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米麹菌（学名：Aspergillus oryzae），又名米曲霉菌、米麹霉、麹霉菌或曲霉菌。日文名“麹菌”。米麹菌是一种带有菌丝（hypha）的真菌与霉菌，在东亚的中国与日本料理中经常被用来发酵大豆来制作酱油、味噌与甜面酱。而这种真菌在上述两个文化中也被用于糖化（saccharify）稻米、马铃薯、麦等粮食来发酵制作酒类，像是黄酒、清酒、泡盛与烧酎等等。除此之外，米麹菌这种真菌也被用在米醋（rice vinegars）的制作上，如日本的“合わせ酢”（awasezu）等。而由此种真菌产生出来的蛋白酶被诺维信（Novozymes）以“风味蛋白酶”（Flavourzyme）的名称于市场上销售。日本也将米麹菌认定为日本的“国菌”[2][3]。
其种加词“oryzae ”意为“稻米的”。
现接受名为黄曲霉（Aspergillus flavus Link, 1809）。
19世纪在日本东京医学校（即今日的东京大学医学部）任教的德国教师赫尔曼·阿勒堡（Herman Ahlburg）于以米为原料的清酒麹中分离出该菌体，并将其命名为“Eurotium oryzae”，其中种名“oryzae”即是来自于稻属的学名“Oryza”[4]。数年后，赫尔曼·阿勒堡感染上痢疾，而在1879年8月28日逝世。1884年，日本邀请的学者费迪南·朱里亚斯·孔恩将其从散囊菌属（Eurotium）移至麹菌属（Aspergillus），至今都是如此。
由于米曲霉和有害的黄曲霉的外观非常相似，所以米曲霉一度被西方的微生物学家将它与黄曲霉一并视为有害的霉菌，并认为是黄曲霉的近缘种[5]，该菌也导致了在食物安全的议题中的一场争论。后来认为米曲霉应该是黄曲霉的驯化类群，只是它的变种[6]。目前认为米麹菌属于黄曲霉一个群的亚群，并保留其种的分类地位[5]。
2004年，日本东北大学名誉教授一岛英治于《日本醸造協会誌》第99卷第2号中，提议将“麹菌”定为日本的“国菌”[7]。2006年10月12日，日本酿造学会大会上通过了将麹菌（Aspergillus oryzae）认定为日本的国菌[8]。
米麹菌的基因组研究于2005年晚期[9]由日本的制品评价技术基盘机构（製品評価技術基盤機構）所发表[10]。8条染色体总共包括了约3700万个碱基对与1万2千个已经被预测出来的基因。与另外两个同属于麹菌属（Aspergillus）（基因模式生物的小巢状麹菌〔Aspergillus nidulans〕与致病的薰烟麹菌〔Aspergillus fumigatus〕）相比，米麹菌的基因组要大大约三分之一[11]。根据预测,米麹菌许多额外的基因和二次代谢物（secondary metabolism）有关。这个被定序的菌株被称为“RIB40”或者是“ATCC 42149”，这个菌株是野生型（wild type）菌株，也已经被应用在工业上。
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