Moleküler modelleme

Moleküler modelleme, moleküllerin davranışını modellemek veya taklit etmek için kullanılan teorik ve bilgisayarlı tüm yöntemleri kapsar. Bu yöntemler, küçük kimya sistemlerinden büyük biyolojik moleküllere ve malzeme gruplarına kadar değişen moleküler sistemleri incelemek için bilgisayarlı kimya, ilaç tasarımı, bilgisayarlı biyoloji ve malzeme bilimi alanlarında kullanılmaktadır. En basit hesaplamalar elle yapılabilir, ancak kaçınılmaz olarak makul büyüklükteki herhangi bir sistemin moleküler modellemesini bilgisayarların yapması gerekir. Moleküler modelleme yöntemlerinin ortak özelliği, moleküler sistemlerin atom düzeyinde tanımlanmasıdır. Bu, atomları en küçük bireysel birim olarak muamele edilmesini (moleküler mekanik yaklaşımı) içerebilir veya protonları ve nötronları kuarkları, kuarkları, gluonlarıyla beraber ve elektronları da fotonlarıyla beraber (kuantum kimyası yaklaşımı) açıkça modellemeyi içerebilir.

Bir proteinin moleküler modeli ana atom zinciri dihedral açılarını barındırır.

İyonik sıvının modellemesi

Uygulamalar

Moleküler modelleme yöntemleri artık inorganik, biyolojik ve polimerik sistemlerin yapısını, dinamiklerini, yüzey özelliklerini ve termodinamiğini araştırmak için rutin olarak kullanılmaktadır. Moleküler modelleme kullanılarak araştırılan biyolojik aktivite türleri arasında protein katlanması, enzim katalizi, protein stabilitesi, biyomoleküler fonksiyonla ilişkili konformasyonel değişiklikler ve protein, DNA ve membran komplekslerinin moleküler tanınması yer alır.

Notlar

• M. P. Allen, D. J. Tildesley, Computer simulation of liquids, 1989, Oxford University Press, 0-19-855645-4.
• A. R. Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications, 2001, 0-582-38210-6
• D. Frenkel, B. Smit, Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications, 1996, 0-12-267370-0
• D. C. Rapaport, The Art of Molecular Dynamics Simulation, 2004, 0-521-82568-7
• R. J. Sadus, Molecular Simulation of Fluids: Theory, Algorithms and Object-Orientation, 2002, 0-444-51082-6
• K.I.Ramachandran, G Deepa and Krishnan Namboori. P.K. Computational Chemistry and Molecular Modeling Principles and Applications 2008 9 Ağustos 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. 978-3-540-77302-3 Springer-Verlag GmbH

Dış bağlantılar

• Center for Molecular Modeling at the National Institutes of Health (NIH)9 Ekim 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. (U.S. Government Agency)
• Molecular Simulation16 Haziran 2006 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi., details for the Molecular Simulation journal,  ISSN 0892-7022 (print),  ISSN 1029-0435 (online)
• The eCheminfo3 Ocak 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. Network and Community of Practice in Informatics and Modeling
• Molecular Modelling Italian web portal