Nextstrain

Nextstrain är ett samarbete mellan forskare i Seattle, USA,^[1] och Basel, Schweiz,^[2] som tillhandahåller en samling verktyg med öppen källkod för att visualisera genetiken bakom hur virussjukdomar sprids vid utbrott. ^[3]

Organisationens syfte är att ge stöd åt arbete folkhälsa och övervakning av smittsamma sjukdomar, genom att förbättra förståelsen av hur patogener sprids och utvecklas. Nextstrain-plattformen tog sitt avstamp 2015.^[2] Källkoden som utvecklats av Nextstrain offentliggörs genom github och all data är tillgänglig på webbplatsen.^[4]

Applikationer

Nextstrain tillhandahåller en uppdaterad analys av följande patogeners genuppsättning:^[5]

• Fågelinfluensa
• Denguefeber
• Enterovirus D68
• Mässling
• Påssjuka
• Sars-cov-2
• Influensa
• Tuberkulos
• West Nile
• Västafrikansk ebola 2013-16
• Zika

Covid-19-pandemin

Nextstrain och dess resultat har ofta citerats under Coronaviruspandemin 2019–2021.^[6][7]

Se även

• Lista över covid-19-simuleringsmodeller

Referenser

1. ”How coronavirus mutations can track its spread—and disprove conspiracies” (på engelska). Science. 26 mars 2020. https://www.nationalgeographic.com/science/article/how-coronavirus-mutations-can-track-its-spread-and-disprove-conspiracies. Läst 6 juni 2021.
2. ”Spread of a novel SARS-CoV-2 variant across Europe in summer 2020” (på engelska). www.unibas.ch. https://www.unibas.ch/en/News-Events/News/Uni-Research/Spread-of-a-novel-SARS-CoV-2-variant-across-Europe-in-summer-2020.html. Läst 6 juni 2021.
3. ”nextstrain – The Early Career Voice” (på amerikansk engelska). earlycareervoice.professional.heart.org. https://earlycareervoice.professional.heart.org/tag/nextstrain/. Läst 6 juni 2021.
4. Hadfield, James; Megill, Colin; Bell, Sidney M; Huddleston, John; Potter, Barney; Callender, Charlton (2018-12-01). ”Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution”. Bioinformatics 34 (23): sid. 4121–4123. doi:10.1093/bioinformatics/bty407. ISSN 1367-4803. PMID 29790939. PMC: 6247931. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6247931/. Läst 6 juni 2021.
5. ”Nextstrain” (på engelska). nextstrain.org. https://nextstrain.org/. Läst 6 juni 2021.
6. Drake, John. ”The Science Behind London’s Christmas Coronavirus Lockdown” (på engelska). Forbes. https://www.forbes.com/sites/johndrake/2020/12/19/the-science-behind-londons-christmas-lockdown/. Läst 6 juni 2021.
7. Hodcroft, Emma B.; Zuber, Moira; Nadeau, Sarah; Comas, Iñaki; Candelas, Fernando González; Consortium, SeqCOVID-SPAIN (2020-10-28). ”Emergence and spread of a SARS-CoV-2 variant through Europe in the summer of 2020” (på engelska). medRxiv: sid. 2020.10.25.20219063. doi:10.1101/2020.10.25.20219063. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.10.25.20219063v1. Läst 6 juni 2021.