Папа Иннокентий III поддержал создание Ордена меченосцев, потому что он стал своеобразным противовесом единоличной власти рижского епископа Альберта, формально подчинявшегося папскому престолу, а военную поддержку получавшего от бременского архиепископа Гартвига II. Соперничество между этими силами возникло уже в начале завоевания Восточной Прибалтики, к чему добавились притязания Дании, против которых уже в 1199 г. епископ Альберт искал поддержки у только что короновавшегося императора Филиппа,[4] а в 1207 г. официально признал себя вассалом соперника папской курии — германского императора.
Папа не препятствовал датчанам, претендовавшим на первенство в крещении местных язычников, в притязаниях на Ливонию. А когда он в 1204 г. уполномочил лундского архиепископа объявлять крестовые походы в Прибалтику, а в 1213 г. — назначать епископов для земель Сакала и Уганди (Унгавния) в Южной Эстонии, этим были недовольны и Альберт, и меченосцы. Благоволение папы к вторжению датчан в Северную Эстонию в 1219 г. спровоцировало военные конфликты между Данией и меченосцами, когда те захватили в 1225 и 1227 годах принадлежавшие датчанам территории Северной Эстонии, включая крепость Ревель (Таллинн)[4].
Затем возвращение этой земли Дании стало условием её согласия на объединение Ордена меченосцев с Тевтонским орденом. Но этот вопрос стал обсуждаться уже тогда, когда меченосцы своей малой численностью (одновременно максимум 130 братьев-рыцарей) перестали справляться с задачей удерживать в повиновении покоренные земли и завоевывать новые, охраняя их также от нападений извне. Вдобавок в конце 1220-х годов внутри самого Ордена разгорелись конфликты, обусловившие его упадок[4].
Орден руководствовался уставом ордена тамплиеров. Члены ордена подразделялись на рыцарей, священников и служителей. Рыцари чаще всего происходили из семей мелких феодалов (чаще всего из Саксонии). Форменной одеждой им служил белый плащ с красными крестом и мечом. Служители (оруженосцы, ремесленники, слуги, посыльные) набирались из свободных земледельцев и горожан. Главой ордена был магистр, важнейшие дела ордена решал капитул.
На захваченных территориях меченосцы строили замки. Замок был центром административной единицы — кастелатуры. По договорённости 1207 года 2/3 захваченных земель оставались под властью ордена, остальная часть передавалась епископам Рижскому, Эзельскому, Дерптскому и Курляндскому. Это было утверждено буллой папы Иннокентия III 20 октября 1210 года[5].
1202 год: епископ Альберт строит в устье Западной Двиныцистерцианский монастырь святого Николая, получивший название Динамюнде (дословно — «устье Двины»). Аббатом этого монастыря назначен сподвижник Альберта, Теодорих из Турайды.
1207 год: взятие войсками ордена крепости Кукейнос в среднем течении Западной Двины. Оборону крепости возглавлял князь Вячеслав Борисович (Вячко). В этом же году орден получил, не без вмешательства Папы, от епископа право на владение третью всех завоеванных земель.
1207 год: меченосцами основан замок Зегеволд (Зигвальд) — нем.Sieg Wald «Лес победы» (ныне Сигулда).
1209 год: епископ Альберт покоряет Ерсику. В том же году магистр Винно фон Рорбах был обезглавлен, и его место занял Фольквин фон Винтерштаттен.
20 октября 1210 года: епископ Альберт и магистр Фольквин получают от Папы Иннокентия III привилегию на раздел Ливонии (Livonia) и Семигалии (Semigallia), а также новое разрешение на отпущение грехов. Именно в этой булле происходит действительное утверждение ордена Папой[5].
Зимой 1212 года Мстислав Удатный с 15-тысячным войском провёл поход в Эстонию против немцев.
1219 год: вместе с датскими войсками, пришедшими на помощь рыцарям ордена, меченосцы основывают крепость Ревель (ныне Таллин). В том же году 16 тыс. новгородцев во главе с князем Всеволодом Мстиславичем выиграли сражение и в течение двух недель осаждали Венден.
1221 год: 12 тыс. новгородцев во главе с князем Всеволодом Юрьевичем совершают поход на Венден.
1223 год: 20 тыс. новгородцев во главе с князем Ярославом Всеволодовичем совершают поход на Ревель. 15 августа после двухнедельного штурма меченосцы берут Феллин. По сообщению Генриха Латвийского, «оставшихся русских повесили перед замком на страх другим русским».
1224 год: после длительной осады войсками ордена взят Юрьев (Дерпт), при обороне города погиб князь Вячко. Помощи от Новгорода не последовало из-за конфликта с князем Всеволодом Юрьевичем. До конца третьего десятилетия XIII века орден захватил часть земель земгалов, селов и куршей, но большая часть языческих земель оставалась под властью Литвы. Орден, нарушив мирный договор с Литвой 1225 года, в 1229-м организовал поход в Литву. После этого литовцы ещё больше стали поддерживать земгалов.
Май 1226 года: император Фридрих II утвердил за меченосцами их владения, как держание от рижского и дерптского епископов.
1233 год: организуется новый Северный Крестовый поход (1233—1236). В 1234 году в сражении на Омовже под Юрьевом (ныне река Эмайыги и город Юрьев) войска ордена меченосцев потерпели поражение от новгородского князя Ярослава Всеволодовича (рыцари провалились под речной лёд). Продвижение ордена на восток было приостановлено.
До 1236 года орден не нападал на Литву. В это время Литва сама организовывала походы против Ордена и епископов или участвовала в них вместе с ливами, земгалами и русскими князьями. Чтобы завоевать Литву или хотя бы её ослабить, а также пресечь помощь литовцев поверженным племенам балтов, 9 февраля 1236 года Папа Григорий IX объявил Крестовый поход против Литвы. 22 сентября того же года состоялась битва при Сауле, окончившаяся полным поражением меченосцев. В ней был убит магистр ордена Волгуин фон Намбург (Фольквин фон Винтерштаттен).
12 мая 1237 года в ВитербоГригорий IX и гроссмейстер Тевтонского орденаГерман фон Зальца совершили обряд присоединения остатков ордена меченосцев к Тевтонскому ордену. Тевтонский орден прислал туда своих рыцарей, ответвление Тевтонского ордена на землях бывшего ордена меченосцев (то есть на нынешних латышских и эстонских землях) стало называться Ливонским ландмейстерством тевтонского ордена (см. Ливонский орден).
Назарова Е.Л.Крестовый поход на Русь 1240 г. (Организация и планы)/Е. А. Мельникова, Т. Н. Джаксон.— Восточная Европа в исторической перспективе. К 80-летию В.Т.Пашуто: сборник статей из серии Studia historica.— Москва: Языки славянской культуры, 1999.— С.190—201.— 324с.— ISBN 5-7859-0095-5.