Proteinler daha çok düzenleyici işlev gördüğünden nadiren kendi başlarına hareket ettikleri görülür. Bir hücredeki birçok moleküler süreç, kendi PPE'leri tarafından organize edilmiş sayısız proteinden meydana gelen moleküler makineler tarafından gerçekleştirilir. Bu fizyolojik etkileşimler, organizmanın interaktomik yapısını oluşturuken anormal PPE'ler, Creutzfeldt–Jakob ve Alzheimer gibi protein agregasyonu temelli birçok hastalığın nedenidir.
Stark C, Breitkreutz BJ, Reguly T, Boucher L, Breitkreutz A, Tyers M (January 2006). "BioGRID: a general repository for interaction datasets". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue). ss.D535-9. doi:10.1093/nar/gkj109. PMC1347471$2. PMID16381927.
Peri S, Navarro JD, Kristiansen TZ, Amanchy R, Surendranath V, Muthusamy B, Gandhi TK, Chandrika KN, Deshpande N, Suresh S, Rashmi BP, Shanker K, Padma N, Niranjan V, Harsha HC, Talreja N, Vrushabendra BM, Ramya MA, Yatish AJ, Joy M, Shivashankar HN, Kavitha MP, Menezes M, Choudhury DR, Ghosh N, Saravana R, Chandran S, Mohan S, Jonnalagadda CK, Prasad CK, Kumar-Sinha C, Deshpande KS, Pandey A (January 2004). "Human protein reference database as a discovery resource for proteomics". Nucleic Acids Research. 32 (Database issue). ss.D497-501. doi:10.1093/nar/gkh070. PMC308804$2. PMID14681466.
Hermjakob H, Montecchi-Palazzi L, Lewington C, Mudali S, Kerrien S, Orchard S, Vingron M, Roechert B, Roepstorff P, Valencia A, Margalit H, Armstrong J, Bairoch A, Cesareni G, Sherman D, Apweiler R (January 2004). "IntAct: an open source molecular interaction database". Nucleic Acids Research. 32 (Database issue). ss.D452-5. doi:10.1093/nar/gkh052. PMC308786$2. PMID14681455.
Chatr-aryamontri A, Ceol A, Palazzi LM, Nardelli G, Schneider MV, Castagnoli L, Cesareni G (January 2007). "MINT: the Molecular INTeraction database". Nucleic Acids Research. 35 (Database issue). ss.D572-4. doi:10.1093/nar/gkl950. PMC1751541$2. PMID17135203.
Güldener U, Münsterkötter M, Oesterheld M, Pagel P, Ruepp A, Mewes HW, Stümpflen V (January 2006). "MPact: the MIPS protein interaction resource on yeast". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue). ss.D436-41. doi:10.1093/nar/gkj003. PMC1347366$2. PMID16381906.
Pagel P, Kovac S, Oesterheld M, Brauner B, Dunger-Kaltenbach I, Frishman G, Montrone C, Mark P, Stümpflen V, Mewes HW, Ruepp A, Frishman D (March 2005). "The MIPS mammalian protein–protein interaction database". Bioinformatics. 21 (6). ss.832-4. doi:10.1093/bioinformatics/bti115. PMID15531608.