Oligonukleotid
From Wikipedia, the free encyclopedia
Oligonukleotidy sú krátke molekuly RNA alebo DNA, ktoré majú široké využitie v genetickom testovaní, výskume a forenzných vedách. Sú to oligoméry nukleotidov. Bežne sa vyrábajú v laboratóriu pomocou chemickej syntézy na pevnej fáze.[1] Tieto krátke úseky nukleových kyselín je možné vyrobiť ako jednovláknové molekuly s požadovanou sekvenciou, takže sú veľmi dôležité pre syntézu umelých génov, polymerázovú reťazovú reakciu (PCR), sekvenovanie DNA, molekulárne klonovanie a i ako molekulárne sondy. V prírode sú oligonukleotidy zvyčajne prítomné ako malé molekuly RNA, ktorých úlohou je regulácia expresie génov (napríklad mikroRNA),[2] alebo ako medziprodukty rozkladu väčších molekúl nukleových kyselín.
Oligonukleotidy sú charakteristické svojou sekvenciou (poradím) nukleotidov, z ktorých sa skladajú. Dĺžka oligonukleotidu je zvyčajne popísaná koncovkou „-mér“ (z gréckeho meros, „časť“). Napríklad oligonukleotid, ktorý má šesť nukleotidov (nt), sa označuje ako hexamér a oligonukleotid s dĺžkou 25 nt sa označuje ako „25-mér“. Oligonukleotidy sa ľahko viažu (na základe svojej sekvencie) na komplementárne oligonukleotidy, DNA alebo RNA, čím vznikajú duplexy alebo, menej často, hybridy.Táto vlastnosť tvorí základ ich použitia ako molekulárnych sond na detekciu konkrétnych sekvencií DNA alebo RNA. Príkladmi postupov, ktoré využívajú oligonukleotidy, sú DNA čipy (tiež známe ako DNA microarray), Southernov blotting, ASO analýza, fluorescentná in situ hybridizácia (FISH), PCR a syntéza umelých génov.
Oligonukleotidy sa skladajú z ribonukleotidov alebo deoxyribonukleotidov a môžu mať upravenú cukor-fosfátovú kostru, čím je možné dosiahnuť rôzne farmakologické efekty. Pri použití deoxyribonukleotidov je možné upraviť i 2' pozíciu na sacharide. Tieto úpravy dávajú oligonukleotidov nové vlastnosti a hrajú kľúčovú úlohu pri antisense terapii.[3][4]