Повернувшись до Києва, у 1893–1898 роках працював інженером при міській управі. У цей час займався, зокрема, проведенням шляхових робіт, прокладанням нових вулиць, упорядкуванням парків і скверів.
У 1898 році замінив Володимира Ніколаєва на посаді архітектора Київської єпархії; з 1899 року був також штатним архітектором Києво-Печерської лаври. Працюючи єпархіальним архітектором, виконав численні доручення духовного відомства стосовно будівництва храмів, чернецьких келій, монастирських готелів та лікарень, релігійних навчальних закладів, прибуткових будинків церковних громад тощо. Водночас з 1909 року служив на громадських засадах техніком Київського благодійного товариства.
Під час Гетьманату у 1918 році входив до складу технічно-будівної комісії при Міністерстві сповідань. В цей час він мешкав у будинку на вул. Володимирській, 20. У подальшому емігрував; помер 1946 року у м. Новий Сад, Югославія[3].
Євген Єрмаков використовував для культових будівель переважно традиційні форми «російського стилю» та неовізантійські мотиви; у житловому й громадському будівництві віддавав перевагу необароко, «цегляному стилю», модерну. Його творчому методу було властиве поєднання різностильових елементів на одній будівлі. Застосовував передові будівельні прийоми й матеріали, зокрема залізобетонні конструкції, буронабивні палі.
Готельний комплекс Михайлівського Золотоверхого монастиря на Трьохсвятительській вулиці, 4 (1902—1907, надбудований).
Будівля Православного релігійно-просвітницького товариства з домовою церквою на Великій Житомирській вулиці, 9 (1902–1903, реконструйована з надбудовою і втратою церковного приміщення).
Лікарня і каплиця Київського благодійного товариства на Великій Васильківській вулиці, 104, ріг Лабораторної (1909; каплицю нині перебудовано у храм Св. Романа Солодкоспівця[4]).
Церква Св. Єлизавети на Трухановому острові (1909—1910, не збереглася).
Хірургічний корпус лікарні Покровського монастиря (1910–1911).
Церква Живоносного Джерела Пресвятої Богородиці Свято-Покровської пустині в Голосієві (1910–1912; була зруйнована, нині відновлена у дещо змінених формах).
Києво-Либідьська Троїцька церква (нова будівля, закладена 1911 року, не була завершена, зруйнована в 1930-х роках).
Церква Михаїла Архангела (проєкт 1902, будівництво, 1905) у селі Росішки Тетіївського району;
Церква Різдва Богородиці (проєкт 1904, будівництво, 1906–1907) у селі Малі Прицьки Миронівського району (2014 року руїни перенесені для відбудови у село Зеленьки того ж району);
Церква Різдва Богородиці (проєкт 1904, будівництво, 1908) у селі Мусійки Іванківського району;
Кальницький М. Храми Києва.— Вид. 2-ге, уточн. та допов.— К.: Вид. Дім Дмитра Бураго, 2011.— 294 с.: іл.— ISBN 978-966-489-099-8.
Мокроусова О. До проблем атрибуції архітектурних об'єктів Києва: нові знахідки // Київ і кияни: матеріали щорічної науково-практичної конференції.— Випуск сьомий.— К., 2007.— С. 160–174.
Сіткарьова О.В. Архітектура Києво-Печерської Лаври кінця XVIII–XX століття.— К.: Головкиївархітектура, НДІТІАМ, 2001.— 338 с.
