Različice ali variante SARS-CoV-2 so virusniizolati z drugačnim genomskim zaporedjem v primerjavi z divjim virusom SARS-CoV-2, kot je bil izoliran prvotno. Različice virusa so posledica mutacij v njegovi dednini.[1] Po svetu krožijo različne različice virusa SARS-CoV-2 in določene med njimi so skrb vzbujajoče in zahtevajo takojšen odziv ter ustrezno ukrepanje.[2] Pri nekaterih različicah namreč obstaja sum ali pa je dokazano, da so bolj nalezljive,[3] bolj virulentne ali pa so proti njim cepiva manj učinkovita.[4][5]
Več informacij Linije po PANGO, Komentar k linijam po PANGO ...
Drevesni diagram linij SARS-CoV-2 po sistemu poimenovanja Pango.
Doslej (do julija 2021) še niso sprejeli enotnih pravil glede poimenovanja različic SARS-CoV-2.[19] Številne organizacije, ustanove in tudi vlade so začele različice poimenovati po državah, v katerih so bile odkrite.[20][21] 31. maja 2021 je Svetovna zdravstvena organizacija predlagala uporabo grških črk za pomembne virusne različice,[22] kar omogoča enostavno, lahko izgovorljivo in nestigmatizirajoče poimenovanje.[23][24] Odločitev je bila deloma posledica pritožb nekaterih držav, da je lahko poimenovanje z zemljepisnimi oznakami diskriminatorno do tamkajšnjih prebivalcev.[25]
Različice SARS-CoV-2, o katerih so poročale organizacije, kot je CDC, in sicer na osnovi mutacij na mestih L452R in E484K
Obstaja več tisoč različic virusa SARS-CoV-2,[26] lahko pa jih razvrstimo v več podskupin, kot so linije in kladi.[lower-alpha 2] Najbolj razširjene so naslednje tri predlagane nomenklature[19]
znotraj znanstvene iniciative GISAID so do januarja 2021 v svetu prepoznali 8 poglavitnih kladov, poimenovanih S, O, L, V, G, GH, GR in GV,[27]
znotraj svetovne podatkovne baze Nextstrain so do junija 2021 prepoznali 13 poglavitnih kladov [lower-alpha 3] (19A–B, 20A–20J in 21A),[28]
v letu 2020 je Rambaut s sodelavci ustanovil Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (PANGOLIN), program za razvrščanje in poimenovanje virusnih linij SARS-CoV-2;[29][7] do februarja 2021 so prepoznali 6 poglavitnih virusnih (A, B, B.1, B.1.1, B.1.177, B.1.1.7).[30][31]
Zaskrbljujoče različice (angl. Variants of concern) so različice virusa SARS-CoV-2 z mutacijami v domeni za receptorsko vezavo (RBD, angl. Receptor Binding Domain), ki občutno povečajo vezavno afiniteto virusa na receptorje ter posledično povečajo prenašanje virusa.[32] Svetovna zdravstvena organizacija opredeljuje kot zaskrbljujoče različice naslednje različice virusa SARS-CoV-2:[33]
Pozornost vzbujajoče različice (angl. Variants of Interest) so virusne različice z genetskimi spremembami, pri katerih je znano ali pa se predvideva, da vplivajo na pomembne virusne značilnosti, kot so prenašanje, hudost bolezni, izmikanje imunskemu sistemu oziroma težavnejše diagnosticiranje ali zdravljenje, ter izkazujejo tudi epidemiološko grožnjo (seznam je iz julija 2021):[34]
različica lambda – poimenovana tudi linija C.37, prvič prepoznana avgusta 2020 v Peruju, 14. junija 2021 pa jo je SZO uvrstil med pozornost vzbujajoče različice.[33] Razširila se je v vsaj 30 držav[35] po svetu in zaenkrat (do julija 2021) ni znano, ali je bolj kužna in manj občutljiva na cepiva kot drugi sevi;[36][37]
različica mi – poimenovana tudi linija B.1.621, prvič so jo zaznali v Kolumbiji januarja 2021, SZO pa jo je opredelil kot pozornost vzbujajočo različico 30. avgusta 2021.[33] Do izbruhov je prišlo tudi drugod v Južni Ameriki pa tudi v Evropi.[38][39]
Različice, ki so jih v preteklosti uvrščali med pozornost vzbujajoče različice:
različica eta – poimenovana tudi linija B.1.525,[40] 21D[41] ali 20A/S:484K,[42] ne vsebuje mutacije N501Y kot različice alfa, beta in gama, nosi pa enako mutacijo E484K kot različice gama, zeta in beta. Nosi tudi delecijo ΔH69/ΔV70 kot različica alfa.[43] Do 5. marca 2021 so jo zaznali v 23 državah.[44][45][46] O prvih primerih so poročali decembra 2020 v Nigeriji in Veliki Britaniji, v začetku leta 2021 pa se je v Nigeriji zelo razširila;[46]
različica jota – odkrili so jo v New Yorku novembra 2020 ter jo poimenovali linija B.1.526;[47] do 11. 4. 2021 so jo zaznali že v vsaj 48 ameriških zveznih državah ter v 18 drugih državah po svetu. Spomladi 2021 jo je začela izpodrivati bolj nalezljiva različica alfa;[48]
različica kapa – gre za eno od treh sublinij virusne linije B.1.617, poimenovana tudi B.1.617.1, 21B[41] ali 21A/S:154K;[42] prvič so jo odkrili v Indiji decembra 2020.[49] Konec marca je predstavljala že več kot polovico primerov okužb v Indiji (med analiziranimi vzorci);[50]
učinkovirost proti simptomni okužbi zmanjšana, neznan vpliv na učinkovitost proti hudi obliki bolezni[76][78]
Zapri
Zelo visoko tveganjeVisoko tveganjeSrednje tveganjeNizko tveganjeNeznano tveganje
Oblika poimenovanja se je spremenila marca 2021; v imenu se za leto po novem uporabljata dve števki namesto štirih, za mesec za tričrkovna okrajšava namesto dvomestno število, na primer, namesto VOC-202101-02 se uporablja VOC-21JAN-02.[40]
Učinkovitost zaščite po naravni okužbi pred ponovno okužbo, kadar je podatek na voljo.
Linija B.1.1.7 z E484K se zgleda od osnovne linije B.1.1.7 razlikuje le glede na aktivnost nevtralizirajočih protiteles.[57]
Liniji B.1.1.7 z mutacijo E484K SZO ni dodelil posebne oznake; zato je tukaj uvrščena pod isto oznako kot izhodiščna linija B.1.1.7
Oxford-AstraZeneca, NovaVax.
Poročana intervala zaupanja in verodostojnosti imata nizko verjetnost, zato se lahko ocenjene vrednosti razumejo le kot možne, vendar ne gotove oziroma zelo verjetne.
Razlike so morda posledica različnih pravil in ukrepov, ki so se jih posluževali na različnih območjih v različnem času, lahko pa tudi različnih kapacitet lokalnih zdravstvenih sistemov ter tudi kroženja različnih različih virusa v času in območju raziskave.
marec 2020 – fevruar 2021, Manaus.[66] Preliminarni rezultati raziskave iz severnega predela Brazilije so pokazali, da je pri liniji P.1 smrtnost med zdravimi mladimi posamezniki močno povečana. V skupini bolnikov s pridruženimi boleznimi so podatki pokazali, da se smrtnost poveča za 7000490000000000000♠490% (7002220000000000000♠220–7000985000000000000♠985%) pri moških v starostni skupini 20–39 let, 7000465000000000000♠465% (7002190000000000000♠190–7001100300000000000♠1003%) pri ženskah v starostni skupini 20–39 let in 7000670000000000000♠670% (7002401000000000000♠401–7001108300000000000♠1083%) pri ženskah v starostni skupini 40–59 let.[67][upper-alpha 8]
1 April – 6 June 2021, Scotland.[69] Neka druga preliminarna raziskava iz Ontaria je pokazala, da je verjetnost hospitalizacije pri različici delta višja za 120% v primerjavi z linijami, ki ne spadajo med zaskrbljujoče različice.[upper-alpha 11][upper-alpha 8]
Zmerno zmanjšana nevtralizacija pri cepivu Covaxin.[72]
In another source, GISAID name a set of 7 clades without the Oclade but including a GVclade.[18]
According to the WHO, "Lineages or clades can be defined based on viruses that share a phylogenetically determined common ancestor".[19]
Od januar 2021[update]: Po sistemu Nextstrain je za proglasitev klada potrebno vsaj en od spodnjih meril (citirano iz vira):[10]
A clade reaches > 20% global frequency for 2 or more months
A clade reaches > 30% regional frequency for 2 or more months
A VOC ('variant of concern') is recognized (applies currently [6 January 2021] to 501Y.V1 and 501Y.V2)
»Tracking SARS-CoV-2 variants«. who.int (v angleščini). World Health Organization. Arhivirano iz spletišča dne 18. junija 2021. Pridobljeno 22. junija 2021. Se redno posodablja.
»Emerging SARS-CoV-2 Variants«. CDC.gov (Science brief). Centers for Disease Control and Prevention. 28. januar 2021. Pridobljeno 4. januarja 2021. Članek vsebuje besedilo iz tega vira, ki je v javni domeni.
»SARS-CoV-2 variants of concern«. ECDC.eu. European Centre for Disease Prevention and Control. Arhivirano iz spletišča dne 16. junija 2021. Pridobljeno 12. maja 2021. USe redno posodablja.
Collier DA, De Marco A, Ferreira IA, Meng B, Datir RP, Walls AC, insod. (Maj 2021). »Sensitivity of SARS-CoV-2 B.1.1.7 to mRNA vaccine-elicited antibodies«. Nature (Published). 593 (7857): 136–141. doi:10.1038/s41586-021-03412-7. PMID33706364. We therefore generated pseudoviruses that carried the B.1.1.7 spike mutations with or without the additional E484K substitution and tested these against sera obtained after the first and second dose of the BNT162b2 mRNA vaccine as well as against convalescent sera. After the second vaccine dose, we observed a considerable loss of neutralising activity for the pseudovirus with the B.1.1.7 spike mutations and E484K (Fig. 3d, e). The mean fold change for the E484K-containing B.1.1.7 spike variant was 6.7 compared with 1.9 for the B.1.1.7 variant, relative to the wild-type spike protein (Fig. 3a–c and Extended Data Fig. 5). Similarly, when we tested a panel of convalescent sera with a range of neutralisation titres (Fig. 1f, g and Extended Data Fig. 5), we observed additional loss of activity against the mutant B.1.1.7 spike with E484K, with fold change of 11.4 relative to the wild-type spike protein (Fig. 3f, g and Extended Data Fig. 5).
»Living Evidence – SARS-CoV-2 variants«. Agency for Clinical Innovation. nsw.gov.au. Ministry of Health (New South Wales). 23. julij 2021. Arhivirano iz spletišča dne 16. aprila 2021. Pridobljeno 22. marca 2021. Se redno posodablja..
Faria NR, Mellan TA, Whittaker C, Claro IM, Candido DD, Mishra S, insod. (Maj 2021). »Genomics and epidemiology of the P.1 SARS-CoV-2 lineage in Manaus, Brazil«. Science. 372 (6544): 815–821. Bibcode:2021Sci...372..815F. doi:10.1126/science.abh2644. PMC8139423. PMID33853970. Within this plausible region of parameter space, P.1 can be between 1.7 and 2.4 times more transmissible (50% BCI, 2.0 median, with a 99% posterior probability of being >1) than local non-P1 lineages and can evade 21 to 46% (50% BCI, 32% median, with a 95% posterior probability of being able to evade at least 10%) of protective immunity elicited by previous infection with non-P.1 lineages, corresponding to 54 to 79% (50% BCI, 68% median) cross-immunity ... We estimate that infections are 1.2 to 1.9 times more likely (50% BCI, median 1.5, 90% posterior probability of being >1) to result in mortality in the period after the emergence of P.1, compared with before, although posterior estimates of this relative risk are also correlated with inferred cross-immunity. More broadly, the recent epidemic in Manaus has strained the city's health care system, leading to inadequate access to medical care. We therefore cannot determine whether the estimated increase in relative mortality risk is due to P.1 infection, stresses on the Manaus health care system, or both. Detailed clinical investigations of P.1 infections are needed.
Freitas AR, Lemos DR, Beckedorff OA, Cavalcanti LP, Siqueira AM, Mello RC, insod. (19. april 2021). »The increase in the risk of severity and fatality rate of covid-19 in southern Brazil after the emergence of the Variant of Concern (VOC) SARS-CoV-2 P.1 was greater among young adults without pre-existing risk conditions«. medRxiv (Preprint). doi:10.1101/2021.04.13.21255281. S2CID233295278. Female 20 to 39 years old, with no pre-existing risk conditions, were at risk of death 5.65 times higher in February (95% CI, 2.9-11.03; p <0.0001) and in the age group of 40 and 59 years old, this risk was 7.7 times higher (95% CI, 5.01-11.83; p <0.0001) comparing with November–December. ... The heterogeneity observed between the age groups was greater when we analysed the subgroup of the population without preexisting risk conditions where we found that the CFR in the female sex in the second wave was 1.95 times (95% CI, 1.38-2.76) the CFR of the first wave in the population over 85 years old and was 7.7 times (95% CI, 5.01-11.83; p < 0.0001) in the population between 40 and 59 years old. In the male population without previous diseases, the CFR in the second wave was 2.18 (95% CI, 1.62-2.93) times the CFR of the first wave in the population over 85 years old and 5.9 (95% CI, 3.2-10.85; p < 0, 0001) higher in the range between 20 and 39 years old.
Fisman D, Tuite A (12. julij 2021). »Progressive Increase in Virulence of Novel SARS-CoV-2 Variants in Ontario, Canada«. medRxiv (Preprint). doi:10.1101/2021.07.05.21260050. S2CID235756602.
Yadav PD, Sapkal GN, Abraham P, Ella R, Deshpande G, Patil DY, insod. (Maj 2021). »Neutralization of variant under investigation B.1.617 with sera of BBV152 vaccinees«. Clinical Infectious Diseases. Oxford University Press (ciab411). bioRxiv10.1101/2021.04.23.441101. doi:10.1093/cid/ciab411. PMID33961693.