Mustaqi ka lindur në fshatin Pecë të rrethit të Sarandës (komuna e sotme Finiq). U largua nga fshati në moshën 13 vjeçare, duke lëvizur fillimisht në Kuçovë për të ndjekur shkollën atje dhe më vonë hyri në Shkollën e Lartë Ushtarake "Skënderbej" në Tiranë, ku u diplomua si oficer ushtarak në vitin 1960, në prag të ndarjes shqiptaro-sovjetike. Ai menjëherë iu bashkua Forcave të Armatosura të Shqipërisë, fillimisht duke shërbyer në një vendndodhje të largët ushtarake dhe pastaj duke u kthyer në Tiranë, ku punoi për 4 vjet në të njëjtën shkollë ushtarake, në të cilën u diplomua. Gjatë viteve 1964-1967, ai studioi në "Akademinë Ushtarake Mehmet Shehu". Punoi më vonë në Tropojë deri në fund të vitit 1966, Shefi i Shtabit të Brigadës Sulmuese dhe më vonë Komandant i Brigadës Sulmuese në vitin 1968-1969, duke u pasuar nga puna në Vaun e Dejës si Komandant i Brigadës së Këmbësorisë. Në vitin 1974, ai u bë Drejtor i Përgatitjes Ushtarake në Ministrinë e Mbrojtjes. Dy vjet më vonë, komandant i Korpusit Ushtarak të Tiranës. Pas tre vjetësh ai shërbeu si Komandant Operativ i Ushtrisë Shqiptare dhe Zëvendësshefi i Shtabit të Përgjithshëm të Ushtrisë Shqiptare. Më 1982, ai u bë Shefi i Shtabit të Përgjithshëm, duke zëvendësuar Veli Llakajn. [2]
Në vitin 1974, Mustaqi u zgjodh për herë të parë si përfaqësues në Kuvendi Popullor si pjesë e mandatit të tetë ligjor deri në legjislaturën e 12-të në 1992.
Në Kongresin e 9-të të Partisë në nëntor të vitit 1986, ai u zgjodh kandidat i Byrosë Politike të Partisë së Punës të Shqipërisë [5] dhe përfundimisht u ngrit në detyrë në korrik 1990 si anëtar i Byrosë Politike, ku qëndroi deri në qershor të vitit 1991.
Më 9 korrik 1990, ai u bë pasardhësi i Prokop Murra si Ministër i Mbrojtjes në qeverinë e Kryeministrit Adil Çarçani. Ai mbajti këtë pozicion deri më 22 shkurt 1991, por u zgjodh përsëri në qeveritë e njëpasnjëshme të Fatos Nanos deri më 12 maj 1991. Gjatë kësaj kohe, ai kërkoi gjatë rrjedhës së ngjarjeve politike dhe të kolapsit të ardhshëm të komunizmit për një lidhje më të ngushtë me ushtrinë aktuale drejt udhëheqjes politike, në mënyrë që të ruante fuqinë e Partisë. Megjithatë, pas trazirave në shkurt 1991 nga opozita demokratike, Mustaqi u zëvendësua nga një politikan civil në të njëjtën kohë me Ministrin e Punëve të Brendshme Hekuran Isai, të Punëve të Jashtme Reis Malile dhe të Drejtësisë Enver Halili. Mustaqi emigroi menjëherë më pas drejt Greqisë dhe punoi atje thjesht si një personel i sigurisë për një kompani private të sigurisë në Athinë, përpara se të kthehej në Shqipëri së bashku me dy djemtë e tij.
Në qershor të vitit 1996, një gjyq special u zhvillua në Tiranë kundër tij (në mungesë). Ai u akuzua për nxitje të një grushti shteti ushtarak në Akademinë Ushtarake të Tiranës më 22 shkurt 1991. Të pandehur ishin komandanti Arsen Stroka dhe ish-komisar politik i Akademisë Ushtarake Ksenofon Coni. Me sa thuhet, të pandehurit ishin përgjegjës që kishin urdhëruar më 20 shkurt 1991 studentët e Akademisë Ushtarake një ndërhyrje për goditjen e trazirave që u përhapën pas rënies së statujës së Enver Hoxhës. Tre persona u vranë ndërsa 37 të tjerë u plagosën në atë kohë. Përveç kësaj, ai u akuzua për korrupsion dhe spiunazh në emër të Greqisë. Vetëm më 19 korrik 1996, ai më në fund mori një dënim me burg prej pesë vjetësh [3], të cilin ai asnjëherë nuk e ka kryer. [4]
