From Wikipedia, the free encyclopedia
Rfam je baza podataka koja sadrži informacije o familijama nekodirajućih RNK (ncRNK) i drugih strukturnih RNK elemenata. Ona je anotirana baza podataka otvorenog pristupa koju je originalno razvio Wellcome Trust Sanger Institute u kolaboraciji sa Janelia Farm,[1][2][3][4] i koju trenutno održava Evropski bioinformatički institut.[5] Rfam je dizajnirana na sličan način sa Pfam bazom podataka za anotaciju proteinskih familija.
Kontent | |
---|---|
Opis | Rfam baza podataka sadrži modele poravnanja, konsenzusnih sekundarnnih struktura i kovarijansi RNK familija. |
Tipovi podataka | RNK familije |
Organizam | svi |
Kontakt | |
Istraživački centar | EBI |
Primarna citacija | PMID 23125362 |
Pristup | |
Format podataka | Stokholmski format |
Veb stranica | Rfam |
URL za preuzimanje | Rfam ftp |
Alati | |
Razno | |
Licenca | Javno vlasništvo |
Obeležavajuća etiketa | yes |
Za razliku od proteina, ncRNK sekvence često imaju slične sekundarne strukture, mada njihove primarne strukture nisu slične. Rfam deli ncRNK sekvence u familije na bazi evolucije iz zajedničlig pretka. Poravnavanja višestrukih sekvenci (MSA) tih familija može da pruži uvid u njihovou strukturu i funkciju, kao što je to slučaj sa proteinskim familijama. MSA su postale još korisnije dodatkom sekundarne strukture. Rfam istraživači takođe doprinose vikipedijinoj inicijativi: RNA WikiProject.[4][6]
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.
Every time you click a link to Wikipedia, Wiktionary or Wikiquote in your browser's search results, it will show the modern Wikiwand interface.
Wikiwand extension is a five stars, simple, with minimum permission required to keep your browsing private, safe and transparent.