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2021年4月下旬[1][2]，台湾北部多地发生2019冠状病毒病群聚传染，随后扩散至台湾各地。此为台湾发生2019冠状病毒病疫情以来最严重的社区感染衍生事件。
2021年5月13日，发现宜兰县罗东镇、新北市芦洲区与台北市万华区群聚案病毒基因定序与华航诺富特群聚事件相同，都是SARS-CoV-2的变种B.1.1.7谱系[3][4]。中央流行疫情指挥中心研判各群聚案间可能相关，但尚无找出其中连结接触者[5][6]。
2021年5月14日，依据中央流行疫情指挥中心公布的案例图，共计确诊64例个案（宜兰游艺场群聚9例、芦洲狮子会群聚25例、万华茶艺馆相关23例、7例感染源尚待调查）。随着确诊病例数不断迅速增加且迅速扩散至各县市，5月19日中央流行疫情指挥中心宣布台湾进入第三级防疫警戒。5月26日，原订三级警戒期限至5月28日解封，因应台湾本土疫情日益严峻，为降低聚集性感染风险，同日首度发布警戒时间延长至6月14日止[7]。6月7日，疫情指挥中心再度发布，因应本土疫情持续严峻，台湾疫情警戒第三级管制延长至6月28日止[8]。6月23日，疫情指挥中心三度延迟全台疫情警戒第三级至7月12日止[9]。7月8日，疫情指挥中心四度延迟全台疫情警戒第三级至26日止。但亦自13日起适度松绑部分管制措施[10]。7月23日，经考量国内疫情及参酌他国防疫调整经验，与各地方政府沟通结果，发布自7月27日至8月9日疫情警戒标准调降至第二级（但须视疫情调整）。后续至2021年12月31日继续维持二级警戒。
2021年8月13日，指挥中心以4图定调3+11是群聚、非破口，3个月无法确认诺富特与万华事件的关联。[11] “经过3个半月的广泛调查，并未找到与社区相关连结事证，但也希望相关越少越好，而诺富特旅馆群聚则“病毒应该是国外来的”，但房务部员工等传染关系难以厘清，只能说这段期间诺富特内员工、居住者都有人染疫。”、“昨日声称“3+11”制度不是破口，引发外界批评声浪，就有网友质疑“难道万华疫情爆发是有虫洞丢病毒进去？”有媒体询问此看法，陈时中表示，当时事件刚到一段落时，无法断言一定没有关联，尤其是基因定序有些相同，短时间内无法与社会没有连结，但经过3个多月的广泛疫调及采检后，发现跟案例都没有连结才会说是单独事件。有媒体追问，是否可定调华航诺富特与本土疫情没有直接关联？陈时中回应，“没有办法断言，我只能提出相关情况，至少没有证据显示有关联”。”
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2020年4月，台北市议员与媒体表示万华近400家的茶室、茶艺馆（另戏称：阿公店[12]），空间狭小却挤满小姐和顾客，飞沫传染新冠肺炎之可能性大增，室内1.5米的社交距离形同虚设，大家却未挂戴口罩，缺少管制恐怕会成为防疫的大破口。[13]
2020年5月，亦有民众向台北市政府卫生局陈情检举万华区茶室包厢空间拥挤未保持安全社交距离，若不严查恐造成防疫破口。北市卫生局仅回复对若有不符防疫措施者进行辅导限期改善，处理完成，遭质疑忽视吹哨者提醒，导致疫情破口。由于当地周边100米范围内有仁济医院，依法（《台北市舞厅舞场酒家酒吧及特种咖啡茶室管理自治条例》[14]）不得设置舞厅舞场酒家酒吧及特种咖啡茶室，但北市府却长年未积极取缔营业项目与登记不符之业者。[15][16]
虽然此群聚案中之（案1424）其发病日虽可溯及至2021年4月23日（实际感染时间当再往前推，被认为可能与华航及诺富特之违规群聚案是平行发展的两条脉络），不过后来指挥中心医疗应变组副组长罗一钧说，病毒基因定序显示，华航诺富特事件有17例感染序列相同的最主要英国变异株，新北某狮子会群聚案11例、万华茶艺馆群聚案5例、宜兰游艺场1例，均感染该株英国变异株。[17]。但5月11日出现7例的本土染疫案例，其（案1203）却是为最先确诊之标的対象，标志“万华茶室”爆发传染性肺炎之警戒状态的提升[18]。
2021年5月，新北市议员叶元之揭露：“诺富特只提供二馆让检疫客人入住，没想到半年前开始房间不够用，竟然偷偷开放一馆让检疫客入住，造成防疫破口！饭店方面没有回应！”，对此指挥中心陈时中表示：“防疫旅馆可以和一般旅馆可混用，但是要分层、电梯要独立，没落实将按规定处分！”，并且表示“他应该那时候要跟我们通报啊，那我们会再去问一下那个情形。”对此，新北市议员叶元之说：“我觉得陈时中去骂员工也太奇怪了吧，这个是这个到底是谁的责任，这个是陈时中的责任吧，所以陈时中真的不用甩锅啦。”[19]。而对此爆料，桃园市观光旅游局长杨胜评说，目前没有接获该件检举案。[20]
5月8日，桃园市卫生局以诺富特饭店未申请作为防疫旅馆，却擅将其部分楼层作为航空公司机组员之检疫旅宿，且曾有与一般民众同层混住之情形，卫生局依违规时程逐日计罚，共裁处新台币126万6,000元罚锾。[21]
5月13日，中央流行疫情指挥中心指挥官陈时中表示起因是由于“人与人的连结”而染疫[22]，从而造成这场传染性肺炎之防疫破口[23]。台北市长柯文哲亦于同日下令万华分局所列管172家的茶艺馆兼饮酒店（阿公店、清茶店），即日起全面停业3天，待消毒完毕，方可再申请复业，并在通过检查后，才可开始重新营业。[24]。
5月17日，张上淳指出以基因定序分析判断，确诊的个案皆为相同病毒株序列，推测为同一条传播链分别在不同地点被测出，应该是台湾社区一个大群聚事件，而非多个平行传播链。[25]，从目前资料来看，目前都是同一个病毒序列，合理推测是同一条传播链，只是在不同地点被侦测到；如果更往源头去看，确诊人员的来往都有相关，所以不能说是三条平行传播链。[26]
5月23日，陈时中表示基因定序看起来一致并非说跟华航事件有关，仍要查清楚才能确定跟谁有关。[27]
6月16日，陈时中表示这波本土疫情大多是英国变种病毒株。[28]
5月21日，监察院监委林国明鉴于本土疫情爆发后，针对万华茶艺馆长期实际从事有女陪侍之饮酒店营业项目与登记之饮食店业不符，市府相关主管机关却未积极取缔长期违法经营“阿公店”，促其成为防疫破口，主动申请监察之自动调查 （页面存档备份，存于互联网档案馆）。[29][30]
2021年8月13日指挥中心以4图定调3+11是群聚、非破口,3个月找呒诺富特与万华关联(如上述),之所以与一开始指明与诺富特机师群聚有关联后来又称没有,乃是因为诺富特房务经理(案例1120)自4月17日就陆续出现咳嗽、流鼻水、食欲不振及呼吸喘等症状。在于4月19～26日间多次至诊所就医，因症状未改善，4月27日至医院就医，经诊断有肺炎情形，收治住院隔离并采检，于29日确诊。[31] 而期间需定期接受筛检者，仅有机师这一职业，并不包含任何其他职业或行业，检疫旅馆工作人员(案例1120)自然也非被要求定期筛检的対象,而其从发病迄被一般诊所送筛检后确诊，期间超过11天,每日并以大众交通工具往返于北部住家及桃园诺富特饭店之间[32] [33] 所以究系房务人员在诺富特内被传染或再传染给馆内的机师,或在社区被传染后再传回诺富特饭店,就证据而言,无法说明。
指挥中心专家黄立民于2021年4月28日接受采访时，即案例1120公布的前一天．即“呼吁指挥中心不只要采检机师，应该比照上次部立桃园医院扩大采检方式，与华航有业务往来的外包商、清洁工等也都不该漏掉，环境相关接触者都应一并验血清，才能知道感染规模。”、“从血清初步结果显示病毒存在台湾很久，一直没有消失，因为印尼籍机师在澳大利亚采检时才发现确诊，因此这次并非第一波感染。黄立民指出，这次华航机师感染很大部分应该是本土感染，只有少数是境外接触病毒，且有好几个感染源头。但因为没有全面调查血清，中间又有断点，才会难以查到感染源。”[34]
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- 5月26日，更新资讯参考：全国疫情警戒第三级实施时间持续延长，全台各级学校、公私立幼儿园，含（各类安亲班、补习班、儿童课后照顾中心）都必须停课。且原定5月28日解封期限，延期改至6月14日止。
- 台北市：
- 5月14日，校区位于双北区域之马偕医护管理专科学校校长，于校区官网发布“给家长的一封信”，证实三芝校区具COVID-19确诊个案，依规定自15日起至5月29日止，全校停课2周，30日恢复运作 [36]。
- 5月16日，台北市长柯文哲记者会宣布，双北地区之国三、高三学生17日起开始停课。万华警戒区内的老松、龙山、双园、萤桥国小等4校，自17日起至5月23日止，停课一周。 [37]。
- 5月17日，台北市万华区光仁小学附设幼儿园一名美术老师确诊，校方16日晚间公告“小学、幼儿园自17日起停课两周”[38]。早上10时30分，台北市长柯文哲宣布自5月18日至5月28日止，台北市全境高中职以下（含公私立高中职、国中小、幼儿园、补习班、安亲班、课后照顾中心、托婴中心）全面停课[39][40]。
- 新北市：
- 5月15日，校区位于新北市、宜兰县区域之耕莘健康管理专科学校校长，于校区官网发布自5月15日至23日启动远距教学处理[41]。
- 5月16日，新北市长侯友宜宣布，17日起，国中、高中三年级学生可“在家不到校”，改采远端学习，学校教师可依需求异地上课或线上授课。因应台湾艺术大学1名学生同日确诊通知，学校防疫核心小组已于14日决议（自5月17日至6月8日止，共计3周），全校课程采全面实施线上教学；依据课程性质(如展演、实作课程)可调整授课方式或延后上课，须于6月30日前补课完成。后续依疫情状况将做滚动式修正[42]。
- 5月17日，约早上11时，新北市长侯友宜宣布5月18日至5月28日，新北巿各公私立高中职、国中小、幼儿园、补习班及课后照顾中心实施“停课不停学”，学生在家防疫不到校[43][44]。
- 桃园市：
- 5月13日，因地区国小6年级学童家人确诊，为提升防疫措施。校方宣布（自14日至30日止）以停课2周处理。
- 5月16日，因桃园市民日前携2名年岁为国中、国小大的小孩，至万华地区访友，致3人确诊。相关2名学生就读学校闻讯，即分别于同日傍晚、晚间紧急发布公告表示（17日起停课至30日止，共计2周）。
- 新竹县：
- 5月16日，同日公布地区3案例确诊，其中2名确诊者是私立幼儿园的幼儿，此2所私幼17日起停课14天。
- 苗栗县：
- 5月16日，苗栗市大伦国中经查证，其校9年级学生于5月14日曾搭乘自强号自台北上车，与台南确诊者共处于同班车同节车厢内，已转列居家隔离対象。校方依规定发出停课通知，其就读班级将（自17日至30日停课14天），关于补课部分将另行通知。
- 台中市：
- 5月16日，台中市政府表示，据同日晚最新疫调进度，西屯区重庆国小1名六年级学生确诊，教育局即迅速函告重庆国小后续停课处理（自17日起至31日止，共计2周）免至校上课（以视讯教学处理），后续视疫情调整不排除延长之可能性，此生为台中市此波疫情第3位确诊个案，该校也为台中市首家停课之校区。
- 彰化县：
- 5月16日，卫生局资料公布，同日新增13例中，有2例为彰泰国中同班同学。为维护其校园师生健康、安全，县政府晚间紧急宣布，其校全校师生17日起起停课2周。
- 嘉义县：
- 5月16日，市府教育处长林立生表示，地区各国中、小及市立体育场室内场馆因应二级警戒（自16日起）不开放外借，原则上家长与访客不得进入校园。如有进入校园必要，应严格落实佩戴口罩及实联制登记。关于学生学习方面，教育处设置“防疫在家数位学习资源”专区，提供各年级线上学习。不会因停课而中断学习。
- 台南市：
- 5月16日，台南市长黄伟哲晚间宣布，17日起，高三与国三毕业班学生暂不全面停课，若有个别需求，经家长同意得以请假方式不到校上课。
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- 5月24日，教育部发函给各高级中等以下学校，示意“疫情仍严峻”，务请各高级中等以下学校、幼儿园之毕业典礼配合停办；若必须办理毕业典礼，请以线上方式处置，避免不必要移动、活动或集会[47]。
- 6月7日，教育部因应疫情，全台实施（疫情警戒三级）时间延长至6月28日，为降低聚集性感染风险，维护学校师生健康及学习权益及考量学期完整性，再次宣布，“全台各级学校及公私立幼儿园109学年度第2学期停止到校（园）上课之期间，延长至7月2日止(高中以下学校休业式)”，学生改采居家线上学习；儿童课后照顾服务中心、补习班等各类教育机构亦请所有学生停止前往，留在家中学习。学校实施线上教学方式。[48]。
- 台中市：
- 台中捷运（绿线）：
- 连江县：
- 南北竿海运－“福澳往大坵”及“北竿桥仔往大坵”政府补贴航班，17日公告（自18日起至5月28日止）停航，再视疫情决定是否复航[52]。
- 财政部：
- 嘉义县：
- 5月15日，嘉义县政府防疫警戒升至准三级，连续两日出动警力配合相关单位加强稽查，全县224家相关业者依规定暂停营业。少许业者尚具营业事实，经劝导已停业[55]。
- 基隆市：
- 连江县：
- 5月18日，东引民宿业者响应无条件全额退费应对退房潮后，因应疫情加剧，经大家开会讨论达成共识，并连署公告，自18日起至6月8日自主性暂时停业[57]。
- 基隆市：
- 5月14日，基隆屿14日起封岛一个月，预计6月15日重新开放[58]。
- 新竹县：
- 苗栗县：
- 南庄乡（地区平均海拔： 865 米），地区透过以（封山、关闭观光区、露营区）之方式，避免因游客乱入造成防疫破口。例：南庄乡鹿场部落17日晚会议决议（5月19日到6月8日）“封山”。
- 南投县：
- 5月16日，南投县府宣布“双龙瀑布”、“七彩吊桥园区”休园至23日。
- 屏东县：
- 5月16日，屏东县琉球乡（小琉球）近八成旅、宿、餐饮业者发起自主性停业，退订租房至6月8日止，以保护琉球乡。
- 屏东县山区部落（短暂封山）请游客暂时别来，“疫情减缓后再来相见”。例：屏东县永久屋礼纳里部落（含三地门乡大社村、雾台乡好茶村与玛家乡玛家村），村内住宿、餐饮都暂停营业到6月8日。
- 台东县：
- 澎湖县：
- 5月16日，澎湖县长赖峰伟忧心疫情延烧至离岛，16日防疫会议，呼吁县内旅宿业者暂停收受新订单，以减少澎湖染疫风险及降低跨区移动，减少疫情传播几率。
8月23日，为加强监测及防堵Delta变异株肆意泛滥，疾病管制署开始进行捐血者血清抗体（阳性盛行率）之研究调查计划，用于防治政策之参考依据与评估捐输血者之传播风险[63]。于全台各捐血中心血清存档样本，随机抽取（4月25日至7月3日）共计5,000件（检测SARS-CoV-2病毒抗核蛋白及棘蛋白抗体）。
- 台湾疫情报告/ COVID-19全球疫情地图 （页面存档备份，存于互联网档案馆）卫福部疾管署/国家高速网络与计算中心
- 最新公告 （页面存档备份，存于互联网档案馆）基隆市政府
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- 市府新闻/市府动态 （页面存档备份，存于互联网档案馆）台南市政府，2019冠状病毒病COVID-19专区 （页面存档备份，存于互联网档案馆）台南市政府卫生局
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- 最新消息/最新动态 （页面存档备份，存于互联网档案馆）屏东县政府，新闻公告 （页面存档备份，存于互联网档案馆）屏东县政府卫生局
- 县政新闻 （页面存档备份，存于互联网档案馆）宜兰县政府
- 最新消息/公告园地 （页面存档备份，存于互联网档案馆）花莲县政府，新冠肺炎专区 （页面存档备份，存于互联网档案馆）花莲县政府卫生局
- 县政新闻 （页面存档备份，存于互联网档案馆）台东县政府，卫生新闻 （页面存档备份，存于互联网档案馆）台东县政府卫生局
- 公所公告/最新消息 （页面存档备份，存于互联网档案馆）台东县兰屿乡公所，
- 讯息中心 （页面存档备份，存于互联网档案馆）澎湖县政府，最新消息/公布栏 （页面存档备份，存于互联网档案馆）澎湖县政府卫生局
- 新闻橱窗/县政资讯 （页面存档备份，存于互联网档案馆）马祖连江县政府，最新消息 （页面存档备份，存于互联网档案馆）马祖连江县政府卫生局
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