EcoRV

EcoRV je tip II restrikciona endonukleaza izolovana iz pojedinih vrsta Escherichia coli. Njegov alternativno ime je Eco32I.

Restrikciona endonukleaza EcoRV
EcoRV kristalna struktura u kompleksu sa dvolančanom DNK[1]
Identifikatori
Simbol	Endonuc-EcoRV
Pfam	PF09233
InterPro	IPR015314
SKOP	1sx5

Sekvenca DNK prepoznavanja EcoRV-a. Zelena linija označava mesto presecanja

EcoRV je često korišteni restrikcioni enzim u molekulskoj biologiji. On formira tupe krajeve. Ovaj enzim prepoznaje palindromsku šestobaznu DNK sekvencu 5'-GAT|ATC-3' i preseca oba lanca na istom mestu. Komplementarna sekvenca je 3'-CTA|TAG-5'. Nastali tupi krajevi se mogu se lako ligirati mada sa manjom efikasnošću od lepljivih krajeva.

Struktura

Struktura ovog enzima, i nekoliko mutanta, u kompleksu sa DNK sekvencom koju preseca je kristalografski rešena.

Osnova enzima se sastoji od petolančene mešovite β-ravni flankirane α-heliksima. Osnova je konzervirana u svim drugim restrikcionim endonukleazama tipa II. Ovaj enzim sadrži N-terminalni dimerizacioni domen formiran od kratkog α-heliksa, dvolančane antiparalne ravni i dugačkog α-heliksa. Taj domen je prisutan samo u EcoRV i PvuII.^[2]

Reference

1. Dirk Kostrewa, Fritz K. Winkler (1995). „Mg2+ Binding to the Active Site of EcoRV Endonuclease: A Crystallographic Study of Complexes with Substrate and Product DNA at 2-.ANG. Resolution”. Biochemistry 34 (2): 683–696. DOI:10.1021/bi00002a036.
2. Pingoud A, Jeltsch A (2001). „Structure and function of type II restriction endonucleases”. Nucleic Acids Research 29 (18): 3705–3727. DOI:10.1093/nar/29.18.3705. PMC 55916. PMID 11557805.

Literatura

• Nicholas C. Price, Lewis Stevens (1999). Fundamentals of Enzymology: The Cell and Molecular Biology of Catalytic Proteins (Third izd.). USA: Oxford University Press. ISBN 019850229X.
• Eric J. Toone (2006). Advances in Enzymology and Related Areas of Molecular Biology, Protein Evolution (Volume 75 izd.). Wiley-Interscience. ISBN 0471205036.
• Branden C, Tooze J.. Introduction to Protein Structure. New York, NY: Garland Publishing. ISBN: 0-8153-2305-0.
• Irwin H. Segel. Enzyme Kinetics: Behavior and Analysis of Rapid Equilibrium and Steady-State Enzyme Systems (Book 44 izd.). Wiley Classics Library. ISBN 0471303097.
• Robert A. Copeland (2013). Evaluation of Enzyme Inhibitors in Drug Discovery: A Guide for Medicinal Chemists and Pharmacologists (2nd izd.). Wiley-Interscience. ISBN 111848813X.
• Gerhard Michal, Dietmar Schomburg (2012). Biochemical Pathways: An Atlas of Biochemistry and Molecular Biology (2nd izd.). Wiley. ISBN 0470146842.

Povezano

• EcoRI, nukleazni enzim iz E. coli.
• EcoRII, nukleazni enzim iz E. coli.
• FokI, nukleazni enzim iz Flavobacterium okeanokoites.