Wikner var son till bruksinspektoren Peter Wikner och dennes hustru Sara Larsson. Han växte upp på Kaserna i Foss församling. Där har hembygdsföreningen restaurerat Pontus Wiknergården och använder den som hembygdsgård. Tre och ett halvt år gammal lärde han sig läsa. Som sjuåring kastade han sig över biblisk historia på tyska och inom ytterligare några år satt han fördjupad i engelsk och latinsk grammatik. Han gifte sig sommaren 1871 med barndomsvännen Ida Weinberg (1837–1910).[6] De fick två söner, Ernst och Hugo. Äktenskapet var för Wikner ett bekvämlighetsäktenskap, eftersom han var homosexuell.
Mot slutet av sitt liv skrev Wikner att han led av fyra kroniska åkommor. En av dem – för stort hjärta – nämnde han inte utan en viss stolthet. Han avled strax innan han skulle fylla 51 år. Wikner är gravsatt på Uppsala gamla kyrkogård. År 1902 avtäcktes en gravvård som rests till hans ära, då ett tal hölls av J.A. Eklund, senare biskop i Karlstads stift.[7]
Wikner var som filosof påverkad av Christopher Jacob Boström, men gjorde en egen självständig åskådning gällande, dels i lärda skrifter, dels även i mera populära, sällsynt välskrivna arbeten. Bland dessa senare märks en följd filosofiska och religiösa föredrag, till exempel Kulturens offerväsen, Narcissussagan samt några historiska romaner påverkade av Viktor Rydberg stilkonst, utmärkta för tankerikedom, formskönhet och en varmt religiös anda: Min moders testamente, Mantegnas ängel.
Wikner var medlem i Namnlösa sällskapet. Wikners vemodsfulla men i evighetslängtan förtröstansfulla författarskap har haft ett vidsträckt och djupt inflytande. Han hade också kristen trosbekännelse.
Svensk gayrörelse har i Pontus Wikner sett en tidig förebild. Hans privata anteckningar och dagböcker sammanställdes till verket Psykologiska självbekännelser som utkom postumt 1971. I dessa dagböcker avslöjar han sin homosexuella läggning.
Föredrag över Platon hållna i Stockholm i mars och april 1867. Skrifter; 5. Stockholm. 1922. Libris3176137
Förklaring öfver K. R. Geijers besvär öfver konsistoriets förslag till återbesättande af filos. professuren i Upsala. Göteborg: Wettergren & Kerber. 1888. Libris1627508
Gud är kärleken: meditationer. Stockholm. 1873. Libris2149379
Hvad vi behöfva: en blick på det bristfälliga i vår tids andliga lif : populär föreläsning, hållen i Upsala den 30 Maj 1865. Upsala. 1865. Libris3176139
Hvem tillhör du?: skolpredikan. Uppsala: Edquist. 1872. Libris1585986
I mensklighetens lifsfrågor: populär-filosofiska och religions-filofiska föredrag, uppsatser och brev. 1-2. Stockholm: Lamm. 1889. Libris544842
Kan philosophien bringa någon välsignelse åt menskligheten?: populär föreläsning hållen i Upsala den 21 mars 1864. Upsala: Edquist. 1864. Libris2916574
Kultur och filosofi i deras förhållande till hvarandra: fyra populära föreläsningar hållna i Stockholm 1868. Stockholm: Norstedt. 1869. Libris1585987
Bergentz, Sven(1935).Pontus Wikner. Sthlm: Svenska kyrkans diakonistyrelse. Libris81708
Block, Bertil(1943).Pontus Wikner: en studie i hans religionsfilosofiska och teologiska åskådning. Stockholm: Svenska kyrkans diakonistyrelses bokförl. Libris43425
Bohlin, Torsten(1919).Pontus Wikner och Sören Kierkegaard: några jämförande synpunkter. Sveriges kristliga studentrörelses skriftserie, 99-0211942-5; 103. Uppsala. Libris1658733
Perälä, Matti(1986).Ihmiskäsitys Pontus Wiknerin filosofis-teologisessa ajattelussa. Summary The Concept of Man in the Philosophical and Theological Thought of Pontus Wikner. Helsinki
.jpg)
