Реалм
ранг вирусов / Материал из Википедии — свободной encyclopedia
В вирусологии реалм (также сфера, домен, или империя[⇨]) — это высший таксономический ранг, созданный для вирусов Международным комитетом по таксономии вирусов (International Committee on Taxonomy of Viruses, ICTV), который курирует работу над таксономией вирусов. Примерно соответствует рангу домена клеточных организмов[1]. По состоянию на 2023 год признаны шесть реалмов вирусов, они объединены специфическими высококонсервативными признаками:
- Adnaviria, который содержит архейные нитчатые вирусы с геномами двухцепочечной ДНК A-формы, кодирующей уникальный альфа-спиральный главный капсидный белок;
- Duplodnaviria, который содержит все вирусы с двухцепочечной ДНК, кодирующие главный капсидный белок HK97-fold;
- Monodnaviria, который содержит все вирусы с одноцепочечной ДНК (оцДНК), кодирующие эндонуклеазу суперсемейства HUH, и её потомков;
- Riboviria, в который включены все РНК-содержащие вирусы, кодирующие РНК-зависимую РНК-полимеразу, и все вирусы, кодирующие обратную транскриптазу;
- Ribozyviria, который содержит дельта-подобные вирусы гепатита с кольцевыми геномами negative-sense ssRNA;
- Varidnaviria, который содержит все вирусы с двухцепочечной ДНК, которые кодируют основной капсидный белок с вертикальным желеобразным рулетом.
Примерно эквивалентен рангу домена, используемого для клеточных организмов[1], отличаясь тем, что вирусы в реалме не обязательно имеют общего предка, то есть общего происхождения, и реалмы сами по себе не имеют общего предка. Вместо этого реалмы группируют вирусы на основе определённых признаков, которые сохраняются с течением времени. Эти признаки могут быть приобретены в ходе одного или нескольких событий. Хотя исторически было трудно определить глубокие эволюционные связи между вирусами, в 21 веке методы метагеномики и криогенной электронной микроскопии, позволили провести необходимые исследования, что привело к определению реалма Riboviria в 2018 году, трех реалмов в 2019 году и двух в 2020.