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皇家海军将领、军事家 来自维基百科，自由的百科全书
海军中将第一代纳尔逊子爵霍雷肖·纳尔逊，KB（英语：Vice Admiral Horatio Nelson, 1st Viscount Nelson，1758年9月29日—1805年10月21日），英国18世纪末及19世纪初的著名海军将领及军事家，在1798年尼罗河战役及1801年哥本哈根战役等重大战役中带领皇家海军胜出，他在1805年的特拉法加战役击溃法国及西班牙组成的联合舰队，但自己在战事进行期间中弹阵亡。
| 纳尔逊子爵 The Viscount Nelson | |
|---|---|
海军少将霍雷肖·纳尔逊爵士（绘于1799年） | |
| 出生 | 1758年9月29日 大不列颠诺福克郡伯纳姆索普 |
| 逝世 | 1805年10月21日（47岁） 西班牙特拉法加角 |
| 效命 | 大不列颠王国 大不列颠及爱尔兰联合王国 |
| 军种 |  英国皇家海军 |
| 服役年份 | 1771年－1805年 |
| 军衔 | 白旗海军中将 |
| 参与战争 | 圣文生角战役 尼罗河战役 圣克鲁斯-德特内里费战役 哥本哈根战役 特拉法加战役 |
| 获得勋章 | 见“荣誉”章节 |
| 签名 |  |
经历
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纳尔逊生于诺福克郡一个小康之家，1771年倚靠舅父的关系加入海军，很快在军中备受赏识，屡获擢升，1779年首次担任军舰舰长。不过他在美国独立战争完结后一度在西印度群岛惹上官非，返国后又赋闲在家，至1789年法国大革命爆发后，英、法日益交恶，他才在1793年获重新重用，被派往地中海一带服役。纳尔逊在土伦附近一带参与过几场小型战事，协助英方攻下科西嘉岛，但期间失去右眼。后来在1797年的圣文生战役中，他率兵先后登上两艘敌方战舰展开恶斗，因而声名大噪。
圣文生战役后不久，纳尔逊在加那利群岛的圣克鲁斯-德特内里费进行另一次军事行动时，失去右臂，被迫返回英国休养。他在翌年1798年复出，带领英军在尼罗河战役重挫法国海军，此后继续留守地中海，协助那不勒斯对抗法国入侵，但后于1800年被召回国。在1801年，纳尔逊再获起用，前往波罗的海，在哥本哈根战役中击败丹麦海军。此后，他再被派往地中海阻止土伦的法国舰队驶离地中海，但不成功，双方于大西洋及加勒比海展开追截，最终法国舰队成功逃逸。纳尔逊返国稍作休息后，在1805年9月再度出击堵截位于加的斯的法、西联合舰队，并在10月21日爆发特拉法加战役，纳尔逊在战事中取得英国海军史上其中一次最重大的胜利，但他自己却中弹阵亡，身后遗体运返英国，落葬于圣保罗大教堂。
虽然纳尔逊与汉弥尔顿爵士夫人艾玛的风流生活在他生前一度招来不少闲言蜚语，成为舆论的焦点。不过自去世以后，纳尔逊被英国人普遍视为伟大的军事人物，他的英雄色彩在19世纪中叶开始得到宣扬，令他在第一次世界大战以前成为大英帝国与英帝国海上霸权的象征之一。即使到现代，纳尔逊在不少英国人心目中仍享有崇高地位，现今位于伦敦西敏的特拉法加广场，即为纪念纳尔逊而在1843年建成的。
纳尔逊在1758年9月29日生于英格兰诺福克郡伯纳姆村（Burnham Thorpe）的堂区牧师寓所，[1]父亲埃德蒙·纳尔逊牧师（Reverend Edmund Nelson，1722年－1802年）为当地的堂区牧师，母亲为凯瑟琳·索克令（Catherine Suckling，1725年－1767年），是西敏荣誉领俸牧师莫里斯·索克令博士（Reverend Dr Maurice Suckling）之女。[2][3]凯瑟琳·索克令本身为已故英国首相罗伯特·沃波尔爵士（即第一代奥福德伯爵）的其中一位侄外孙女，也是辉格党政治家第二代奥福德勋爵（2nd Lord Walpole，1723年－1809年，后晋为第一代奥福德伯爵）的表妹。[4]第二代奥福德勋爵同时是纳尔逊的教父，因此父母为纳尔逊起名时，取用其教父的教名“霍雷肖”（Horatio）。[3]
纳尔逊的父母在1749年5月11日结婚，共生有11位孩子，纳尔逊排行第六，但十一名孩子中仅有八位存活下来，当中纳尔逊是家中第三位没有夭折的孩子。纳尔逊9岁丧母，[1]故家中大小皆要由父亲一力承担。纳尔逊幼年时入读位于诺维奇的英皇爱德华六世文法学校，后来再转到北沃尔沙姆（North Walsham）的约翰·帕斯顿爵士学校（Sir John Paston's School）继续学业，可是他在12岁那年中途辍学。[3]
在1770年秋天，福克兰危机爆发，皇家海军受命动员防范与西班牙爆发了海战，[1]纳尔逊任职海军的舅父，海军上校莫里斯·索克令（Captain Maurice Suckling，1726年－1778年）遂获奉命指挥停泊于查塔姆港，拥有64门炮的三等战舰HMS合理号（HMS Raisonnable），以准备随时奉召出征。[3]自少便希望出海的纳尔逊于是趁此机会加入皇家海军，在1771年1月1日，年仅12岁的他正式以普通海员及艇长身份到舅父麾下的合理号服役，登舰后不久又获委为海军候补少尉，接受正式训练。[3][4]
但不久以后，福克兰危机不战而解，索克令遂内调回泰晤士河指挥HMS喜悦号（HMS Triumph）。有鉴于在内河工作无助海员训练，索克令安排纳尔逊到一艘由其旧部担任船长的商船工作，并出发到西印度群岛一带。[4]纳尔逊出海14个月后返回英格兰，但这次的出海没有带来特别愉快的经历，相反，他还一度对继续投身海军的选择有所保留。[3]在1773年，纳尔逊成功争取到海军上校史格芬顿·路特维奇（Captain Skeffington Lutwidge）指挥的HMS卡尔卡斯号（HMS Carcass）任职，参与北极探险，以试图找寻通往印度的不冻航道。[1]纳尔逊所属的船队虽然避过斯匹次卑尔根岛一带的冰雪，但始终也无功而还，而纳尔逊在一次未经批准的探险行动中，更差点为北极熊所伤。[3]
在1773年10月返抵英格兰后，纳尔逊在舅父安插下转到属于巡防舰的HMS海马号（HMS Seahorse）服役，随舰前往印度。在舰上服役两年期间，他先后到过马德拉斯（今清奈）、加尔各答、锡兰（今斯里兰卡）、孟买及伊拉克的巴士拉等地，但到1775年秋天因疟疾危殆而启程返国，1776年9月乘巡防舰HMS海豚号（HMS Dolphin）到达英格兰。[1][3]这时的纳尔逊虽然一度显得憔悴和落寞，但当他得知舅父获擢升为海军管制官（Controller of the Navy）后，病情旋即大大改善，且获委任为HMS伍斯特号（HMS Worcester）的署理海军上尉。[3]
纳尔逊于1777年4月在海军办公室参加海军上尉试，在任职海军管制官的舅父担任主考官之情况下，他顺利通过考试，随即在考试翌日获委任为海军上尉，发到海军上校威廉·洛克尔（Captain William Locker）麾下的巡防舰HMS洛斯托夫特号（HMS Lowestoffe），前往牙买加。[1][3][4]洛克尔早年曾师从于爱德华·霍克爵士（Sir Edward Hawke），并素仰霍克以大胆及进取著称的海军战术。[3]纳尔逊本身也相当钦佩洛克尔的军事才能，两人在日后成为好友之余，纳尔逊更在后来的回忆中称赞洛克尔是他的启蒙老师。[3]
纳尔逊最初随洛斯托夫特号出发前往西印度群岛的牙买加，当时时值美国独立战争，故该舰的主要任务是从海路堵截革命份子，但在1778年2月法国加入对英国宣战后，新任牙买加总司令彼得·帕克爵士（Sir Peter Parker）将他收归旗下，在旗舰上供职，至于他原本在洛斯托夫特号的职务则由海军上尉库斯伯特·柯灵乌（Lieutenant Cuthbert Collingwood，后为柯灵乌勋爵）接替。[3]在1778年10月，纳尔逊获悉舅父的死讯，虽然这位舅父生前对他提携有加，但这时的纳尔逊已可凭借自身的才华，引来上司的赏识。[4]在同年12月，他获派往双桅横帆船HMS獾号（HMS Badger）任职中校，[1]巡弋蚊子海岸一带，及至1779年6月获擢升为海军上校，同时获委任巡防舰HMS欣钦布鲁克号（HMS Hinchinbrook）的船长，当时时年仅21岁。[1][3][4]
尚在等待欣钦布鲁克号抵达牙买加时，纳尔逊有份参与当地皇家港的防卫建设，以防法国海军攻击。在9月1日，他正式接管欣钦布鲁克号，再度出发前往蚊子海岸。由于其时西班牙也已经对英国宣战，时任牙买加总督约翰·达林少将（Major-General John Dalling，后为爵士）遂计划对中美洲用兵，企图经蚊子海岸取道圣胡安河，再到达尼加拉瓜湖。熟悉当地的纳尔逊被指派参与这次行动，协助军队探路登岸。[3]在1780年3月24日，军队登陆圣胡安河口一带的沙滩，但士兵多不谙河道航行，故纳尔逊连同50名水手及海员自告奋勇，结伴同行，溯河而上。其时属于旱季，河床水位低浅，使航行甚为困难，不过军队仍成功在4月10日抵达圣胡安唯一一座的防御雕堡。[3]纳尔逊当初建议立即进行攻城，但受将士反对，结果军队围城18日后才攻陷碉堡，堡内西班牙人出城投降。然而在城陷不久以后，当地开始暴雨连连，军中大批士兵染上热带病，死伤忱籍，连纳尔逊也不例外，他被人用独木舟送返岸边以后，再乘船回牙买加接受治疗，但病情却愈益恶化，同年9月遂乘坐由友人威廉·康沃利斯上校（Captain William Cornwallis，后为爵士）指挥的HMS狮子号（HMS Lion），动身返国。[3]
返国后，纳尔逊在巴斯休养了一段日子，病愈后回家乡伯纳姆村小住，探望家人后，再于1781年秋天出任巡防舰HMS阿尔伯马尔号（HMS Albemarle）的舰长，[1]参与在北海海域护送船队的任务。至1782年4月，他再受命出发护卫一支船队横越大西洋，前往纽芬兰的圣罗伦斯，然后再到波士顿，途中险遇一支由四艘法国战列舰组成的分遣舰队。[3]纳尔逊在9月抵达魁北克，11月转抵纽约，他在当地结识英皇乔治三世之子威廉·亨利王子（后为威廉四世），两人后来成为毕生好友。[4]随后，纳尔逊再乘阿尔伯马尔号转到西印度一带，联同另外三艘小型战舰，企图袭击特克斯岛上的法国驻军，但不成功。[1]行动失败后不久，英、法、美媾和的消息传至，纳尔逊唯有在1783年6月返国。[3]
战后的纳尔逊一度赋闲在家，于是打算学习法文。在1783年10月，他与一位军中友人前往法国圣奥默尔，但在当地却未有认真学习，未几就在1784年1月回到英格兰。[1][3]纳尔逊一度有意参选下议院和表态支持小威廉·皮特，可是未能觅得合适选区出选。[5]两个月后，他获军方委任指挥HMS北风神号（HMS Boreas），前往背风群岛。[1]虽然当时英国已经承认美国独立，但基于国会方面未就《航海法案》作出相应修订，结果理论上如果这一带的英国殖民地臣民如向外国（包括美国）通商，即属违法。由于背风群岛一带主要生产经济作物，本身十分依赖来自美国的食物及原料入口，故此法案一旦严格执行，将迫使他们不得不负担高昂的运费，向英国本土、爱尔兰及加拿大等地入口粮食和原料，可导致平时的生活开支暴涨三倍，假如发生饥荒，情况则更见严重。[3]有见及此，当地殖民地政府未有认真执行《航海法案》，对于居民与美国商船通商不加追究。然而，纳尔逊抵达背风群岛后，却雷厉风行，严格执行《航海法案》，联同海军上校库斯伯特·柯灵乌等人扣查多艘企图与殖民地通商的美国船只。纳尔逊的扫荡行动招来其上司，即西印度群岛英军总司令理查·休斯爵士（Sir Richard Hughes）及安提瓜总督托马斯·谢莱爵士（Sir Thomas Shirley）的相当不快，而当地居民也对其行动甚表反感。不久以后，更有遭扣押的美国商人入禀法院，状告纳尔逊非法扣查船只，要求对他处以监禁刑罚。诉讼期间，纳尔逊还被禁止上岸，结果只好一直待在北风神号上等待判决。[3]
尽管如此，纳尔逊仍然在诉讼期间到访尼维斯岛，并在1785年春天于该岛邂逅守寡少妇法兰西斯·“芬尼”·尼斯贝（Frances "Fanny" Nisbet），两人相识一段时间后决定订婚。[3]及至1786年11月，纳尔逊的好友威廉·亨利王子到访背风群岛，这时已成为巡防舰海军上校的威廉·亨利坚持指定要纳尔逊带他在群岛一带游历，[1]同时法院裁定他罪名不成立，这才打破他在群岛的孤立地位。[3]在1787年3月11日，纳尔逊及法兰西斯在威廉·亨利王子的见证下，于尼维斯岛结婚，未几，纳尔逊在西印度群岛任满离开，遂于同年6月乘北风神号回国，至于法兰西斯则在稍后时间乘一艘商船跟随。在此后大约五年的时间中，纳尔逊与妻子主要在英格兰定居，靠领半薪过活，[1]主要时间都待在诺福克郡和父亲一起，由于他在诉讼其间的讼费要由政府承担，令海军部对他有所保留，加上承平时期较少舰只服役，使他一直也找不到服役的机会。[3]
在1789年法国大革命爆发后，欧洲局势日益不稳，才使得纳尔逊获重新起用。1793年1月，海军部委派纳尔逊指挥停泊于查塔姆港、拥有64门炮的HMS阿伽门农号（HMS Agamemnon）。[3]到2月1日，法国正式向英国宣战，英国加入第一次反法同盟，战幔旋即拉开。在同年5月，他的阿伽门农号加入由塞缪尔·胡德爵士（Sir Samuel Hood，后为胡德勋爵）统领的地中海舰队，开赴土伦拦截法国海军。在8月，土伦人民因反对雅各宾党的恐怖统治，于是开城迎接英军，要求英军守城防卫土伦。由于胡德军员有限，纳尔逊被委派前往那不勒斯，向国王费迪南四世求援。纳尔逊在10月返回土伦后，获调到由海军准将罗伯特·林茨（Commodore Robert Linzee）任指挥的分遣舰队，至10月22日驶至萨丁尼亚对开海域时，遇上一支由法国巡防舰组成的分遣舰队。[3]纳尔逊的阿伽门农号一度与拥有40门炮的法舰墨尔波墨涅号（Melpomene）互相开火，但纳尔逊一方寡不敌众，最后在其他英舰协助下逃出。此后，纳尔逊与林茨转到突尼斯，试图拉拢当地统治者的支持，但却发现法国已早到一步，无功而返。步入12月，英方主将胡德因不敌法军而决定撤离土伦，标志着英军在土伦战役中败退，而当年圣诞节身在来亨（今利佛诺）的纳尔逊，则负责收容由土伦逃来的大批难民。[3]
在1794年1月，胡德委托纳尔逊出兵封锁受法国管治的科西嘉岛，与科西嘉反法领袖巴斯夸·帕欧里及其支持者合作。可是，这次行动却未能得到陆军配合，其中陆军将领大卫·邓达斯（David Dundas，后为爵士）更拒绝予以支援。尽管如此，胡德依旧计划派兵向科西嘉岛的巴斯蒂亚发动围城，而且只派出分遣舰队辖下的海军陆战队，没有陆军协助。在4月4日，纳尔逊带领这支军队登陆科西嘉，5月23日成功使巴斯蒂亚的守军投降。[3]同年6月，纳尔逊又转到卡尔维进行另一次攻城，这次的行动得到陆军的协助。在7月12日，纳尔逊在战事中被敌军投掷的乱石击中脸部，造成右眼永久失明，[1]而卡尔维的法军一直坚守至8月10日，方才投降。此后，纳尔逊的阿伽门农号在冬天主要游走于来亨、热那亚及科西嘉等地，期间曾参与行动封锁普罗旺斯一带的海岸，以及在来亨修补舰只。[3]
在1795年3月，驻扎于土伦的17艘法国战列舰组成舰队，试图突破英方防线，及重夺科西嘉岛。当时署理地中海舰队总司令一职的海军中将威廉·霍特汉姆（Vice-Admiral William Hotham，后为霍特汉姆勋爵）闻讯后，立即派出手下15艘战列舰出击拦截，而其中一艘更是从法军手上俘获的。后在3月13日及3月14日的战事中，英方再从败逃的法军中夺多两艘战舰。在连场战事中，纳尔逊指挥的阿伽门农号多番乘胜追击，直击法军，成为英方致胜原因之一。不过，纳尔逊却对霍特汉姆相当不满，他批评霍特汉姆过分守成，太早将他召回，以致错失再下一成，全歼敌舰的大好机会。[3]随后在7月14日的战事入面，英军再从法军手上俘获多一艘战舰，但纳尔逊带头追击敌舰至敌方沿岸一带时，再次被霍特汉姆召回，使他对霍特汉姆愈益反感。法军重夺科西嘉的计划失败后，纳尔逊被改派指挥一支小分遣舰队，负责支援奥地利陆军，另外还决定封锁虽然表面保持中立，但却日渐亲法的热那亚港口。纳尔逊封锁热那亚全凭个人决定，事前未有通知上级，行动随时不获英政府承认，甚至要负法律责任，但最后行动未有招来话柄。在1795年夏天，纳尔逊的舰队主要在来亨海岸一带支援奥地利陆军，数度与法舰展开零星战斗，而奥地利军的消极表现令纳尔逊感到失望。同年11月尾，奥军复被法军大败，撤回内陆，纳尔逊惟有无功而退。[3]
在1796年1月，约翰·查维斯爵士（Sir John Jervis，后为圣文生伯爵）接任地中海舰队总司令，纳尔逊旋即获得查维斯的信任及重用。在同年4月，查维斯擢升纳尔逊为海军准将，6月他再获任命指挥拥有74门炮的HMS上校号（HMS Captain），而原先指挥的阿伽门农号则返回英国维修。到8月，查维斯更破格任命纳尔逊为署理海军少将。与此同时，地中海的局势却不断恶化，一方面，法军在拿破仑·波拿巴将军的带领下进军意大利北部，另一方面，西班牙因为时局而被迫加入法国一方作战，使到地中海舰队处于恶劣形势。[3]是年秋天，英政府内部决议放弃科西嘉，下令将舰队撤离地中海。不过，由于通讯落后，政府一时未能将消息立即传至地中海，结果很多重大决策要由查维斯及科西嘉副王吉尔伯特·艾略特爵士（后为明托伯爵）决定。在纳尔逊的坚持下，艾略特在10月撤离科西嘉岛所有英军，并运走巴斯蒂亚的物资，移师至英军在地中海的最后根据地厄尔巴岛；至于地中海舰队则撤退到直布罗陀。正因为纳尔逊等人及时撤走科西嘉岛上的军员物资，才避过法国海军的来袭。[3]
为营救孤守厄尔巴岛的艾略特等人，纳尔逊在12月15日带领两艘巡防舰出发拯救，在途中遇上两艘西班牙巡防舰，经过激战后，纳尔逊指挥的HMS米内娃号（HMS Minerve）俘获对方的圣撒比纳号（Santa Sabina）及该船船长唐·雅各布·斯图尔特（Don Jacobo Stuart，詹姆斯二世的一名曾孙）。战后翌日，纳尔逊复遇上一支西班牙舰队，于是只好放弃所有俘获品逃遁。至12月25日圣诞节，纳尔逊终于抵达厄尔巴岛的费拉约港，接走艾略特及其他海军物资，但陆军主将却以未有命令为理由坚持留守。纳尔逊在1797年1月29日驶回至直布罗陀一带海域，因接报英、西舰队驶过直布罗陀海峡而决定加速追赶，但未有发现，最后在2月13日回直布罗陀与查维斯会合，回到上校号指挥。[3]
查维斯一直有留意西班牙海军的动向，而就在纳尔逊与之会合的翌日，即1797年2月14日早上，英方在大雾中侦测得西班牙舰队出没于圣文生角以西约25英里海域，一直守候的英方舰队随即出击，史称圣文生战役。当日查维斯并不清楚西班牙海军的确实阵容，只见对方舰队共战列舰队大约27艘，分两队迎来，规模较少的一队属护卫舰队，敌方另有22艘较小型的战舰，其中17艘属于主力。[3]查维斯最初估算西班牙会派出29艘战列舰对付他手下的15艘战列舰，但眼见敌方舰只数量比想像中少，加上敌方舰只设备落后，他立即下命令率舰切入两队西班牙舰队之中，然后乘风向“包抄”（rolling up）敌方主舰队后部进行攻击。查维斯的计划最初进展顺利，但这时负责统领西班牙护卫舰队的海军中将唐·胡安·祖亚昆·莫雷诺（Vice-Admiral Don Juan Joaquín Moreno）却冒死反击，试图留难查维斯及他附近的英舰，至于西班牙总司令唐·何塞·德·科尔多瓦（Don José de Córdoba y Ramos）的主力舰群虽然因此一时失去支援，但却趁机会反攻英方舰队后方，试图翻身扭转局势。[3]
有见局势逆转，查维斯随即命令海军少将查尔斯·汤普森（Rear-Admiral Charles Thompson，后为爵士）及其后军抢风转向以应对敌方变阵，可是汤普森却迟迟未有听命，只有纳尔逊的上校号当机立断，见势转向脱离舰队，再与英方前军会合，向西班牙主力舰群的背风面驶去，以期制约敌军活动。继纳尔逊及部分英舰开向敌军主力舰群的背风面后，其余英舰则驶往敌方主力之迎风面，两者形成夹击之势，双方随即陷入激烈战斗。当中纳尔逊麾下的上校号与敌方的圣尼古拉斯号（San Nicolas）及圣约瑟夫号（San Josef）展开近距离恶斗，而库斯伯特·柯灵乌上校指挥的HMS卓越号（HMS Excellent）则驶到另一边向敌军发炮，一时漫天炮火，更有敌方战舰应接不暇而相撞。[3]眼见自己的上校号损毁不堪，纳尔逊遂趁机会率一队人马跳上敌方的圣尼古拉斯号，与敌军埋身肉搏，拼死进行血腥决斗；而紧邻在旁、体积更大的圣约瑟夫号眼见圣尼古拉斯号被纳尔逊等人登上，也不顾英舰炮火攻击，全力向上校号及圣尼古拉斯号发炮，以企图驱散英军。然而，在没多久后，纳尔逊再率部下成功闯上圣约瑟夫号甲板，进行新一轮的血腥搏斗，最后纳尔逊重创圣约瑟夫号舰长，两舰唯有投降。圣文生战役持续至日落时份方告结束，最终以西班牙彻底战败告终，而英方更从西班牙手上俘获四艘舰只，不过，西班牙的首要主力、拥有四层的圣三一号（Santissima Trinidad），却在战事中侥幸逃逸。[3]
尽管英军在圣文生战役胜出，应归功于整体团队合作无间，但纳尔逊在战事中当机立断，配合总司令的谋略，离队往敌军直冲、以及身先士卒，先后登上两艘未投降的敌舰进行埋身肉搏，实属英国史无前例。[3]纳尔逊在战事的贡献对英军胜出发挥一定影响，其表现更令众人留下深刻印象，当中，艾略特爵士全程在另一艘巡防舰上目睹了纳尔逊整个作战过程，而其部将陆军上校约翰·德林沃特（Colonel John Drinkwater）事后更被派往访问纳尔逊，对战事过程作详细纪录；另一方面，纳尔逊自己也对圣文生战役的作战过程加以笔录，并寄给身在英国的故友洛克尔上校。[3]这些著述很快就在英国相继出版，以及经传媒大肆报导后，引起社会极大回响，一时之间，纳尔逊成为了全国上下热烈追捧的英雄人物，深受国民爱戴。[3]查维斯一行人凯旋返国后，随即获得英廷封赏，其中总司令查维斯获封世袭伯爵，成为圣文生伯爵，不少将领也因军功获封世袭从男爵。纳尔逊曾经公开表示希望获勋从男爵，但由于他膝下犹虚，加上从男爵爵位并不附带星章和绶带，结果他在5月27日获勋KB勋衔，另外，他早前在2月20日再获正式擢升为海军少将。[3]
自圣文生战役后，西班牙舰队撤退到加的斯，圣文生伯爵（即之前的查尔斯爵士）遂拟定计划封锁加的斯，以及迫使西班牙舰队出海。为加大封锁力度，他又特命驻防近岸的纳尔逊率舰在加的斯口岸处驻扎。可是在1797年5月及6月，皇家海军位于英国斯皮特黑德（Spithead）及诺尔（Nore）的舰队发生叛变，一度使本土海域的海军陷于瘫痪。事变平息后，由于圣文生的地中海舰队军纪严明，士气高昂，因此不少未受影响的舰只随即被调往其麾下服役。其中一艘叫HMS忒修斯号（HMS Theseus）的战舰加入时，军纪尤其弛废，该舰舰长即被撤换，改由纳尔逊任该舰指挥。[3]纳尔逊就任时，只带同他的旗舰舰长拉尔夫·维莱特·米勒（Ralph Willett Miller）及数名随员，但不出两星期后，纳尔逊等即赢得舰上军心，士气大振，使军纪恢复。虽然如此，不少新近调来的舰只，军心仍然不稳，对整支舰队构成不稳定因素。在7月3日至7月4日间的晚黑时份，圣文生派出一艘炮舰，由几艘小船护卫下炮轰加的斯，但在数天以前的一次同类型军事行动中，就发生过小舰拒绝服从命令驶近西班牙的炮艇，所以在今次行动中，纳尔逊亲自乘坐一艘驳船带领炮舰前进，而且再与敌军进行埋身血斗，期间他两度险遭敌军以短弯刀劈头，但都被一位名叫约翰·西克斯（John Sykes）的艇长营救，伸出手臂为他挡了两刀，才得以逃过大难。事后纳尔逊传令褒扬西克斯的英勇行为，而且将他擢升，一时使军心为之一振。[3]
此后，英军再对加的斯作出两次轰炸，但战况未有多大进展，圣文生及纳尔逊遂转移视线到其他军事行动。当时英军接报，指一艘载满财宝的西班牙商船正停靠于加那利群岛的圣克鲁斯-德特内里费，于是立即拟定计划，试图俘虏船上财宝及船员，以大挫西班牙的士气，而任务则落入纳尔逊手中。在7月22日，纳尔逊两度率兵试图登陆圣克鲁斯，可是行动不单止失败，而且还使敌方有所警觉，加强防范。[3]未几，有变节者向纳尔逊提供线报，表示时机已经成熟，纳尔逊遂第三度出击。这次纳尔逊计划直接在黑夜中进攻圣克鲁斯，以求以捷雷不及掩耳的形势拖垮敌军布防。虽然加那利群岛总督安东尼奥·古铁雷斯将军手下只有大约800名士兵，而市内民兵也不持械，不过英军却低估了敌方的实力。[3]纳尔逊当晚派1,000人登陆圣克鲁斯的防波堤，但出乎意料之外，防波堤上的100名守军训练有素，再加上水流急湍，使英军难以登岸，最后只有纳尔逊等小部分人成功登陆。纳尔逊甫上岸，即被敌人伤及右臂，结果由养子约书亚·尼斯贝上尉（Lieutenant Josiah Nisbet）救上一艘小艇，然后再送返忒修斯号救治，最后他在舰上接受手术，切除右臂。[3]虽然纳尔逊被救返忒修斯号，但他的部下海军上校托马斯·特罗布里奇（Captain Thomas Troubridge，后为爵士）及其他留在防波堤的英军却全数被俘，他们经谈判投降后，获准返回所属英舰。而落败的纳尔逊与古铁雷斯书信往来一番后，终在7月27日启程返回大本营。[3]
身心俱疲的纳尔逊在战事后回到英格兰休养，不过失去右臂的他仍然是民众心目中的英雄，他在圣克鲁斯的军事失误则被认为是其他人的过失。纳尔逊所到之处，无不受普通百姓和其他战友热烈欢迎，使他很快就重新振作起来，但他失去右臂后余下的痛楚，却一直至同年11月拆去结扎线后才舒缓下来。[3]纳尔逊当年在伦敦过冬及游览，继续受到热情款待，与此同时，他非常渴望重返前线服役，于是在1798年4月10日获准出发往加的斯海域与圣文生会合。[3]
这时地中海舰队的局势比之前严峻不少，英军收到情报指法军正在土伦准备大规模远征，而且目的地不明；同时间，奥地利又在1797年10月签署《坎波福尔米奥条约》，退出第一次反法同盟，使英国形势进一步受孤立。而要令奥地利重新加入战场，则有必要在地中海海域部署英国舰队，以确保其南部领土及保护国双西西里王国的安全。有鉴于此，圣文生接到上级指示，要派出一小队舰队往地中海进行侦察，而刚刚在1798年4月底重返其旗舰的纳尔逊遂立即受命出发，带领三艘战列舰及四艘巡防舰开赴土伦。另一方面，英政府内部又决定要重新在地中海派驻一定规模的海军，于是将本土剩余的战舰都发往地中海，使本土海域再无多余战舰应付未来可能发生的入侵行动。在5月24日，圣文生从本土接收八艘战列舰后，同日即派十艘去加入纳尔逊一行。[3]
不过，纳尔逊一行的进展却不太顺利。他的船队在5月21日于萨丁尼亚对开海域遇上风暴，碰巧旗舰HMS先锋号（HMS Vanguard）舰长爱德华·贝里上校（Captain Edward Berry，后为爵士）不善航行，导致旗舰桅杆被强风完全吹断。后在HMS亚历山大号（HMS Alexander）舰长亚历山大·波尔上校（Captain Alexander Ball，后为爵士）协助下，先锋号唯有被拖到萨丁尼亚一带海岸抢修。而就在船队出现事故前一天，拿破仑·波拿巴将军率领大规模舰队由土伦出发，该舰队阵容庞大，拥有13艘战列舰，以及400艘载满军队的运输船。[3]这支庞大的舰队虽然曾驶经萨丁尼亚海域，但纳尔逊的先锋号正在岸边修理，所以未有发现法军行踪。纳尔逊维修旗舰时，下令所有巡防舰驶走，约定十日后在另一地点会合，但是旗舰维修的时间比想像中长，结果纳尔逊和他的战列舰群要到第十一日，即6月9日才驶至约定地点，这时他的巡防舰群已经驶回直布罗陀，不知踪影，纳尔逊的船队顿失巡防舰群的支援。[4]而庆幸的是，在早两天前的6月7日，由部将托马斯·特罗布里奇奉圣文生之命带来的十艘战列舰终于与纳尔逊会合，及时让纳尔逊组成了一支战列舰队，[4]可是他对法国海军身在何方，茫无头绪。[3]
为追寻法军去向，纳尔逊最初在意大利海域巡察，其后获悉情报指法军在西西里对开，于是下令舰队向南驶去。在6月17日，纳尔逊又派特罗布里奇往那不勒斯进行会谈，获当地表态支持，但态度颇为含糊，同时特罗布里奇在当地取得确实情报，指法军正前往马耳他。未几，在6月22日，纳尔逊在西西里以南，从一艘中立的商船获得另一线报，指法舰从圣约翰骑士团手上夺得马耳他后，已在6月16日启程出发往不明目的地。有鉴于法舰并没有如想像般前往西西里，再加上当时西风极盛，纳尔逊遂认定法舰正前往埃及，于是他下令所有正追击零星法国巡防舰只的战列舰返回大队，以便集结力量，全速向亚历山大港进发。但纳尔逊下这个命令时，却不知道他的情报有一个错误，就是法舰并非在6月16日，而是在三日后的6月19日才启程出发。因此，事实上纳尔逊部下所追击的零星法国舰只，已差不多是法国主舰队的外沿，两军旗舰相距，仅仅只有60英里。[3]在6月28日，纳尔逊麾下一支分遣舰队率先观测到亚历山大港，但却发觉港内没有法舰，也没有法舰的消息。纳尔逊以为自己估计错误，遂在6月30日驶离亚历山大港，毫无头绪地在海上打探法军消息。但碰巧在纳尔逊离开后翌日，法国大军却缓缓驶至亚历山大港对出，准备让军队登陆。原来，当纳尔逊正以全速赶往亚历山大港的时候，法舰却以缓慢的速度前进，而且偏北航行，变相令航程延长，这样导致纳尔逊比法军先到，结果找不到法军踪影。在7月20日，纳尔逊回到西西里的锡拉库萨补给，却仍然没有任何新消息。在7月24日，纳尔逊再度启程出发，这时他仍认定法军必在地中海东部某处，并计划往爱琴海搜索。终于在7月28日，他获得确实情报指法军正在埃及，纳尔逊这才再次前往亚历山大港，在8月1日正午时份驶至亚历山大港对出，观察得港内泊满法国运输船，但却没有法舰踪迹。这次纳尔逊肯定如果法舰没有泊在亚历山大港，就应该停靠在亚历山大港以北10英里的阿布吉尔湾。到下午时份，英舰在阿布吉尔湾发现一直追寻的法国舰队，当时正以一字排开下锚，靠着湾岸停泊。[3]
眼见风势正吹向阿布吉尔湾，有利英舰顺风出击，纳尔逊遂不顾港内可能水浅及天色渐黑的风险，下令立即展开攻击。英舰随即排成一条不太齐整的直线，自阿布吉尔湾南口驶进，与法方舰队的前头相对望。这时为英方带头上阵的HMS歌利亚号（HMS Goliath）舰长托马斯·佛利上校（Captain Thomas Foley，后为爵士）观察得法舰只以单锚停泊，从而推算港内水深足以让英舰驶进和自由转向，于是他毅然在法舰面前越过，驶进法舰群靠岸的一边，歌利亚号后面的三艘战列舰加以跟随，而纳尔逊及其他英舰则驶往法舰群靠地中海的一边，形成夹击之势。这时法舰群竟未及备战，任由英舰驶至，而原先法国海军中将弗朗索瓦·保罗·德·布律依（Vice-Admiral François Paul de Brueys d'Aigalliers）将战斗力最弱的战舰都放到前方，以为前方受袭机会最低，可到现在法舰队的前方受尽英舰主力猛攻，法舰队中军和后军却未能上前施援。纳尔逊一方的战列舰群按部就班，慢慢迫近位于敌舰群正中间的旗舰东方号（L'Orient）。[3]东方号拥有120门炮，堪称为当时世上最大的战船。她在战事中重创驶近的HMS柏勒洛丰号（HMS Bellerophon），使之被迫撤退，但不久以后，自己却抵受不住英舰炮火，继而起火焚毁。当时已经是入夜时份，天色已黑，但东方号火光红红，传出猛烈爆炸声，吸引得英、法两军驻足观看，使战事一度中断。战事恢复后，由海军少将皮埃尔-夏尔·维尔纳夫统领的法舰后军整晚也没有向中军及前军施以协助。到8月2日上午，因英方舰只多已严重受损，难以展开追击，维尔纳夫立即带同两艘战列舰及两艘巡防舰败逃，留下11艘战船及两艘战列舰，尽遭英方的13艘战列舰及一艘四等舰俘获或击沉。事后，纳尔逊在写给妻子的家书中难掩兴奋心情，并谓“胜利一词肯定不足以形容此等场面”（Victory is certainly not a name strong enough for such a scene）。[3]
战事在晚间进行时，纳尔逊曾遭流弹击中头部，一度情况严重，[4]幸好到第二日清早，他的伤势明显好转，能够在战胜法军后主持感恩礼拜。[3]战后，纳尔逊又下令立即修补舰队和发报战事消息，他派出一名军官前往印度，转告东印度公司防范拿破仑率军东进；此外，他还派出拥有50门炮的HMS里安德号（HMS Leander）回英国传达捷报。虽然纳尔逊发往印度的军官安全抵达，但里安德号却在航行途中遭法舰宽宏号（Généreux）俘获，使纳尔逊的捷报未能即时传回欧洲。[3]最初英国本土有舆论批评纳尔逊年纪尚浅，欠缺经验，以致久久未能找出法国舰队的下落，[4]不过当延误多时的捷报正式传到英国后，立即引起坊间热烈哄动，英政府内部也为此放下心头大石，其中第一海军大臣史宾塞勋爵（Lord Spencer）听到捷报后，更是大喜过望，当场昏倒。除英国外，纳尔逊在尼罗河战役报捷的消息也令其他欧洲国家受到相当鼓舞，为1799年第二次反法同盟的组成酝酿有利条件。[3]
自尼罗河战役后，法国海军对那不勒斯及西西里的严峻威胁得以缓解。在1798年9月22日，纳尔逊乘坐破损不堪的先锋号安全返回那不勒斯，[4]受到当地民众及皇室的热烈欢迎，其中英国驻双西西里使臣威廉·汉弥尔顿爵士（Sir William Hamilton）及其夫人艾玛（Emma, Lady Hamilton）更是为此欢喜若狂。[3]在汉弥尔顿爵士伉俪的悉心照料下，纳尔逊得以专心休养，慢慢治理身上伤口。不过，纳尔逊对那不勒斯的喧闹环境始终感到不胜其烦，于是在10月15日出海，视察英军对法占马耳他岛上法军军营之封锁行动，在此以前，马耳他岛民因不满法军强行统治而起来反抗，将岛上法军迫退至一处碉堡。视察一番后，纳尔逊于11月5日返到那不勒斯。[3]
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在11月6日，英廷向纳尔逊授予世袭男爵爵位，是为尼罗河的纳尔逊男爵（Baron Nelson of the Nile），以酬谢他在尼罗河战役所作的重大贡献。对于纳尔逊只获得在一众贵族爵位入面属于最初等的男爵爵位，很大程度是因为纳尔逊始终军衔不高，加上他的上级圣文生是世袭伯爵，因此英廷认为排资论辈，纳尔逊获男爵爵位较为妥当。[3]可是在另一方面，纳尔逊及他的不少部将就认为，圣文生的贡献本身不值得获授伯爵爵位，而纳尔逊劳苦功高，却只有男爵爵位，为此感到不值。[3]虽然如此，奥斯曼苏丹塞利姆三世却对纳尔逊的表现相当钦佩，由于当时所有的奥斯曼勋位只能授予回教徒，塞利姆于是特地创立新月勋章，纳尔逊遂成为首位获勋的人士。此外，塞利姆还将其苏丹缠头巾上，用钻石镶嵌的专用帽饰（chelengk）送赠给纳尔逊，此后纳尔逊但凡戴上海军将官帽，均会套上这份帽饰。[3]
与此同时，身在那不勒斯的纳尔逊也在不知不觉间涉足当地的宫廷政治。当时那不勒斯及西西里虽是由费迪南四世统治，但实际上大权则落在玛丽亚·卡罗来纳王后及她身边来自奥地利的几位宠臣手上。玛丽亚·卡罗来纳本身也是来自奥地利，是玛丽亚·特蕾西亚女帝之女，而1793年遭法国革命政府处死的法国王后玛丽·安托瓦内特是她的胞妹。[3]在这种背景推使下，玛丽亚·卡罗来纳主倡急进的外交政策，企图透过操控丈夫的王国，煽动法国出兵，从而迫使奥地利参战，推翻法革政府，以为其遭逢不测的胞妹报仇雪恨。尽管玛丽亚·卡罗来纳及其外交政策不得民心，不过汉弥尔顿爵士在那不勒斯供职多年，早就成为玛丽亚·卡罗来纳的心腹。在汉弥尔顿的影响下，再加上英廷多番下令要支持该国抵抗法国，纳尔逊也渐渐成为玛丽亚·卡罗来纳的支持者，对她的外交政策予以鼓励。[4]在得到纳尔逊的海军支援下，那不勒斯的军队克服本身欠缺训练的问题，试图对法军展开攻击。在11月28日，来亨屈服于纳尔逊的船坚炮利而开城投降，翌日，费迪南四世以凯旋姿态率军进入罗马；可是仅在一星期后，法军大举反攻罗马，费迪南的军队瞬即溃败，一时间那不勒斯处于险境之中。[3]
随着法军逐步进迫那不勒斯，可是那不勒斯人民却坚持皇室应该留守，纳尔逊唯有设法安排秘密送走那不勒斯皇室成员、皇室财产及随从。[3]在12月23日，他与皇室成员乘船出发往西西里岛的巴勒莫，船队在航行途中遇上风暴，年纪最少的小王子更在途中丧命。[3]几经惊险，纳尔逊一行人在12月26日抵达巴勒莫；这时纳尔逊在巴勒莫与汉弥尔顿爵士夫妇同住，身心俱疲和心灵空虚的纳尔逊从汉弥尔顿爵士夫人艾玛的交往中得到慰藉，两人更渐生情愫，到1799年2月，双方感情甚至超乎了普通朋友的关系。[3]
纳尔逊与皇室出走后，法国在那不勒斯建立一个附属共和政权，由当地的一些贵族及上流人士组成。不过一般百姓及乡郊地区却对那不勒斯的波旁皇室仍表忠心。到1799年2月，来自卡拉布里亚的天主教枢机主教法布里奇奥·鲁弗在那不勒斯郊区率众反抗共和政府，声言要推翻“雅各宾党”统治，及至4月，在起义份子奋起反抗下，法军及其盟友被迫退到那不勒斯内的几处碉堡，同时间，纳尔逊也趁机派出战舰，封锁那不勒斯，成功收复那不勒斯对出的几个岛屿。[3]虽然如此，费迪南四世与玛丽亚·卡罗来纳王后俩却坚持要纳尔逊留在身边保护，使得纳尔逊未能随便离开巴勒莫。可是，未几在5月，地中海局势却发生突变。首先是原本驻守布雷斯特的法国舰队成功从进入地中海，然后是地中海舰队总司令圣文生因病在岸上休养，一时间副司令凯斯勋爵（Lord Keith）手上只有15艘战列舰在加的斯驻防，未能阻挡由法国海军中将厄斯塔什·布鲁斯（Vice-Admiral Eustache Bruix）所率领的24艘战列舰群。除凯斯勋爵以外，英国及其盟友在地中海其他地方也有战列舰驻守，当中包括海军少将约翰·托马斯·达克沃斯（Rear-Admiral John Thomas Duckworth，后为爵士）驻守于梅诺卡岛的四艘；纳尔逊在那不勒斯的四艘、马耳他的三艘、巴勒莫的一艘及黎凡特的两艘；以及俄罗斯海军上将费奥多尔·费奥多罗维奇·乌沙科夫在科孚岛驻守的15艘。这些舰队相当分散，势力单薄，以致他们一时间难以应对法国海军压境。可是，有鉴于这支法国舰队可能会强行驶往埃及，为当地法国陆军解围，这使到英方大为紧张。[3]在5月12日，纳尔逊闻讯指布鲁斯的舰群正在驶近，他于是统合手上舰只，出发往西西里岛东角一带海域巡弋，但巡弋一星期后均无任何发现。纳尔逊在5月29日返回巴勒莫后，于6月13日带同那不勒斯陆军，启程往那不勒斯，准备发动反击。但是在出发后翌日，他却从已接任地中海舰队总司令一职的凯斯勋爵，收到法国舰队情报，他惟有无奈地再到西西里岛东角巡防。纳尔逊在6月25日回到巴勒莫后，立即再着手准备出征那不勒斯，并于7月13日抵达当地。然而，这时凯斯勋爵却再向他发令，指梅诺卡岛可能会受法、西舰队联合攻击，要求他立即前往梅诺卡岛，即使不可，也应派遣手上所有待命舰只前往。[3]纳尔逊以那不勒斯比梅诺卡岛更重要为理由，没有遵从凯斯的命令，[4]此后凯斯再连发两度命令要求调兵，纳尔逊始终也未有理会。纳尔逊违抗军令一事，事后受到海军部严辞谴责，有舆论也认为他不应无视军令，而他并非总司令，也没有资格判断整体军事策略，他的行为随时置整体英军有战败之虞。[3]
纳尔逊抵达那不勒斯后，发现鲁弗枢机已经和遭受围城的敌军签署停火协定，承诺让他们安全返回法国。[4]双方签约时，在场的英方巡防舰HMS海马号舰长爱德华·富特上校（Captain Edward Foote）也有签字，但就对协定有保留。纳尔逊得悉此事后，立即下令取消有关协定，表示对协定不予承认。[3][4]鲁弗枢机虽然不是玛丽亚·卡罗来纳王后的支持者，但对波旁皇室的忠诚却无庸置疑，他之所以提出宽大的停火协定，本是希望将陷于分裂的王国重新团结起来；但纳尔逊却怀疑鲁弗的好意，再加上他痛恨法国人及“雅各宾党人”，所以坚持要敌军无条件投降。[3]虽然如此，敌方却仍以为停战协定依然生效，于是照旧弃械投降，结果他们随即被捉拿问罪，当中不少人更遭处决。在这件事入面，纳尔逊一度被指责背信弃义，但有意见则认为，纳尔逊不懂外语，实际上与各方沟通存在困难，因此他以为敌方已接受无条件投降也不足为奇；相反，为他当翻译的汉弥尔顿爵士夫妇却很有可能在传译上故意蒙骗，原因是他们都属于王后的心腹，故此尤其痛恨背叛他们的敌军，再加上他们长期浸淫于那不勒斯的宫廷政治，比起对政治权术一窍不通的纳尔逊，他们更有可能在事件中使出宫廷权术。[3]在事件中被处决的共和国叛乱份子之中，还包括海军准将弗朗切斯科·卡拉乔洛（Commodore Francesco Caracciolo）。卡拉乔洛本是那不勒斯王国的高级海军军官，共和国成立后当上海军司令，当共和国投降时，他一度匿藏起来，但最终被发现和拘捕。在纳尔逊的命令下，卡拉乔洛在英舰上接受那不勒斯军事法庭的审判，被裁定叛国罪成立，处以死刑。[3][4]有说由于玛丽亚·卡罗来纳王后授意要处死卡拉乔洛，纳尔逊于是为取悦王后而尽快执行死刑，结果卡拉乔洛在第二天清早即被缳首问吊，尸体被抛入海中，而在他死前，纳尔逊甚至拒绝让神父探望和代祷，事后他被指为不近人情。[3][4]
在1799年8月8日，纳尔逊返回巴勒莫，在岸上待了大约十个月，其中自8月至12月，他又一度署任地中海舰队总司令一职。纳尔逊在那不勒斯的行动获得英政府认同，费迪南四世更是对他信任有加，而且还册封他为勃朗特公爵（Duke of Bronte）。然而，坊间却开始有传闻指纳尔逊在巴勒莫沉迷于艾玛的美色，置军务于不顾。最初地中海未有法国海军的踪影，意大利的法军又被击退，因此这些传闻未有引起多大反响，但是到1799年8月，拿破仑成功从埃及突围逃出，而纳尔逊却没有出海拦截，这才使伦敦的政府高官对传闻加以留神，但碍于纳尔逊在本土甚受欢迎，故政府未有作出任何行动回应。在1800年1月，凯斯勋爵重掌地中海舰队，并命令纳尔逊一同前往马耳他巡视英舰的封锁工作。[3]到2月18日，纳尔逊的旗舰在西西里以南俘获曾在尼罗河战役中逃逸的法舰宽宏号，[1]凯斯原本对此颇为赞赏，岂料他竟在行动后未经许可，就以健康理由立即返回巴勒莫，令凯斯感到失望。纳尔逊在4月也曾再度前往马耳他巡视，但他这次却带同汉弥尔顿爵士夫妇出海，身在伦敦的第一海军大臣史宾塞勋爵终于忍无可忍，召唤纳尔逊返回英国。但在致纳尔逊的书信中，史宾塞的态度仍然较为婉转，信中有谓召他返回英格兰，是相信这样能更有效调理健康云云。[3][6]
虽然凯斯拒绝派战舰送纳尔逊返国，但纳尔逊却未经许可，私自乘坐一艘于马耳他布防的英舰离去，并在7月14日登陆莱亨。除他以外，同行的还有同遭召回的汉弥尔顿、艾玛和计划到奥地利探亲的玛丽亚·卡罗来纳王后。他们在越过意大利途中险被法军截获，及后他们经过安科纳，转乘一艘俄国巡防舰横渡亚得里亚海至第里雅斯特，再先后到访维也纳、布拉格、德累斯顿、马格德堡、以及经易北河往汉堡。[3]纳尔逊与汉弥尔顿夫妇所到之处，皆成为当地舆论焦点。在1800年11月6日，纳尔逊等人终返抵英格兰大雅茅斯港口，他们在前往伦敦途中不断获得群众欢迎。在伦敦逗留约两个月后，纳尔逊在1801年1月获军方擢升为海军中将，同时出任海峡舰队副总司令一职，而总司令正是其旧上司圣文生勋爵，至于当初纳尔逊从西班牙手上俘获的HMS圣约瑟夫号，就在1月13日成为了他的旗舰。[1]可是到1月29日，消息传出英揆小威廉·皮特可能辞职，正在酝酿组阁的下院议长亨利·阿丁顿（后为西德默斯子爵）有意邀请圣文生入阁出任第一海军大臣，于是圣文生辞任海峡舰队总司令，改由海军中将海德·帕克爵士（Vice-Admiral Sir Hyde Parker）接替。[3]不久以后，纳尔逊在2月12日奉命改以HMS圣乔治号（HMS St George）为旗舰。[1][7]
这时英国因为派舰对法国海岸进行封锁，阻止法国与其他国家进行贸易，结果引来维持中立的俄罗斯、普鲁士、丹麦及瑞典相当不满。他们为此组成武装中立联盟，企图打破英国封锁，威胁停止向皇家海军供应建造战舰所需的木材。为瓦解中立联盟，帕克与纳尔逊奉命在3月12日率舰队前往波罗的海，而在形势不明朗的情况下，详细的谋划对舰队行动相当重要，可是帕克出发前未有与纳尔逊商讨战略，也没有咨询过随队的波罗的海专家。[3]另一方面，舰队向波罗的海出发时，英政府尚未对联盟国宣战，各方仍在谈判当中，所以一旦开战，帕克要立即决定向哪国进攻，以及选定进攻的方法。[3]纳尔逊起初建议舰队无需理会实力有限的丹麦海军，而应趁俄军部分舰队困于冰封的喀琅施塔得时，直捣俄国位于日瓦尔（今塔林）的主力舰队。这个方案虽然比较大胆，却被认为是最安全的策略，能够一举击破中立联盟的核心军力。[3]但帕克认为纳尔逊的建议过于冒进，经过一番考虑后，帕克以丹麦和瑞典为目标，且率军驶入两国之间的厄勒海峡。英舰队驶至时，丹麦守军只有微弱反抗，对英舰毫无杀伤力，而瑞典更是一炮不发，任由英舰驶至，到3月30日，英舰群到达丹麦哥本哈根，在哥本哈根对开海域下锚驻扎。[3]
由于英舰队当初的出征日期受到延误，故此英舰到抵哥本哈根时，丹麦已做好布防工作，令英舰进攻时更易暴露于敌方守军炮火射程以内；但幸好英舰群驶进哥本哈根时像尼罗河战役一样，没有横列前进，从而避免整支舰队同时受敌方守军炮火袭击的风险。[3]除此之外，哥本哈根海岸由北至南对出是一条长形的中部沙洲（Middle Ground），沙洲与哥本哈根之间的海港叫国王海（King's Deep），而隔着沙洲另一边则是一条叫荷兰海（Holland's Deep）的海港；纳尔逊视察当地布防时，发现哥本哈根在国王海的港口一带布防最严密，由北至南排列大量战舰，至于国王海口岸最北端的另一敌军要塞三冠堡（Tre Kroner Fort）是国王海及荷兰海的交汇点，而南端交汇点守备则较弱。他于是得出结论，推测由南方进攻哥本哈根较为可取，因此建议舰队可由北经荷兰海至南方的交汇点，然后沿中部沙洲自南方折回国王海北上。这样英舰便可避过国王海的敌方主力，同时又让英舰自南口按步逐只歼灭自北至南整齐排列的敌舰，然后再派炮舰补上，使哥本哈根市中心落入炮舰射程之内，从而迫使丹麦议和。[3]
在4月1日，帕克派出舰队内12艘较细小的战列舰予纳尔逊展开行动，而自己则留下较大的战列舰在离岸海域作远距离观察；纳尔逊一行在当晚抵达中部沙洲南端驻扎，到第二天清晨，正好南风盛行，纳尔逊随即下令发动攻击。然而，没多久英方才发现国王海的水深比预计中浅，而其中一艘战列舰尚未开战，便在驶近哥本哈根海岸附近时触及浅滩搁浅，另外还有两艘战列舰在开战时驶得太接近中部沙洲，结果同告搁浅。[3]为免余下九艘战列舰也遭遇搁浅下场，他们唯有在丹麦舰群对开240码的水道上列队由南至北缓行，射程的拉远使到英舰的攻击力减弱，但战后英方的堪探工作却发现，英舰其实可以作更近距离的航行，甚至像尼罗河战役一样与敌舰靠拢，也是不会触礁的。此外，英方还低估了丹麦守军的攻击力，起先英舰群从远处观察时，只见得哥本哈根沿岸排列著战列舰群，而没有留意每艘战列舰之间其实布满细小的木艇，艇上装配炮组，具一定的杀伤力。[3]尽管英舰群被迫沉着应战，其中数艘战列舰又受炮火重创，但是英舰群始终凭借更胜一筹的火炮装备，渐渐在战事中取得上风；再加上英舰群由南口进攻，而敌方在三冠堡及附近布置的武器及战舰大多射程有限，又没有南下增援，以致未能发挥作用。[3]
帕克的八艘战列舰原本负责驶去三冠堡扰乱敌方，阻止敌舰南下增援，但帕克指挥缓滞，结果那八艘战舰无所作为。[3]虽然如此，这时的纳尔逊已在战事中掌握优势，及至下午一时三十分，英舰已基本攻破哥本哈根海岸以南的敌方布防，当中敌方准将奥弗特·费雪（Commodore Olfert Fischer）放弃焚毁的旗舰逃生，另有12艘敌方战列舰局部或完全失灵，让英方炮舰有机会前进。就在哥本哈根市中心即将要落入英方炮舰射程范围之时，尚在四英里以外的帕克竟发旗号，下令英舰撤军，身在前线的纳尔逊认为帕克的号令愚不可及，而且大为愤慨，向他的旗舰舰长佛利说到：
| “ | 你知道吧，佛利，我只有一只眼 － 有时失明是我的权利。[3] | ” |
纳尔逊说罢，即用他失明的右眼看望远镜，声称自己“真的没有看到旗号”。[3]幸好纳尔逊没有发出跟帕克一样的旗号，所以其他在前线的舰长都没有听从总司令的号令撤军。但为免被指违抗军命，纳尔逊的副贰海军少将托马斯·格雷夫斯（Rear-Admiral Thomas Graves，后为爵士）唯有在战舰上一个甚为隐闭的地方悬挂撤军旗号，不过就同时在船头桅顶醒目地挂上“彻底战斗”的旗号。有意见认为，假如当初纳尔逊等人真的听从帕克的命令撤军，可能会招致英方惨败。原因是英方如果往北撤退，将无可避免地经过北岸丝毫未损的敌军布防，很有机会受到敌方猛击，而事实上在战后英舰往北离开国王海时，有数艘战舰触及浅滩搁浅，动弹不能，假如这种情况在战时发生，将对英方构成严重损失。[3]
与此同时，哥本哈根海岸以南的敌舰多已失灵，部分甚至起火焚烧，但双方继续互有攻击。这时纳尔逊派出一名会丹麦语的军官前往敌方，提议双方停火。有英方军官认为纳尔逊此举未必出于英方已必胜无疑，而是担心再持续下去可能会生变数；[3]后世也有丹麦历史学家认为，如果丹麦没有接受停火，纳尔逊便有战败的可能。[3]不过无论如何，丹麦方面接受了停火，避免双方有更进一步的伤亡，而哥本哈根落入英方炮舰射程范围之内，标志着英国在战事中的决定性胜利。双方停战后，纳尔逊在未有理会帕克的情况下，径自与丹麦的费雪准将展开谈判，稍后他又与丹麦实际掌权人王储腓特烈展开斡旋。虽然纳尔逊不会外语，不过王储与他的海军副官都会英语，所以两人沟通未有问题。[3]在谈判中，双方未有谈及丹麦的内政事务，而丹麦的立场很明显，就是丹麦一方面不希望因退出中立联盟而得罪俄国，但另一方面也担心英国强迫丹麦退出中立联盟。纳尔逊遂提出双方停火16星期，让英舰有时间前往波罗的海对付俄国舰队，最终丹麦给予了为期14星期的停火期。此外，这时丹麦方面已收到俄国沙皇保罗一世遇弑身亡的情报，从而预计俄国政策可能即将改变。[3]
哥本哈根战役之后，帕克只顾安插自己的亲信填补阵亡将士的遗缺，令他更失军心。[3]至于身心俱疲的纳尔逊认为与俄国开战的机会不大，于是准备请病假返英格兰休养。但意想不到的是，英军的战况报导传回英国后，英政府不单止对纳尔逊恢复信心，而且还认为当务之急是先撤换帕克。结果在5月5日，帕克收到命令，不得不将海峡舰队总司令之位交给纳尔逊，由此退下火线。[3]升任总司令的消息为纳尔逊带来很大鼓舞，且随即打消返国休息的念头。纳尔逊在5月6日正式出任总司令后，[1]随即在翌日率舰出发往日瓦尔，在抵达后他们得悉新的俄国政府愿意妥协，无需开战，最终在7月1日以凯旋姿态返到雅茅斯军港。纳尔逊在哥本哈根的表现深得英廷肯定，他在1801年5月22日获英廷封为世袭子爵，是为诺福克郡伯纳姆村及尼罗河的纳尔逊子爵（Viscount Nelson of the Nile and of Burnham Thorpe in the County of Norfolk）；到同年8月18日，他再获多封一个世袭男爵爵位，是为诺福克郡希尔伯勒及尼罗河的纳尔逊男爵（Baron Nelson, of the Nile and of Hillborough in the County of Norfolk），这个男爵爵位与众不同的地方是，它可以由纳尔逊父亲或姊妹的儿子继承，这样纳尔逊即使膝下没有男丁，家族中仍可有后人继承爵位。[3]
纳尔逊在哥本哈根的表现，为他一扫早前与汉弥尔顿爵士夫人的绯闻而招来的流言蜚语。[3]但海军部的圣文生等人担心纳尔逊再度过分沉迷于她，唯有急忙安排他任务出海。[3]在7月27日，纳尔逊获委派率领一支地方的反入侵舰队前往英伦海峡执行任务，其舰队在8月15日晚向停泊于法国布洛涅港口的法国舰只发动攻击，但敌方事前已取得情报，故行动没有取得成功。不过其时英、法两国已在和谈当中，并在10月1日初步签订停火协议，至翌年3月《亚眠条约》签署后，两国重现和平局面。[3]
《亚眠条约》的签署只为纳尔逊带来19个月的休息生活，和平始终并不持久，英、法两国关系很快就日益紧张。在1803年5月14日，纳尔逊获委任为地中海舰队总司令，两日后英国即向法国宣战。纳尔逊在5月18日登上位于朴茨茅斯军港的总司令旗舰HMS胜利号，翌日正式启航出发，至7月他在土伦对开海域与部分先到的舰队会合。[3]
纳尔逊的任务主要是负责保卫直布罗陀及已经于1800年收归英国管辖的马耳他，此外他还要制止法国地中海分遣舰队的活动，防止他们离开地中海，以免与拿破仑计划入侵英伦的主力集结。而这时拿破仑的大军正云集布洛涅港口，所以一旦法国在土伦的地中海分遣舰队驶入英伦海峡会合大陆军，将置英伦于危险之中。[3]虽然如此，但由于土伦在冬天离岸强风盛行，故此难以进行封锁；而如果转到土伦港山头后的海域，行踪也会很容易被敌军从山头观察，同样不利封锁。纳尔逊从来没有打算封锁土伦港，但却时常派舰到土伦对开，以引诱敌舰出港，再进行攻击。为达到行动目的，纳尔逊将萨丁尼亚以北对开的马达莱娜岛作为舰队停泊及补给基地。在此后的18个月的时间入面，他的主要工作只是不时对土伦作远距离视察，舰队未有任何重大的军事行动。[3]
直到1804年年尾拿破仑加冕称帝、西班牙重新加入成为法国盟友后，地中海局势急剧恶化。在1805年1月19日，身处马达莱娜岛的纳尔逊接报，法国舰队已由他在尼罗河战役的对手皮埃尔·查尔斯·维伦纽夫带领下，从土伦出发，并已巧妙地避过他在当地布置的巡防舰群。纳尔逊唯有再一次率军追踪法舰群的下落。根据情报，维伦纽夫率舰往东南方进发，纳尔逊于是也向东搜索，抵至亚历山大港，可是没有发现。纳尔逊一行在2月19日回到马耳他，得悉法国舰队已经因为强风关系而退回港口。到4月4日，身在马略卡对开的纳尔逊接报，指法舰再度从土伦出海。不过这次维伦纽夫却从一艘中立商上取得情报，掌握纳尔逊的所在地，结果法舰在未有受到拦截的情况下，成功驶出地中海。[3]纳尔逊获知法舰已出地中海后，恰巧遇上对头强风，使到英舰行程受阻，到5月初，纳尔逊的舰队才驶出地中海展开追截。可是，纳尔逊只知维伦纽夫在加的斯将西班牙的舰只收归旗下，却没有头绪维伦纽夫的目的地在哪。根据推测，维伦纽夫可能会率舰往北会合其他分遣舰群，然后再以压倒之势进入英伦海峡，以掩护集结于法国的大陆军攻入英伦。有见英伦可能陷于重大危机之中，身在加的斯对开的另一支分遣舰队司令约翰·奥德爵士（Sir John Orde）遂下令撤退回防，会合海峡舰队。纳尔逊原本也准备仿效奥德回防，但当舰队驶至圣文生角对开时，他却从葡萄牙舰只获得情报，指维伦纽夫的舰队一直往西向大西洋驶去。[3]
纳尔逊并不知到其他英方将领是否接到同样线报，因此他只好假定只有他知道这个情报。纳尔逊考虑到，如果他无视情报不往西追踪法舰，将有机会导致英国在大西洋西岸、以至印度的殖民地及利益受法舰破坏；但他又注意到这可能（事实上也是）是法军设下的陷阱，用意在于尽可能将大量的英舰引离欧洲海域，然后再趁英伦海域守备空虚时发动攻击。[3]加上法舰往大西洋进发的情报可能也已传到海军部，从而使更多的分遣舰队被派离英伦，随时引致海峡舰队在紧急关头无人解救。几经权衡后，纳尔逊决定横跨大西洋追寻维伦纽夫的舰队下落。作出短暂补给及休息后，纳尔逊随即率领11艘战列舰往大西洋方向出发，追踪维伦纽夫规模更大的18艘战列舰。与此同时，纳尔逊的老朋友库斯伯特·柯灵乌也接获命令往大西洋找寻法舰，但当他得知纳尔逊已先行出发后，便折往加的斯，填补奥德原来负责驻守的海域。[3]
纳尔逊在5月11日才正式驶离葡萄牙，可是维伦纽夫却已在三日后的5月14日抵达加勒比海的马提尼克。维伦纽夫在那里计划等待由布雷斯特逃出来的另一法舰群加入，再以势如破竹之势剿除在英伦海峡剩下的英舰。在6月4日，纳尔逊终于到达巴巴多斯，并接获一个似乎确实的情报，指法舰正向特立尼达发动袭击。此一错误情报虽然令纳尔逊浪费不少时间往南追踪，但维伦纽夫其实也离纳尔逊不远。在6月10日，纳尔逊在蒙塞拉特对开，同时维伦纽夫就在离纳尔逊以北150英里的安圭拉对开，出发驶回欧洲。维伦纽夫之所以未等布雷斯特的援军前来就先行返回欧洲，是因为他获悉纳尔逊已来到加勒比海后，就决定及早逃遁。三天后，纳尔逊也启程追截维伦纽夫，但由于不知道维伦纽夫的目的地，他惟有前往加的斯和返回自己原本的根据地。[3]此外，纳尔逊又派双桅横帆船HMS好奇号（HMS Curieux）返回英国，以通知海军部敌舰的最新通向。好奇号不单止以很快的速度返回英国，且在途中侦察得维伦纽夫的舰队，得以向海军部报告敌舰正向西班牙费罗尔一带进发。根据这个情报，海军部及时通知在费罗尔对开海域巡弋的罗伯特·考尔德爵士（Sir Robert Calder）增兵准备。[3]终于到7月22日，考尔德在雾中见到维伦纽夫由法、西两国20艘战列舰组成的联合舰队，对之展开拦截。在战斗中，西班牙对英舰进行较多的攻击，但也失去了两艘战舰。[3]在随后两日天色渐转晴朗后，考尔德再度发动攻击，但却以保护自身舰队免受损伤为大前题，未能重创敌方。考尔德选择放弃尽全力攻击联合舰队的做法，事后遭受舆论，包括纳尔逊的批评。[3]
无论如何，考尔德的行动毕竟带来一个重要的策略影响，就是维伦纽夫一再逃逸的做法使到他的舰队士气日益低落，迫使他放弃前往布雷斯特的念头，改往维戈躲避，随后于8月2日转到拉科鲁尼亚。[3]在8月13日，维伦纽夫再率舰队前往费罗尔，但之后没有向北往英伦海峡，而是往南走，在8月20日抵达加的斯。守在加的斯海域的柯灵乌舰队在事前闻讯后退，与维伦纽夫的舰队保持安全距离，双方没有发生战斗。另一方面，纳尔逊则在7月20日登陆直布罗陀，着手重新调配地中海的舰队布防。到7月25日，纳尔逊闻讯指好奇号侦察到维伦纽夫的舰队正向比斯开湾进发，他随即率舰往北出发，希望与海峡舰队会合，但碍于强烈对头风的关系，舰队只能前往大西洋。如果纳尔逊能够往北驶去，就有可能遇上维伦纽夫，不过希望落空后，纳尔逊唯有在布雷斯特对开海域与海峡舰队总司令威廉·康沃利斯会合，他在那里交出自己的舰队后，便动身返回朴茨茅斯。[3]
对于没有成功追踪到维伦纽夫的舰队，纳尔逊感到相当失望，更一度因此身心困扰。但大出他的意料之外，纳尔逊追截法舰一事不单止在英伦广为流传，舆论还认为他在此事上立下大功，又一次为英国带来胜利。所到之处，纳尔逊都受到群众热烈欢迎，其中有一次在8月他与明托勋爵（即之前的艾略特爵士）在伦敦皮卡迪利时，纳尔逊甚至被热情和爱戴他的民众成群围住，大家一起叫嚷起哄。[3]在人民的爱戴下，纳尔逊很快就重新振作起来，与他的海军朋友们详细讨论今后的作战策略。而自小威廉·皮特在1804年5月重新组阁后，新政府的内阁阁揆也视纳尔逊为资深军事家，邀请他一起商讨军事策略。[3]
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纳尔逊是在8月19日登陆朴茨茅斯的，而维伦纽夫的舰队则在翌日到达加的斯。然而，维伦纽夫在加的斯的情报没有立即传到英国，一直到9月2日清早，柯灵乌的部下亨利·布莱克伍德上校（Captain Henry Blackwood，后为爵士）才将最新的情报传回英伦，纳尔逊旋于同日重掌地中海舰队总司令一位，而柯灵乌的分遣舰队也收归其旗下。纳尔逊估算维伦纽夫将会前往地中海，而不出纳尔逊所料，拿破仑果然放弃进攻英国的打算，下令维伦纽夫率联合舰队进入地中海，以协助法国入侵双西西里。[3]在9月13日晚，纳尔逊离开寓所，在翌日重新登上停泊于朴茨茅斯的胜利号，在出发前夕，有大批群众在岸上守候纳尔逊一行，欢送舰队前往作战。到9月28日，以胜利号为首的英舰群抵达加的斯对开海域。在与柯灵乌的分遣舰队会合后，舰队随即向大海往后撤退，以鼓励敌方扬帆出海，同时又以巡防舰群密切监察敌舰动态及去向。而就在纳尔逊会合柯灵乌后不久，消息立即传出指加的斯的敌舰有所动静，到10月19日，敌舰群终于启程离开加的斯。最初敌舰群仍未完全出海时，纳尔逊的舰队未有靠近敌方，但仍以巡防舰只进行紧密监视，但到10月20日晚双方距离开始拉近，至10月21日清晨双方主舰队更已在视线范围之内。[3]
当日早上天气晴朗，吹微弱西风，维伦纽夫的联合舰队正列队往南航行，朝地中海方向驶去，而联合舰队的前军则由西班牙海军将领唐·费德里科·格拉维纳（Don Federico Gravina）的分遣舰队带头，在舰队的迎风面航行。[3]至于纳尔逊的舰队就分成两股大致平排的纵列，双双由西边朝敌舰群的侧翼驶至。纳尔逊根据自己的经验，只于战前拟定一套粗略的作战方针，务求作战时出其不意，异军突起，令敌军陷入混乱之中。另一方面，在开战前夕，由于英方的五艘战列舰正在摩洛哥补给，所以整支舰队只有战列舰27艘，小于敌方的33艘。[3]与之前的战役不同，这次纳尔逊与另一主将柯灵乌的旗舰分别在两股纵列的前头带领前进，而不是在纵列的中间，此外顺着西风风势，所有舰只张满所有主帆及副帆，令英舰以更快的航速，乘西风向联合舰队驶去。在战事即将开始前夕，纳尔逊又命令其旗舰胜利号向舰队发放一个激励军心的旗号：
| “ | 英 格 兰 期 盼 人 人 都 恪 尽 其 责 （England expects that every man will do his duty[3]） |
” |
眼见纳尔逊的舰队即将驶至，维伦纽夫立即下令全军折返，由原本的往南航行变成往北航行，以求尽快返回加的斯港口躲避。维伦纽夫的命令使到整支联合舰队陷入混乱的状态，每艘战舰因为接收指示和转向而花费大量时间，再加上受西风影响，整支联合舰队在调头后，军形由原本的直线变成弧形，呈向东弯曲的新月形。[3]格拉维纳的前军在舰队调头后变成后军，维伦纽夫曾以为格拉维纳的后军会驶上迎风面作掩护，但格拉维纳却一直守在后军，使到本身已成弧形的战线进一步拉长。纳尔逊本来打算两股纵列驶近敌方后，会在最后关头转向，继而与敌方舰队平排开战。不过当敌方调头后，纳尔逊及时改变策略，由他统领，位于较北的一股纵列起先折向敌方前头驶去，但不久后改为向敌方中军驶去，呈几乎直角的姿态切入敌舰群；至于由柯灵乌统领，位于较南的另一股纵列则向敌方后军切入。这种非常规的攻击手法虽然非常危险，但同时也令敌方措手不及。[3]最初英方两股纵列的前军与敌方陷于恶斗之中，但随着两股纵列的战列舰一艘接一艘的驶来，使局势逐渐扭转，反而变成敌方中军及后军被英舰炮火猛攻，其中由前军变成后军的格拉维纳一方更陷入被柯灵乌一方捱打的局面。相反，敌方前军未有作出救援，只有在舰队前头观望战事，无所作为。[3]及至大约下午五时，英方已明显取得胜利，俘获敌方战舰17艘，另有一艘敌舰被战火焚毁。[3]
在下午大约一时十五分，纳尔逊与旗舰舰长托马斯·哈代（Thomas Hardy，后为爵士）在陷于恶斗的后甲板区巡视时，纳尔逊被旁边法舰可畏号（Redoubtable）发射的一枚火枪子弹击中，子弹由上而下击中他的左肩，穿过肺部，最后停留于体内脊柱尾部。[3]由于当时甲板上满是作战中的士兵，再加上浓烟密布，故此相信该子弹并非刻意瞄准纳尔逊发射的。[3]不同于坊间流传的版本，纳尔逊中弹时没有穿上全套簇新的海军礼服，而是穿着一套旧的海军服，身上只配戴上历年获勋勋章的复制品。纳尔逊在中弹后，随即由一名海军陆战队军士长及两名海员扶进船舱，期间一度继续发号命令。纳尔逊在船舱内接受随舰军医威廉·比蒂（William Beatty，后为爵士）的诊治，但他自知子弹深入体内，已经药石无灵。[8]纳尔逊随后数度要求召见正在甲板代为指挥战事的哈代，要哈代为他慰问艾玛、他的女儿和他的朋友。[8]
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刚好在下午二时半后，哈代前来看望半躺在地上的纳尔逊，告诉他敌方多艘战舰已先后投降；而纳尔逊则对他说自己命不久矣，恳求他代为将身后遗产留给艾玛。[9]这时的纳尔逊虽然非常痛苦，但仍然清醒，至于在旁边陪伴他的则有随舰牧师亚历山大·约翰·斯科特（Alexander John Scott）、事务长沃尔特·伯克（Walter Burke）、纳尔逊的侍从雪佛兰（Chevalier）及军医比蒂。纳尔逊不久以后又担心将有强风吹至，于是命令哈代去视察战舰下锚。哈代临离去时，纳尔逊再度叮嘱要为他好好“照顾可怜的汉弥尔顿爵士夫人”（take care of poor Lady Hamilton），然后说“吻我，哈代”（Kiss me, Hardy）。[9]哈代听从了纳尔逊的话，跪下轻吻纳尔逊的脸颊一下，但没有反应。哈代静立一两分钟后，再轻吻了他一下，这次纳尔逊问是谁吻他，哈代回答后，纳尔逊说了一句“愿主祝福你，哈代”（God bless you Hardy），[9]哈代这才离去执行任务。然而，纳尔逊的情况已经急转直下，不时含糊地说“感谢主，我恪守了自己的职责”（Thank God I have done my duty）。[9]中弹约三小时十五分钟后，纳尔逊最终在1805年10月21日下午四时三十分逝世于胜利号内，终年47岁。[3][9]纳尔逊临终前，哈代仍在甲板执行任务，未有陪伴在侧，而在纳尔逊身边的牧师斯科特则表示他的遗言是“为了主和我的祖国”（God and my country）。[10]
桅杆破损的胜利号在战事后于10月28日被拖回直布罗陀，而船上则安放着纳尔逊的遗体。[3]由于舰上没有棺材，加上防腐需要，纳尔逊的遗体最初要安放在一个烈酒酒箱内，由专人看守。抵达直布罗陀后，他的遗体改放入一个边线镶上铅的棺木，棺内注入兰姆酒(故此兰姆酒也被称为纳尔逊之血)。[3]胜利号修复以后，纳尔逊的灵柩随舰运回英国，于诺尔托运上岸。他的遗体在英国被放到另一个木做的棺木，木材则来自当年于尼罗河战役中焚毁的法军旗舰东方号。随后，他的灵柩被安放到皇家海军辖下的格林威治医院大画厅，停灵三日，期间大批民众到场悼念，场面几乎失控。到1806年1月8日，在胡德勋爵（即之前的胡德爵士）、彼得·帕克爵士及威尔士亲王的看守下，纳尔逊的灵柩经泰晤士河运往伦敦白厅，晚上运抵海军部安放一晚，当晚由纳尔逊的随舰牧师斯科特守夜。[11]
翌日1月9日上午，纳尔逊正式出殡，遗体停放于一个相当精巧的灵柩台上，在仪仗队护送下由海军部出发，徐徐运送至圣保罗大教堂。[3]仪仗队中除了包括32名海军将领、超过100名海军上校外，还有10,000名军人结队游行，沿途大批民众夹道伫立旁观。[3]纳尔逊的灵柩到达圣保罗大教堂后，教堂内举行长达四小时的葬礼，纳尔逊的灵柩最后长眠于教堂内一个地下石棺，位置正好在教堂圆穹的正下方。纳尔逊落葬时，原本会连同胜利号的数面船旗一同陪葬，不过胜利号的船员最后保留了这些船旗，并将它们一一撕成细块，由每人收藏，以作为对纳尔逊的纪念。[3]
纳尔逊死时没有留下子嗣，因此他的子爵爵位及在1798年册封的男爵爵位在他死后即告断绝，不过他在1801年另一个获封的男爵爵位、以及两西西里的勃朗特公爵爵位，则由他的胞兄威廉·纳尔逊牧师（Rev. William Nelson，1757年－1835年）继承，是为第二代纳尔逊勋爵及第二代勃朗特公爵。在纳尔逊身后不久，英廷为答谢其生前贡献，再于1805年11月25日向其胞兄奖授子爵及伯爵爵位，使他进而成为第一代纳尔逊伯爵（1st Earl Nelson）。[4][12]
纳尔逊早年有过两次失败的感情关系。在1782年9月，纳尔逊于魁北克执行任务时，与一名陆军军官的女儿堕入爱河，但两人的感情关系相当短促，双方未有再进一步的发展。[3]在1783年年尾，纳尔逊曾与友人到法国圣奥默尔计划学习法文，但法文没有学成，时间却主要花在追求一名叫伊莉莎伯·安德鲁斯（Elizabeth Andrews）的女子。伊莉莎伯的父亲在英国任职教会事工，当时正在圣奥默尔工干，不过纳尔逊没有钱，伊莉莎伯也不愿嫁给他，故这段关系也是无疾而终。[3]
一直到1785年初，纳尔逊在西印度群岛地区的尼维斯岛逗留时，邂逅守寡少妇法兰西斯·“芬尼”·尼斯贝（Frances "Fanny" Nisbet，1761年5月－1831年5月6日）。法兰西斯本名法兰西斯·伍尔沃德（Frances Woolward），父亲威廉·伍尔沃德（William Woolward）在尼维斯岛任职法官。[3]法兰西斯于1779年嫁给任职医生的约书亚·尼斯贝（Josiah Nisbet），两人育有一名同叫约书亚的儿子，可是法兰西斯的丈夫在1781年到访伦敦时突然去世，留下法兰西斯独自守寡，寄住于亲戚在尼维斯岛的大农场。[3]
纳尔逊认识法兰西斯后，两人很快就传出婚讯，并于1787年3月11日在尼维斯岛上结婚，由纳尔逊的好友威廉·亨利王子任伴郎。纳尔逊与法兰西斯婚后返回英格兰定居，初时两人在公众场合以恩爱著称，而且当纳尔逊征战在外时，夫妇俩经常互有书信往来，不过结婚多年，两人始终膝下犹虚。在1797年，纳尔逊获封爵士，法兰西斯遂成为纳尔逊爵士夫人，后在1798年及1801年，纳尔逊又先后获封男爵及子爵，她也先后晋为纳尔逊男爵夫人及纳尔逊子爵夫人。[3]
由于长年分隔异地的关系，使到纳尔逊与妻子的感情变得不稳定。例如在1794年年尾，纳尔逊驻守来亨时就曾包养一名情妇，甚至携同她出海进行任务。[3]纳尔逊在1793年到访那不勒斯时，他认识了英国驻当地使臣威廉·汉弥尔顿爵士及汉弥尔顿爵士夫人艾玛（Emma, Lady Hamilton，1765年－1815年1月15日）。纳尔逊不单止与汉弥尔顿爵士结成好友，甚至与他的妻子艾玛传出绯闻。[3]汉弥尔顿爵士夫人本名艾玛·里昂（Emma Lyon），早年曾经有过几段感情关系，曾经在1782年为别人诞下一名私生女。艾玛后来改名艾玛·哈特（Emma Hart），数年后在1791年以26岁之龄嫁给已经60岁的汉弥尔顿爵士，因而成为汉弥尔顿爵士夫人。[3]
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纳尔逊与艾玛真正发展感情关系，是自纳尔逊在1798年年尾与汉弥尔顿夫妇一起生活而开始的。及至当年12月，纳尔逊协助那不勒斯皇室乘船撤往西西里岛，不过船队在中途遇上风暴，在危险的船程中，众人获艾玛的悉心照料，进一步激起纳尔逊对她的倾慕之情。此后，纳尔逊退到西西里岛，更与汉弥尔顿夫妇同居，当时身心俱疲的纳尔逊从艾玛得到慰藉，两人互生情愫，到1799年2月，双方感情甚至超乎好朋友的关系。[3]不久以后，坊间开始有传指纳尔逊在西西里沉迷于艾玛美色，置军务于不顾，最终促使纳尔逊在1800年被召回国。在返国途中，纳尔逊又与汉弥尔顿夫妇结伴取道欧洲大陆，所到之处，皆成为当地舆论焦点，而他们三人的复杂关系更招来不少闲言蜚语，使他的名声有所受损。当中，曾在来亨见过他们的陆军军官约翰·摩尔（John Moore，后为爵士），就直指纳尔逊与艾玛一起的亲密场面令人感到“相当可悲”（It is really melancholy）。[3]至于在返国后，纳尔逊虽然获得英皇乔治三世的接见，但乔治三世向来标榜自己重视婚姻和家庭，所以对传出婚外情的纳尔逊显得十分冷淡，[4]不少上流贵族及士绅得悉后群起仿效，对纳尔逊采取回避的态度。[3]
纳尔逊在1800年回到英国后，他与艾玛的婚外情无可避免地导致他与发妻法兰西斯的感情破裂。[3]法兰西斯虽然没有与纳尔逊正式离婚，又多次提出希望复合，但纳尔逊都不为所动。[3]至于纳尔逊的亲戚大多也支持他与艾玛的关系，众人之中就只有纳尔逊的老父仍然支持法兰西斯。可是当纳尔逊的老父在1802年过身以后，法兰西斯的地位就显得更形孤立。[3]此外，艾玛在1801年1月29日成功为纳尔逊诞下一对双胞胎，但最后只有其中一名女婴活下来，这名私生女叫霍雷西娅·纳尔逊（Horatia Nelson，1801年1月29日－1881年3月6日）。艾玛为纳尔逊诞下私生女一事显得极为隐秘，为免引人更多话柄，他们也没有公开此事。后来大约在1803年尾与1804年之交，她再为纳尔逊诞下一名私生女，取名“小艾玛”（Little Emma），但女婴出生后不久便告夭折。[13]
纳尔逊在1801年哥本哈根战役的表现，为他一扫早前与汉弥尔顿爵士夫人的绯闻而招来的流言蜚语。[3]但海军部的圣文生伯爵及托马斯·特罗布里奇爵士等人担心纳尔逊再度过分沉迷于她，唯有急忙安排他任务出海。艾玛与纳尔逊也明白海军部的用意，这最终使到纳尔逊与圣文生的关系决裂，而他与特罗布里奇的友谊也因而告终。[3]在1802年9月，艾玛为纳尔逊买入位于萨里郡的默顿坊（Merton Place），供她、纳尔逊与丈夫汉弥尔顿爵士同住。尽管艾玛与纳尔逊情同夫妻，但同住的汉弥尔顿爵士却始终没有过问，也未有严辞谴责艾玛与纳尔逊的婚外情。[3]汉弥尔顿最后在1803年4月6日以72岁之龄卒于伦敦府中时，艾玛与纳尔逊皆在场陪伴。[3]虽说纳尔逊自哥本哈根战役以后恢复名声，但纳尔逊与艾玛的感情生活、纳尔逊如何被艾玛迷倒、以及纳尔逊、艾玛及汉弥尔顿爵士之间的复杂关系等等，依旧成为大众闲话家常的焦点。而对于汉弥尔顿爵士对好友与发妻搞婚外情，却仍摆出视而不见的态度，更遭讽刺漫画加以嘲弄。[3]
纳尔逊被认为是杰出的海军军人及军事家，在英国军事史上与马尔博罗公爵及威灵顿公爵齐名。[14]他与属下建立深厚友谊、战略大胆得宜、屡次带领英国胜出重要海战，化解危机，并为此先后失去右眼、右臂、甚至赔上自己的性命，因而被不少人视为英雄人物。他的英雄色彩更启发后世的德意志帝国及大日本帝国，藉以唤起爱国情绪。[3]不过，受到他与艾玛的婚外情影响，纳尔逊的英雄色彩其实在19世纪初年一度遭人淡忘，但随着维多利亚时代的历史学者慢慢隐去这段历史，他的英雄主义色彩和爱国精神在19世纪中叶开始被发扬光大，其中，为纪念1805年特拉法加战役而建的伦敦特拉法加广场，就要到1843年方告竣工。[3]此后，纳尔逊成为了大英帝国及其海上霸权的其中一个重要象征，一直持续至第一次世界大战为止。[3]当中，英国1894年成立的海军联盟（Navy League）就大力鼓吹纳尔逊的英雄色彩，更自1896年起定10月21日为特拉法加日（Trafalgar Day），以纪念纳尔逊。英联邦不少地区至今仍庆祝这个节日。[3]
在第一次世界大战期间，不少英国人曾期望英国将诞生第二位纳尔逊，带领英国重演特拉法加战役一幕，但是这个希望落空了，而英国在战后也开始失去长久以来的海上霸权。[3]虽然如此，纳尔逊仍然受到英国人的敬重和爱戴，他在特拉法加战役中的旗舰HMS胜利号在1920年代获得重修和永久安置，他与艾玛的风流韵事更在1941年被亚历山大·柯达爵士拍成电影，[3]而BBC于2002年举办的最伟大的100名英国人投票中，纳尔逊位列第九，反映出他在英国人心目中仍享崇高地位。[15]但有意见认为，纳尔逊本身也不是完美无缺的军事天才，他虽然精于海战战术，但是航海经验不算特别突出，而从他在那不勒斯的经历，也反映出他欠缺政治手腕，再加上他的风流韵事，使他不单止被舆论赞美过，也曾被责备过和嘲弄过，各种评论的差异使他具有一定争议。[3]
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纳尔逊身后，英国国内及其属土不少地方，皆先后建立各式各样的纪念性建筑物，以纪念一代海军将领。[3]其中规模最宏大的，要算位于伦敦市中心西敏的特拉法加广场，广场本身在1835年初步建成，但要到纳尔逊圆柱于1843年建成后，整个广场才告竣工。除伦敦外，爱尔兰都柏林也早在1808年建成纳尔逊柱（Nelson's Pillar），[16]不过纪念柱已在1966年遭反英份子炸毁。除建筑物以外，英国及其属土不少地方均有道路以纳尔逊命名，当中比较有名的包括位于前殖民地香港九龙的奶路臣街（Nelson Street）。
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