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孙以瀚高中求学于国立新竹高级中学,后考取国立台湾大学植物系并获得理学士(1978年),而后远赴美国求学加州理工学院生物学博士(1986年),在耶鲁大学生物系作博士后研究(1986-1988)。孙博士研究兴趣在果蝇视觉系统的发育的分子调控机制。目前主要有三个研究方向:(1)如何决定细胞发育为眼睛,(2)如何控制复眼发育中的细胞增殖,(3)复眼与脑在发育过程中的交互作用。[1]
孙博士曾任中华民国行政院国家科学委员会副主任委员。
中华民国行政院国家科学委员会于2014年3月3日升格为中华民国科技部。
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