20世纪中叶之前,人类学的论辩大多倾向支持单一起源论。多重起源论的孤立支持者到了20世纪中叶才开始高谈阔论,如查尔顿库恩(Carleton Coon(英语:Carleton S. Coon))迟至1962年才提出假设,智人前后兴起五次,在五个地方由直立人演化而来。[16]现代人类的“晚近非洲起源”的意思是“单一起源”(monogenism),并已在各种情况下,被当成“多重起源”(polygenism)的反义词。随著古遗传学在1990年代问世,科学家们能够更有信心地为“源出非洲”的迁徙时间定年。
学者诠释了基因与化石证据,以呈现“早期智人”(archaic Homo sapiens(英语:archaic Homo sapiens))只有在距今20万年到15万年前的非洲大陆,演化成为解剖学上的现代人类,[17]有一支智人在大约距今12万5千年到六万年间离开非洲大陆,经过一段时间,替代了先前存在非洲大陆以外地区的早期人类群体,例如尼安德塔人与直立人。[18]最早成功“源出非洲”的迁徙(最早具有存活子嗣的迁移者),依据遗传学的建议,普遍定年在距今六万年前,即使说从非洲大陆迁徙出来的尝试,依据阿拉伯考古学在这个区域的工具发现,早在距今12万5千年前就已开始。[19]
在2000年,学者发表了古代澳洲的蒙哥人(Mungo Man 3)粒线体DNA序列,显示这是当代人类一个已灭绝的亚种,在现代人类的晚近共同祖先分道扬镳前,就已分出而迁徙到澳洲。这个研究结果如果正确的话,将会支持现代人类多区域起源假说。[20][21]这项研究成果随后遭到质疑,[22][23]并由李卡克(W. James Peacock)提出答辩,他是蒙哥人的古代DNA(ancient DNA(英语:ancient DNA))序列研究团队的领导人。[24]学者的质疑论辩重点在于,究竟是否有其他类型的人属亚种的遗传成分,进入了智人的基因库。
即使粒线体DNA与Y染色体DNA在解析人类历史时格外好用,但是数十个人类群体的基因组资料也受到研究。2009年6月,来自国际人类基因组单体型图计划(第II期)与人类多样形体研究中心(CEPH(英语:Center for the Study of Human Polymorphisms))的人类基因组多样性研究计画样本,对于基因组-wide SNP(单核苷酸多态性)资料分析结果出版。[43]这些样本取自1138名彼此无关联的个体。[43]在这项分析之前,群体遗传学家期望在各种不同的族群之间发现巨大的差异,这些差异是衍生自这些群体内部所共同具有的等位基因,这些基因却是其它群体之中不常见或不存在的。[44]反之,从这项研究计画取得的资料,对于53个群体的研究显示,这些群体仅落入三个基因群:非洲、欧亚人(包括欧洲与中东的原住民,以及亚洲西南部东迄现今的巴基斯坦)、以及东亚人(包括亚洲、日本、东南亚、美洲与大洋洲的原住民)。[44]这项研究确定了大多数的族群差异可归因于遗传漂变,当代的非洲群体比其他两个遗传群体具有更大的遗传多样性,当代欧亚人的多样性比当代东亚人稍多。[44]这项研究显示自然选择塑造人类基因组的速度可能远比学者先前设想的缓慢,在各个大陆之内或之间的迁徙对基因变异性的分布则具有更重大影响。[45]
第一批跨过红海的这个群体,沿著阿拉伯半岛及波斯湾的海岸路线前进,直到抵达印度才似乎成为他们第一个主要定居点。M单倍群在巴基斯坦与印度的南部海岸区域具有较高的频率,而且在印度具有最大的多样性,显示这里是M单倍群的突变可能发生地点。[56]印度有60%人口属于M单倍群。安达曼群岛的原住民也属于这个M世系。安达曼岛人被视为亚洲最早人类的后代,依水而居的他们被称为矮黑人,因为他们长期跟亚洲大陆相隔离。他们是早期定居者的海岸路线的证明,从印度沿著泰国与印尼海岸,一路到巴布亚纽几内亚。由于从纽几内亚的高地人所测得的M单倍群频率较高,而且安达曼岛人与纽几内亚人都具有深色皮肤与非洲型卷发,某些科学家相信他们全都是在距今6万年前跨越红海的同一波移民浪潮的一部份。值得注意的是,哈定等人的研究发现(Harding et al. 2000, p. 1355)显示,至少就深肤色而言,纽几内亚人的单倍群类型背景,在MC1R(黑素皮质素1,关连到黑色素产生的许多基因之一),跟非洲人的同一个基因是一模一样(带有一个不发挥作用的突变)。因此,虽然这些群体在其他位址(由于漂变、瓶颈等等)有别于非洲人,但在这场远离非洲大陆的过程,显然对于黑色肤色特征的选择有可能持续下去(至少在黑素皮质素1)。这将会支持一个假设,显示来自非洲大陆的最初迁徙者类似于他们离开非洲大陆之前的非洲人(至少是肤色),而且这种古老的表型遗迹可在当代的非洲人、安达曼岛人与纽几内亚人看到。其他学者则指出他们的体质特征类似于非洲人可能是趋同演化的结果。[57][58]
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