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1955年起，中央军委领导多次开会讨论成立军事科学研究专门机构。1956年9月，叶剑英向中央军委及毛泽东主席提出建立军事科学院的建议。该建议获中央军委和毛泽东批准。1956年12月3日，中央军委发布关于成立军事科学院筹备委员会的决定，确定叶剑英为主任，黄克诚、张宗逊为副主任，彭绍辉、甘泗淇、洪学智、余秋里等为委员。1957年4月22日，中央军委决定军事科学院以中国人民解放军训练总监部军事科学条令部为基础组建；1957年5月20日，军事科学院筹备委员会向中央军委建议：以中国人民解放军训练总监部军事科学条令部、中国人民解放军总参谋部作战部战争经验研究处一部分和中国人民解放军训练总监部出版部图书馆为基础，组成军事科学院。1957年7月，中央军委确定军事科学院的编制，设军事学术、军事史、军事技术3个学部以及办公室、学术秘书处、行政事务管理处、政治处、干部处、翻译处等部门，共316人。1957年10月24日，中华人民共和国国防部发布命令，正式确定军事科学院的全称为“中国人民解放军军事科学院”。1957年11月，中国人民解放军训练总监部军事科学条令部正式从训练总监部分出，成为军事科学院的组建基础。1958年1月25日，中华人民共和国国防部批准军事科学院的组织规程，规定军事科学院直接隶属中央军委和中华人民共和国国防部领导[2][3]。
1958年3月15日，军事科学院在北京正式成立，直属中央军委，叶剑英任院长兼政治委员。建院初期，中央军委赋予军事科学院的职能为“计划指导全军军事科学研究的机关和全军军事学术研究机关”。1959年1月12日至1月28日，根据中央军委决定，由军事科学院在北京主持召开全军第一次军事科学研究工作会议，中华人民共和国国防部部长彭德怀、中国人民解放军总参谋长黄克诚到会讲话；此后分别在1961年、1991年、1996年、2001年、2006年、2011年召开了第二至第七次全军军事科学研究工作会议。1986年、1999年，中央军委通过文件明确军事科学院的职能任务是：“军事科学院是中央军委直接领导下的军事科学研究机关，是全军军事科学研究中心，是计划协调全军军事科学研究工作的机构，是军委、总部从军事理论高度指导国防建设、军队建设的助手。”2003年，中央军委明确军事科学院的职能任务是：“军事科学院是中央军委领导下的军事科学研究机关，是全军军事科学研究中心，是计划和协调全军军事科学研究工作的机构”[2][3][4]。
毛泽东亲自决策成立军事科学院，选定了第一届领导班子，指示“要集中一批有丰富工作经验和战斗经验的同志，搞出一本自己的战斗条令来”。1978年3月15日，军事科学院建院20周年之际，邓小平视察并题词：“继承毛泽东军事思想，研究现代条件下人民战争，发展我国军事科学。”1983年5月，军事科学院开始编纂《中国军事百科全书》，邓小平为全书题写书名。1985年，在军事科学院与中共中央文献研究室共同编辑的《毛泽东军事文集》即将出版时，邓小平题写书名。1988年2月12日，军事科学院建院30周年前夕，邓小平应请求题写了院名。江泽民4次视察军事科学院，3次接见军事科学院党委常委及党委扩大会议、党代表大会全体人员，4次参加军事科学院组织的科研活动。1990年5月22日，江泽民为军事科学院题词“坚持马列主义、毛泽东思想，发展无产阶级军事科学，为国防建设和未来反侵略战争服务。”1991年1月，江泽民为中国军事科学学会的成立题词“以马列主义、毛泽东思想为指导，为发展具有中国特色的军事科学而奋斗。”江泽民还分别为军事科学院主办的《军事学术》、《国防》杂志题写刊名。胡锦涛3次视察军事科学院，5次对军事科学院的研究成果作出批示[2]。2008年3月21日，军事科学院举行成立五十年庆祝活动，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席胡锦涛在中共中央政治局委员、中央军委副主席郭伯雄、徐才厚及中央军委其他领导的陪同下出席祝贺[5]。中共十八大以来，习近平多次对军事科学院研究成果作出批示[2]。
2017年7月19日，新调整组建的军事科学院、国防大学、国防科技大学成立大会暨军队院校、科研机构、训练机构主要领导座谈会在北京八一大楼举行，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平向军事科学院、国防大学、国防科技大学授军旗、致训词，出席座谈会并发表讲话。习近平在训词中说，“军事科学院是全军军事科学研究的拳头力量。要适应军事科研工作新体制新要求，坚持军事理论和军事科技紧密结合，创新军事科研工作组织模式，推动开展协同创新，发展现代军事科学，努力建设世界一流军事科研机构。”[6]原军事科学院为正大军区级，2017年新调整组建的中国人民解放军军事科学院降格为副战区级[7]。2017年7月22日，新组建的军事科学院在厢红旗礼堂举行誓师大会，政委方向宣读了中央军委对军事科学院下属八个研究院的院长、政委、副院长的任职命令，并致词[8]。
军事科学院成立后，组织编制经多次调整，到1966年上半年，设有军事科学院办公室、政治部、院务部以及战争理论研究部（简称“战理部”，最初称战略研究部，部长叶剑英/粟裕）、战术研究部（部长彭绍辉/高锐）、战史研究部（部长钟期光）、外国军事研究部（部长宋时轮）等4个研究部，还有军事技术直观教研馆，共有研究人员500多人。文化大革命爆发后，军事科学院科研工作一度停顿。1969年11月，全院人员3/4被裁减，并撤销军事技术直观教研馆。1972年9月调整编制，各研究部下设研究处，院办公室下设秘书处、管理处、资料处、卫生处、政治处、杂志社。1978年中共十一届三中全会后，军事科学院恢复发展，全院工作人员1000多人，组织编制又经多次调整，设有计划指导部（后来改称计划组织部）、政治部、院务部和战略、战役战术、军制、军事历史、军事百科、外国军事等研究部，军队政治工作、毛泽东军事思想、军事运筹分析等研究所，还有军事学术杂志社、军事科学出版社、军事图书馆等单位[2]。其中1978年下半年批准军事科学院成立军制研究部[9]。在军事科学院历次调整中，1985年的调整较大[10]。1993年后的编制设有：科研指导部、政治部、院务部和战略、战役战术、军制、军事历史、军事百科、外国军事等研究部，毛泽东军事思想、军事运筹分析等研究所，还有军事学术杂志社、军事科学出版社、军事图书资料馆等单位[2][3]。2003年11月，军事科学院在裁军的背景下又对学科进行了大调整，撤并不少单位，成立了信息化作战理论研究室、军事历史研究所、军事思想研究所、台海问题研究中心等单位[10]。2013年1月4日，军事科学院举行军事历史和百科研究部成立大会，该部成为军事科学院下辖的5个正军级学术研究部之一[11]。全军哲学社会科学规划办公室设在中国人民解放军军事科学院，负责国家社科基金军事学项目的规划、申报、评审、管理、鉴定结项等工作的管理[12]。
2017年改革前，军事科学院的主要内设机构有：科研指导部、政治部、院务部、战争理论和战略研究部、作战理论和条令研究部、军事历史和百科研究部[11]、世界军事研究部、军队建设研究部[13]等。
2017年改革后，军事科学院的主要内设机构有：
- 研究院
- 研究生院
- 研究中心
- 评估论证研究中心[15]（2017年—2021年）
- 军事科学信息研究中心[15]
- 咨询中心
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办公室
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科研部
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政治工作部
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管理保障部
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军事技术直观教研馆（1969年撤销）
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纪律检查委员会
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