由司法审理，倒扁总部宣称运动暂时休兵，转为监督司法的执行。目前的行动包括由红衫军之家的民众每周五晚间至地检署点蜡烛，合唱倒扁主题歌曲“红花雨”等。
施明德不在台湾接受治疗、出国看病，红杉军失去精神领导。施明德之后虽然回台，但是帐目风暴仍是疑云重重。
2007年3月7日，倒扁阵营召开法律研讨会。但部分红衫军闹场，原本施明德预计出席，因此取消。
红衫军不满施明德倒扁未成、以及施批评红军“每天守在红衫军之家都在喝酒”。并要告要施明德诈欺及背信，表示已经有200人连署。最后表示：“阿扁不死，他（施明德）死[64]！”
倒扁总部在募得亿元资金后，帐目不透明化一直备受外界质疑。倒扁行动后期经费宣称已耗费八千多万元，但总部并未提出具公信的支出明细及会计师签证，而总部先前宣称每位干部及义工皆未收取分毫薪资的说法，也在四百多万的薪资帐目曝光后无法解释。
由于施明德曾经以高姿态的不屑口吻声称参与红衫军民众是“泡茶喝酒的游民”等言论，加上总部资金花费迅速却又无法取信大众。2007年3月18日，部分红衫军以措辞强烈的公开信方式，批判施明德“独断独行与蛮横”、“在做诺贝尔和平奖的春秋大梦”[65]
2007年9月，前立委林正杰另组“红衫军自主公民协会”，并与台大教授黄安国的民主行动联盟结盟，两者形同正式决裂。
2007年9月9日，倒扁总部重返凯道，举办烛光晚会，晚上6点起进入高潮。动员30万支蜡烛，利用蜡烛排出“屁”字 [66]。2006年“阿扁下台”的倒扁口号，变成“阿扁放屁”。原本是要用蜡烛围在外围，里头镂空排成一个耻字。耻这个字因为是完全中空，中间没有了，就是代表了无耻。实际评估考量后，发现蜡烛排列效果不理想因此放弃。 [67] 第二天蜡油留下难以清除的痕迹，台北市政府只好挖掉重铺，并向主办单位求偿复原费用[68]。
- 泛蓝立委提出的第二次罢免总统案，2006年10月14日经立法院院会记名投票，由于民进党团禁止立委进立法院投票，致使罢免案再度失败，相较于上次罢免案，这次同意票少了三票，还出现了反对票[69]。
- 为避免民进党政府屡遭羞辱，近70位朝野立委发动连署，准备提案迁都中南部，国民党立委翁重钧与张硕文也列名连署，引人注目。台联立委刘宽平表示，迁都可促进均富发展，思考这件事要有突破性[70][71]。
- 天下围攻后政治人物的声望满意度，出现新的洗牌，立法院长王金平满意度56%，位居政治人物之冠，原本总是第一名的马英九却下降了6个百分点，满意度52%，位居第二，陈水扁则上升了3个百分点[72]。
- 2006年10月19日台大医院院务会议以57票反对，1票赞成，1票弃权，否决了赵建铭的复职申请[73]。
- 倒扁运动部份行为遭到美国在台协会台北办事处处长杨甦棣于官方记者会中批判，杨甦棣甚至直接以中文表达对部分反扁行为的负面评价[74]。
- 红衫军休兵、而后中国国民党主席马英九遭到起诉，让总统陈水扁评估已经过关，大动作抢回主导权，2006年5月31日曾经宣布权力下放，付予阁揆苏贞昌更大的空间，但事隔五个月，总统陈水扁回复“扁苏例会”，似乎收回已经下放的权力[75]。
- 在泛蓝内部对中国国民党主席马英九的能力产生质疑之际，国民党籍台中市长胡志强，在最近的施政报告中，列出北市审计处指出的北市府施政缺失[76]。
- 施明德表示：倒扁运动不是只有拉阿扁下台，还要致力于建立台湾干净的政治空间，立法院应尽速将“党产条例草案”付委，同时以迳付二读方式修订贪污治罪条例、公职人员财产申报法、公务人员服务法等反贪腐法案，才是反贪腐运动最大宗旨[77]。
- 2006年10月25日国、亲因宋楚瑜参选台北市长出现裂痕，亲民党团不反对党产条例草案列入下次院会报告事项议程，故让在程序委员会遭封杀已经达101次的党产条例草案，第一次跨出程序委员会[78]。
- 由于“天下围攻”属于违法集会游行，台北地检署经过侦查终结，于2007年8月3日下午将包括施明德、简锡阶、魏千峰、沈智慧、李新、王丽萍、张富忠、范可钦、盛治仁、郭素春、李永萍、刘坤鳢、罗淑蕾、郑龙水、姚立明、林正杰等人在内的16人依违反集会游行法提起公诉，2009年2月20日一审宣判无罪。
- 2007年11月2日，台湾团结联盟发言人周美里发布新闻稿强调，前红衫军干部刘坤鳢并未担任台联任何职务，亦非该党义工，只是该党立委参选人请来帮忙的。周美里并批评，有人借此挑起纷争、抹红台联，却没有人批评前红衫军重要干部范巽绿参加民进党全国不分区立委党内初选。当时遭台联开除党籍的立委廖本烟、黄宗源向媒体爆料称刘坤鳢“数次进出台联党中央”。[79]
- “倒扁手势”是以拇指向下，其馀四指弯曲。表示对陈水扁贪腐行为的不满。社群间自称“倒赞帮”。
- 而与倒扁文化相抗衡的则有挺扁手势、施明德求饶衣、挺扁餐（便当中加香肠，表示想要阿扁任期长）、包扁食（表示“保护陈水扁”之意）、“挺扁月饼”（用抹茶皮，包上黑麻糬加上红色赤肉松，然后盖个拇指向上比的手势，加“挺扁”两字）等，此行为更强化了双方不由分说的对立态度。
- “挺扁手势”是由时任台北市第一选举区（第6届）立法委员萧美琴提出。为伸拇指、食指、小指，并弯下其馀二指表示“我爱你”。此手语出自“El Diablo”系统，创始人是海伦凯勒，另一种挺扁手势较简单，拇指向上，其馀四指弯曲。
倒扁人士及其支持者认为，倒扁运动所呼吁的是反贪腐精神，是普世价值的执政原则，倒扁人士对于执政团队以基本道德为标准[80]，掀起一股检视政府清廉程度的潮流，要求阿扁自动认罪下台，此活动是个政治道德运动，因此反对者不等待司法判决结果，但是其批评声音也不断，诸如道德大于法律程序、未审先判[81]，在法院未判定前就先假定总统陈水扁犯案，并且以道德为前提发动运动，并未等待司法判决结果，违反最基本的无罪推定原则。更有批评者指出，倒扁运动虽然高举着所谓“反贪腐”、“超越蓝绿”等旗号，可是当倒扁人群中有人喊“台湾国”，就被周围的红衫军人群痛骂，而施明德竟然还为此向红衫军人士道歉三次；而当红衫军高喊“中国国民党万岁”时，施明德却在这些红色人群中微笑。这足以证明，这场倒扁运动根本不是“超越蓝绿”、“反贪腐”，而是泛蓝国民党意识形态者发起的夺权运动。[82]
2006年10月23日，倒扁静坐总指挥施明德举行记者会要求立法院应尽速将“党产条例草案”付委，同时以迳付二读方式修订贪污治罪条例、公职人员财产申报法、公务人员服务法等反贪腐法案。 民进党内亦有人认为反贪腐最好的方式是建立制度[83]，尊重制度才不会走人治的回头路[84]。亦有人质疑倒扁群众的反贪腐，为何对象只是阿扁，却对国民党网开一面[85]；反对此说者反批：如果倒扁群众必须先反对国民党的贪腐才能反对民进党的贪腐，那么挺扁群众也必须先反对民进党的贪腐才能反对国民党的贪腐[86]。也有观点认为反贪腐运动用意很好，但看不到反贪腐运动的真正内容，完全不提制度，以为阿扁下台，贪腐就不来[87]。
有人将反贪腐运动定位为“新公民运动”及“自主公民进场”，是因为公民站出来，清楚拒绝政府与政客独占公共决策。公民对领导者的的无情与质疑，正是这个运动的价值[88]。民进党立法院党团干事长亦认为，这是一波“新公民社会运动”的开端，民进党应该懂得谦卑反省[89]。有一种观点认为，倒扁运动从一开始就已严重扭曲，媒体（市场力）与政党（政治力）直接介入，已失去其公民运动的本质，成为政治力与市场力的角力场，成为赤裸裸的政治斗争[90]。但也有人质疑，用“公民运动”一词的定义来否定倒扁运动，是分不清楚“主导”与“插花”的不同；而且，野百合学运也有政治力的介入。[91]
反贪腐运动引来许多争论，泛绿对于反贪腐运动有相当的负面评价；之后，反贪腐运动的行为则形同针对部份负面评价的对号入座。也因此，多数泛绿反扁人士都刻意与他们划清界限。
2008年1月12日立委选举及2008年3月22日总统大选中，民主进步党大败，政党再度轮替。
此后前总统陈水扁因多宗贪污罪被起诉、羁押、有罪判决并入狱。其中有些案件已经有罪定谳（例：“龙潭购地案”的收贿与洗钱，“陈敏薰买官案”，二次金改的“元大并复华案”），但也有一些案件无罪定谳（例：“辜仲谅政治献金案”，“侵占外交零用金案”），另一些案件检察官查无实据而不起诉结案（例：出访帛琉洗钱案）；此外，于2015年5月底还有“国务机要费案”、二次金改的“国泰并世华案”、“侵占国家机密公文案”等等案件尚在法院审理中[92]。
陈水扁在狱中遭受的待遇引起人们开始注意台湾监狱人权，因为不只是陈水扁，所有犯人遭受的待遇以国际标准来看都是极恶劣、极不人道的。例如囚房就算是最好的单人囚房，也不过3.5~4平方公尺大，某些监狱里（例如陈水扁所在的土城看守所）甚至没有床只能睡地板，牢房肮脏阴暗。监狱因超收犯人而过满，更加缩小了每个人平均可得的活动空间。
陈水扁在土城看守所的期间，可能归因于长期单独囚禁而罹患精神病、神经疾病与脑神经退化相关的运动失调症状（台北荣总：“重度忧郁症合并焦虑及多重身体化症状”[93]）。2013年4月19日移到台中监狱附设培德医院。
2015年1月5日核准保外就医一个月，陆续延长至今。
- 倒扁活动期间，各家电子媒体24小时播送反贪腐静坐报导，对此活动产生推波助澜的效果，在台湾社会产生一股反对泛绿的潮流。不过台湾媒体观察教育基金会认为不太适合如此，而过度关注这项政治运动，已经严重排挤其他重要社会民生及国际新闻。该会认为台湾并非“非蓝即绿”的社会，媒体不该沦为群众宣传品，应顾虑不同的社会立场与人民感受，呈现多元观点与价值[94]。
台湾社秘书长杨文嘉表示，倒扁静坐的主要助力是出在媒体而非施明德；他以不点名的方式说，近一个月来二家平面媒体、五家电视台透过版面、新闻画面大加报导倒扁静坐，提供约十二亿元的准广告。 - 当时的中时报系总主笔杨渡公开以“不敢动乱，倒扁免谈”为题，公开呼吁台湾应借由群众运动造成动乱，才能引起美国介入，促成倒扁的成功。被其他媒体批评“强调激进当成言论自由，更是成为‘分裂社会的元凶’”[95]。
- 媒体对倒扁及反倒扁相关新闻报导的处理，其中新闻专业程度也受到质疑。例如英国广播公司BBC驻台记者凯若琳葛拉克认为，台湾部分媒体处理倒扁新闻不够专业，过于重视周边花絮新闻[96]。
- 《总指挥的告白》2009年9月8日，施明德，财团法人施明德讲座基金会，ISBN 9789868552319
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