Dobrovský se je rodil češki družini, ki je živela na Madžarskem, a se je s starši kmalu preselil na Češko. Po opravljeni gimnaziji je v Pragi študiral bogoslovje in jezikoslovje ter leta 1772 vstopil med jezuite. Deloval je kot zasebni učitelj in duhovnik.
Umrl je leta 1829 med obiskom v Brnu.
Dobrovský se je sprva ukvarjal s preučevanjem Svetega pisma in leta 1776 je izdal svojo prvo, v latinščini zapisano študijo. V strokovni javnosti je postal poznan predvsem leta 1778, ko je v študiji Fragmentum Pragense Evangelii S. Marci dokazal, da je eden od rokopisov, pripisanih evangelistu Marku, veliko mlajši, kot so menili. Po letu 1779 se je ukvarjal zlasti s češkim jezikom in književnostjo. Med drugim je leta 1809 izdal delo Izčrpna učna sestava češkega jezika (Ausführliches Lehrgebäude der böhmischen Sprache), ki velja za prvo češko moderno slovnico.
Zagovarjal je pravopisne zakonitosti češčine s konca 16. stoletja ter zavračal vse spremembe, ki so jih uvajali po tem obdobju. Sam je pisal zlasti v nemščini, v zgodnjih letih tudi v latinščini, v češčini pa šele v letih pred svojo smrtjo.
Okoli leta 1800 je začel intenzivneje preučevati slovanske jezike ter leta 1806 začel izdajati časopis Slawin, med letoma 1814 in 1815 pa časopis Slovanka. Leta 1822 je izdal prvo moderno slovnico starocerkvenoslovanščine z naslovom Institutiones linguae slavicae dialecti veteris. Zaradi tega dela velja za utemeljitelja slavistike.
Fragmentum Pragense evangelii s. Marci autographi, Praga, 1778
Corrigenda in Bohemia docta Balbini juxta editionem P. Raphaelis Ungar, Praga, 1779
Böhmische Litteratur auf das Jahr 1779, Praga, 1779
Über die Einführung und Verbreitung der Buchdruckerkunst in Böhmen, Praga 1782
Über das Alter der böhmischen Bibelübersetzung, Praga, 1782
Abhandlung über den Ursprung des Namens Tschech, Tschechen, Praga, 1782
De antiquis Hebraeorum characteribus diss., in qua... Origenis Hieronymique fides testimonio Josephi Flavii def., Praga, 1783
Scriptores rerum Bohemicarum. 3 vol., Praga, 1783–1829
Historisch-kritische Untersuchung, woher die Slawen ihren Namen erhalten haben, Praga, 1784
Über die Begräbnißart der alten Slawen überhaupt und der Böhmen insbesondere, Praga, 1786
Wie man die alten Urkunden benutzen soll. Ein Versuch über den Brewniower Stiftungsbrief Boleslaws des Zweyten vom Jahr 993, Praga, 1786
Litterarisches Magazin von Böhmen und Mähren, Praga, 1786–1787
Über eine Stelle im 19. Briefe des hl. Bonifacius, die Slawen und ihre Sitten betreffend, Praga, 1788
Über das erste Datum zur slawischen Geschichte und Geographie, Praga, 1790
Geschichte der böhmischen Sprache und Litteratur, Praga, 1792
Vita Joannis de Jenczenstein archiepiscopi Pragensis tertii ex manuscripto Rokyczanensi coaevo edita notisque illustrata, Praga, 1793
Litterärische Nachrichten von einer auf Veranlassung der königlich böhmischen Gesellschaft der Wissenschaften im Jahre 1792 unternommenen Reise nach Schweden und Rußland. Nebst einer Vergleichung der Russischen und Böhmischen Sprache etc., Praga, 1796
Über den ersten Text der Böhmischen Bibelübersetzung, nach den ältesten Handschriften derselben, besonders nach der Dresdner, Praga, 1798
Entwurf eines Pflanzensystems nach Zahlen und Verhältnißen etc., Praga, 1802
Deutsch-böhmisches Wörterbuch, Praga, 1802–1821
Kritische Versuche, die ältere böhmische Geschichte von späteren Erdichtungen zu reinigen, Praga, 1803–1807
Českých přísloví sbírka, Praga, 1804 (zbirka čeških pregovorov)
Glagolitica. Über die glagolitische Literatur. Das Alter der Bukwitza, ihr Muster etc., Praga, 1807
Slavin. Beiträge zur Kenntniß der Slavischen Literatur, Sprachkunde und Alterthümer, nach allen Mundarten, Praga, 1808
Ausführliches Lehrgebäude der böhmischen Sprache zur gründlichen Erlernung derselben für Deutsche, zur vollkommenen Kenntnis für Böhmen, Praga, 1809
Entwurf zu einem allgemeinen Etymologikon der slawischen Sprachen, Praga, 1813
Slovanka. Zur Kenntniß der alten und neuen slavischen Literatur, der Sprachkunde nach allen Mundarten, der Geschichte der Alterthümer, Praga, 1814–1815
Institutiones linguae slavicae dialecti veteris etc, Dunaj, 1822
Über die ehemaligen Abbildungen böhmischer Regenten und ihre Inschriften in der Prager königlichen Burg vor dem Brande im Jahre 1541, Praga, 1825
Mährische Legende von Cyrill und Method, Praga, 1826