Proteinska banka podataka

Proteinska banka podataka, (engl. , PDB), je kolekcija 3D strukturnih podataka velikih bioloških molekula, kao što su proteini i nukleinske kiseline. Podaci su tipično dobijeni rendgenskom strukturnom analizom ili NMR spektroskopijom. Biolozi i biohemičari iz celog sveta doprinose stvaranju ove kolekcije. PDB je slobodno dostupan na Internetu. PDB nadzire organizacija pod nazivom Svetska proteinska banka podataka (engl. , ).

PDB je ključni resurs u strukturno biološkim oblastima, poput strukturne genomike. Većina vodećih naučnih časopisa, i pojedine agencije za finansiranje, kao što je NIH u SAD, zahtevaju od istraživača da unesu njihove strukturne podatke u PDB. PDB sadržaj se smatra primarnim podacima, i postoje stotine izvedenih baza podataka koje kategorizuju podatke na razne načine. Na primer, i kategorizuju strukture na osnovu strukturno tipa i pretpostavljenih evolucionih odnosa; a kategorizuje strukture na osnovu gena.^[1]

Istorija

PDB je formiran 1971. godine^[1]. Njen osnivač je Valter Hamilton sa Brukhaven nacionalne laboratorije. Nakon Hamiltonove smrti 1973, Tom Koeztle je preuzeo nadzor nad PDB-om. Januara 1994, Joel Susman je bio imenovan za PDB rukovodioca. Oktobra 1998,^[2] PDB je transformisan u RCSB (engl. )^[3]. Transfer je završen juna 1999. Novi direktor je bila Helen M. Berman sa Rutgers univerziteta (jednog od RCSB institucija članica).^[4] 2003 sa formiranjem, PDB je postao internacionalna organizacija. Svaki od četiri člana dejstvuje kao centar za depoziciju, obradu i distribuciju PDB podataka. Obrada podataka se odnosi na činjenicu da osoblje pregleda i anotira svaki podneti upis. Nakon toka se verodostojnost podataka se proverava. Izvorni kod tog softvera za validaciju je javno dostupan.^[5]

Sadržaj

PDB baza podataka se ažurira sedmično (utorkom). U septembru 2010 PDB je imao sledeći sadržaj^[6]:

Eksperimentalni metod	Proteini	Nukleinske kiseline	Protein/Nukleinska kiselina kompleksi	Drugo	Total
difrakcija X-zraka	55480	1231	2605	17	59333
NMR	7512	925	162	7	8606
Elektronska mikroskopija	214	17	77	0	308
Hybrid	24	1	1	1	27
Other	126	4	4	13	147
Total:	63356	2178	2849	38	68421

48,715 struktura u PDB imaju strukturni faktor fajl.

5,901 struktura imaju NMR podatke.

Ovi podaci pokazuju da je većina struktura određena difrakcijom X-zraka, dok je oko 15% struktura određeno putem protein NMR. Kad se koristi difrakcija X-zraka dobijaju se približne koordinate atoma proteina. NMR eksperimenti daju procene rastojanja između parova atoma proteina, a konformacija proteina se dobija rešavanjem problema geometrije rastojanja. Nekoliko proteinskih struktura je određeno krio-elektronskom mikroskopijom.

U prošlosti^[7] PDB je rastao približno eksponencijalnom brzinom. Međutim, od 2007 brzina akumulacije novih proteina izgleda da je dostigla plato, sa 7263 proteina dodatih u 2007, 7073 u 2008, i 7448 u 2009.

Fajl format

Fajl format koji je PDB inicijalno koristio se zove PDB fajl format. Taj originalni format je bio ograničen širinom računarskih bušenih karti na 80 slova po liniji. "Makromolekularni kristalografski informacioni fajl" format, , je počeo da se primenjuje 1996. godine,. verzija ovog formata, zvana , se pojavila 2005. godine.^[8]

Proteinske strukture se mogu preuzeti u bilo kom od tih formata. Grafički paketi mogu direktno da pristupe strukturama na PDB sajtu:

• Za PDB fajlove, npr., http://www.pdb.org/pdb/files/4hhb.pdb.gz
• Za fajlove, npr., http://www.pdb.org/pdb/files/4hhb.xml.gz

Vidi još

• Kristalografska baza podataka
• Proteinska struktura
• Baze podataka proteinskih struktura
• Proteopedia — kolaborativna 3D enciklopedija proteina i drugih molekula

Референце

1. Berman, H. M. (2008). „The Protein Data Bank: a historical perspective” (PDF). Acta Crystallographica Section A: Foundations of Crystallography. A64 (1): 88—95. PMID 18156675. doi:10.1107/S0108767307035623.
2. Berman, H. M.; . (2000). „The Protein Data Bank”. Nucleic Acids Res. 28 (1): 235—242. PMC 102472 . PMID 10592235. doi:10.1093/nar/28.1.235.
3. „Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB)”. Архивирано из оригинала 05. 02. 2007. г. Приступљено 24. 10. 2010.
4. „RCSB PDB Newsletter Archive”. RCSB Protein Data Bank. Архивирано из оригинала 13. 04. 2012. г. Приступљено 01. 01. 2021.
5. „PDB Validation Suite”. Архивирано из оригинала 03. 03. 2016. г.
6. „RCSB Protein Data Bank - Holdings Report”. Архивирано из оригинала 04. 07. 2007. г.
7. „Number of structures”. Архивирано из оригинала 28. 04. 2007. г. Приступљено 24. 10. 2010.
8. Westbrook, J.; . (2005). „PDBML: the representation of archival macromolecular structure data in XML” (PDF). Bioinformatics. 21 (7): 988—992. PMID 15509603. doi:10.1093/bioinformatics/bti082.

Spoljašnje veze

• — (engl. )
  • (SAD)
  • (Evropa)
  • (Japan)
  • (SAD) – (engl. )
• wwPDB dokumentacija
• PDB uvod u kristalografiju Архивирано на сајту (24. март 2011)
• Baza podataka nukleinskih kiselina,
• veb oruđa za proteinsku analizu