Один из основателей экологии: издал первую книгу об экологии растений («Экологическая география растений», 1896), прочитал первый университетский курс экологии, создал концепцию экологии.
Один из основоположников экологической морфологии растений[5], связывал распространение растений с определенными условиями существования[6]. Развил учение о «жизненных формах», под которыми понимал «форму, в которой вегетативное тело растения (индивида) находится в гармонии с внешней средой в течение всей его жизни от колыбели до гроба, от семени до отмирания»[7]. Считал, что объектами ботанико-экологического исследования должны быть жизненные формы, сообщества и классы сообществ; сообщество — основное подразделение, характеризующееся тремя чертами: определённой физиономией, определённой экологией и определённым набором жизненных форм. В 1895 году ввёл в ботанику термин «эфармония»[8] и предложил эфармоническую классификацию жизненных форм растений[9].
Написал немалое количество работ по ботанике, биогеографии, экологии, морфологии, истории развития и систематике растений. Переведённые на многие языки, они оказали существенное влияние на развитие ботаники и экологии в целом.
В России были широко распространены учебники Варминга «Систематика растений» (1879, русский перевод 1893) и «Растение и его жизнь» (1900, русский перевод 1904)[10].
Место профессора ботаники Копенгагенского университета было свободно в связи со смертью А. С. Эрстеда, и Варминг был наилучшим кандидатом на замещение этой должности, однако, оно было отдано Фердинанду Дидрихсену. Варминг стал доцентом ботаники в этом университете, а также в политехническом и фармацевтическом колледже (1873—1882).
В то время он участвовал в экспедициях по изучению норвежскихпровинций: в 1884 году — на Западную Гренландию, в 1885 году — на север Норвегии, в провинцию Финнмарк, в 1887 году — в центральную провинцию Опланн.
В 1885 году Варминг стал профессором ботаники Копенгагенского университета и директором ботанического сада в Копенгагене (до 1911 года).
C 1994 года в Университете Минас-Жерайс (Бразилия) проходят серии «Варминговских чтений по эволюционной экологии»
Йоханнес Эугениус Варминг, книга "Распределение растений". Издательство Брокгауза — Ефрона 1902 год.
Warming, E. Über die Entwicklung des Blütenstandes von Euphorbia. // Flora, 1870, 53: 385—397(нем.)
Le Cyathium de l’Euphorbia est-il une fleur ou une inflorescence? Kjøbenhavn, 1873(фр.)
Recherches sur la ramification des phanerogames et sur la partition du point v égé tatif. Kjøbenhavn, 1873(фр.)
Sur les différences entre les trichomes et les épiblastèmes d’un ordre plus élevé. Kjøbenhavn, 1873(фр.)
Untersuchungen über pollenbildende Phyllome // Hausteins botan. Abhandlungen, II, 1873(нем.)
Symbolæ ad Floram Brasiliæ centralis cognoscendam, 1873—1893[13](лат.)
Bemerkungen über die Eichen // Bot. Zeitung, 1874(нем.)
Om nogle ved Danmarks Kyster levende Bakterier. Kjøbenhavn, 1876(датск.)
Un dersogelser og Betragtinge over Cycaderne. Kjøbenhavn, 1877(датск.)
Warming, E. Haandbog i den systematiske Botanik (nærmest til Brug for Universitets-Studerende og Lærere) Kjøbenhavn, 1878[14](датск.)
Warming, E. De l’Ovule. Annales des Sciences Naturelles — Botanique et Biologie Vegetale sér. 6: 1878, 177—266(фр.)
Warming E. Den almindelige botanik: En Lærebog, nærmest til Brug for Studerende og Lærere. — Kjøbenhavn: P.G. Philipsens, 1880.(датск.)
Etudes anatomiques et physiologiques sur la famille des Podostomacées. Kjøbenhavn, 1881—1882(фр.)
Warming, E. Familien Podostemaceae — Etudes sur la famille des Podostemacees. Kongelige Danske Videnskabernes Selskabs Skrifter — Naturvidenskabelig og Mathematisk Afdeling, 1881—1899(фр.)
Warming, E. Om Skudbygning, Overvintring og Foryngelse. Naturhistorisk Forenings Festskrift: 1884, 1—105(датск.)
Warming, E. Om Grønlands Vegetation. Meddelelser om Grønland, 1887, 12: 1—223(датск.)
Warming, E. Lagoa Santa: Et Bidrag til den biologiske Plantegeografi med en Fortegnelse over Lagoa Santas Hvirveldyr. // Kongelige Danske Videnskabernes Selskabs Skrifter — Naturvidenskabelig og Mathematisk Afdeling, 1892. 6. Rk. vol. 6 (3): 153—488(датск.)
Warming, E. Lagoa Santa — Étude de Geographie Botanique // Revue Générale de Botanique. 1893. 5: 145—158, 209—233.(фр.)
Warming E. Plantesamfund — Grundtræk af den økologiske Plantegeografi. — Kjøbenhavn: Philipsens Forlag, 1895.[15][16](датск.)
Warming, E. Zbiorowiska Roślinne zarys ekologicznej geografii roślin by Edward Strumpf and Jósef Trzebiński. Warszawa, 1900(пол.)[17]
Warming Eug. Plantelivet: Lærebog i Botanik for Skoler og Seminarier. København, 1900(датск.)
Warming, E. Botany of the Faeroes, vol. I—III. London. 1901(англ.)
Warming E., Graebner P. Lehrbuch der ökologischen Pflanzengeographie. 2. Aufl. — Berlin: Gebruder Borntraeger, 1902.[18](нем.)
Вармингъ Е. Распредъленіе растеній въ зависимости отъ внъшнихъ условій — (ойкологическая географія растеній) / Перевод со 2-го немецкаго издания А. Г. Генкеля; с дополнениями, касающимися растительности России, Г. И. Танфильева. — СПб.: Брокгауз—Ефрон, 1902—1903. — Вып. 1. — 1902.; вып. 2. — 1903.; вып. 3 и последний: Главнейшия черты растительности Россіи, Г. И. Танфильева. — 1903.
Warming, E. Dansk Plantevækst. — Gyldendalske Boghandel Nordisk Forlag. 1906—1917(датск.)
Warming E. Om planterigets livsformer. — Kjobenhavn: Festskr. udg. Univ. Kjobenhavn, 1908.(датск.)
Warming, Eugenio. Lagoa Santa: Contribuição para a geographia phytobiologica, Alberto Löfgren, Belo Horizonte, 1908(порт.)
Warming, E. etc. The structure and biology of Arctic flowering plants. Meddelelser om Grønland, 36, 1908—1921[19](англ.)
Warming E. Oecology of Plants. An introduction to the study of plant communities. 1909(англ.)
Rosenvinge, L. Kolderup & Warning, E. The Botany of Iceland, vol. 1—3. Copenhagen, J. Frimodt, 1912—1945(англ.)
Warming, E. with M. Vahl. Oecology of Plants — an introduction to the study of plant-communities by P. Groom and I. B. Balfour. Oxford: Clarendon Press, 1909[20](англ.)
Тезисы диссертации изданы в 1871 году: Warming, J. Eug. B. Koppen hos Vortemælken en Blomst eller en Blomsterstand? En organogenetisk morfologisk Undersøgelse. Kjøbenhavn, G.E.C. Gad, 1871.(датск.)
Описание коллекций, собранных Вармингом в Лагоа-Санта: 2 600 видов растений, из которых почти 370 были новыми для ботаников, — в 40 томах на 1 400 страницах.
Немецкий перевод (E. Knoblauch): Handbuch der systematischen Botanik, Berlin, 1890(нем.); русский перевод С. Ростовцева и М. Голенкина: Систематика растеній, 1893; английский перевод М. Поттера, несколько изданий, позднейшее — 1932: A handbook of systematic botany(англ.).
Немецкий перевод, авторизованный Вармингом: Warming E. Lehrbuch der Ökologischen Pflanzengeographie. Eine Einführung in die Kenntnis der Pflanzenvereine / Emil Knoblauch. — Berlin: Gebrüder Borntraeger, 1896.(нем.)
Неавторизованный Вармингом перевод, изданный Паулем Гребнером, который поместил своё имя на титульном листе следом за именем автора. Изменений в содержании книги, однако, нет. Это издание было повторено ещё дважды (Warming, E. & Graebner, P. Eug. Warming’s Lehrbuch der ökologischen Pflanzengeographie, 3. Aufl., Berlin, Gebrüder Borntrager, 1918; 4. Aufl., 1933).
Raunkiær, C. Warming // Dansk Biografisk Lexikon, XVIII, 1904(датск.)
Urban, Ignatius. Warming Vitae // Flora Brasiliensis, enumeratio plantarum in Brasilia hactenus detectarum: quas suis aliorumque botanicorum studiis descriptas et methodo naturali digestas partim icone illustratas / ediderunt Carolus Fridericus Philippus de Martius et Augustus Guilielmus Eichler; iisque defunctis successor Ignatius Urban; Fasc. CXXX (ultimus) — VITAE ITINERAQUE COLLECTORUM BOTANICORUM Etc. 1906(лат.)
Mentz A., Ostenfeld С. Н., Botanikeren E. Warming // Sartryck ur Nordisk tidskrift, 1924, р. 247—260.(датск.)
Christensen C. F. A. Den danske botaniks historie, med tilhørende bibliografi. — København: H. Hagerup, 1924—1926. — I. Den danske botaniks historie fra de aeldste tider til 1912. — 1924.; II. Bibliografi. — 1926.(датск.)
Christensen, C. Eugenius Warming. // Meisen, V. Prominent Danish Scientists through the Ages. University Library of Copenhagen 450th Anniversary. Levin & Munksgaard, Copenhagen, 1932, 156—160(англ.)
Costantin J. N. Aperçu historique des progrès de la botanique depuis cent ans (1834—1934). — Paris: Masson, 1934.(фр.)
Goodland, R. J. The tropical origin of ecology: Eugen Warming’s jubilee // Oikos, 26, 1975, 240—245(англ.)
Prytz, S. Warming — botaniker og rejsende. Lynge, Bogan. 1984(датск.)
Coleman W. Evolution into ecology? The strategy of Warming’s ecological plant geography // Journal of the History of Biology, 19 (2), 1986, 181—196(англ.)
Klein, Aldo Luiz. Eugen Warming e o cerrado brasileiro um século depois. São Paulo, UNESP. 2000(порт.)
Варминг (Warming) Йоханнес Эугениус//Брасос— Веш.— М.: Советская энциклопедия, 1971.— С.309.— (Большая советская энциклопедия: [в 30 т.]/ гл. ред. А. М. Прохоров; 1969—1978, т.4).