Volcano diagrammasi (statistika)

Volcano plot ― bu takroriy qiymatlardan tashkil topgan katta maʼlumotlar toʻplamlarida oʻzgarishlarni tezda aniqlash uchun ishlatiladigan nuqta diagrammasi. Y oʻqi boʻyicha statistik ahamiyatga ega, X ga koʻra – farq oraligʻi. Volcano diagrammasi Genomika, proteomika va metabolomika kabi chiziq romanlarda mashhur boʻlib, unda takroriy qiymatlar tez-tez ishlatiladi va mazmunli farqlarni tezda aniqlash kerak.

Vulkan syujeti metabolomik maʼlumotlarni koʻrsatadi. Qizil oʻqlar farqning katta diapazonini (x-oʻqi) va yuqori statistik ahamiyatga ega (y-oʻqi – manfiy log bazasi 10 p-qiymati – -log10 p qiymati) koʻrsatadigan nuqtalarga ishora qiladi. Nuqtali qizil chiziq p = 0,05 ni koʻrsatadi, chiziq ustidagi nuqtalar p < 0,05, p> 0,05 ostidagi nuqtalar. Kulrang nuqtalar 2 dan kam farq diapazoniga ega (log2 = 1).

Volcano diagrammasi statistik ahamiyatga ega boʻlgan oʻlchovni (p-qiymati) va farqlar oraligʻini birlashtiradi, bu esa statistik jihatdan ahamiyatli koʻrsatkichlar bilan katta farqlar oraligʻida ushbu qiymatlarni (genlarni va boshqalarni) tezda aniqlashga imkon beradi.

Vulkanlar jadvallari Y oʻqi boʻyicha statistik ahamiyatga ega boʻlgan farqning manfiy logarifmasidan iborat (odatda 10 ta asos).

P – qiymati past bolgan grafikdagi bu nuqtalar yuqoriga intiladi. X oʻqi ikki qiymat orasidagi farqning logarifmidir. Farqlarning logarifmi markazdan har ikki yoʻnalishda teng masofadagi farqlarni koʻrsatadi. Diagrammani shu tarzda shakllantirish diagrammada ikkita qiziqish zonasiga olib keladi:

1. Diagrammaning yuqori qismida joylashgan;
2. Bir-biridan uzoqda joylashgan nuqtalar.

Diagramma farqlar oraligʻida (markazning chap yoki oʻng tomonida) va statistik ahamiyatga ega boʻlgan (tepaga qarab ortib borayotgan) katta tarqalishni koʻrsatadigan qiymatlarni taqdim etadi.

Qoʻshimcha maʼlumotni uchinchi maʼlumot oʻlchoviga (masalan, signalning intensivligi) muvofiq nuqtalarni boʻyash orqali qoʻshish mumkin. Ushbu grafik shuningdek, mikrochiplarning ahamiyatini tahlil qilishda ham qoʻllanadi.

Vulkan diagrammasi gʻoyasini boshqa oʻlchovlarga qoʻllash uchun umumlashtirilishi mumkin, bunda X oʻqi statistik signal kuchini oʻlchashga mos keladi va Y oʻqi signalning statistik ahamiyatini oʻlchashga mos keladi. Misol uchun, genetik assotsiatsiyalarda nazorat guruhi, masalan, genom boʻylab assotsiatsiyani qidirish, diagrammada nuqta bitta nukleotid polimorfizmini ifodalaydi. X qiymati diapozon boʻlishi mumkin, Y oʻqi chi-kvadratdan -log10 p-qiymatlari boʻlishi mumkin.^[1]

Manbalar

1. Volcano plot. BioData.wiki^{[sayt ishlamaydi]}