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脊索(英语:notochord)是存在于某些后口动物躯体背侧的一条长而韧的棒状结构,主要起到支撑体轴的作用;在生命周期的某段或全部时间拥有脊索的动物,称为脊索动物。脊索代表身体的原始中轴和中轴骨发育的中心;且脊索、背神经管和咽鳃裂是脊索动物的三大特征[1]。
脊索只在胚胎发育阶段出现,随后或多或少地被脊柱所代替的动物称为脊椎动物,其拥有骨质或软骨内骨骼,成年后脊索残余部分退化为椎间盘的髓核;因此脊索是脊椎动物胚胎发育中的共性结构[2]。
脊索具有弹性,能弯曲,不分节;位于消化道背面和背神经管腹面之间,来源于脊索动物的胚胎的原肠背壁。 有的物种,例如文昌鱼,圆口类。终生都靠脊索支撑身体。