CML (Chemical Markup Language) — это язык описания химических соединений, основанный на универсальном языке разметки XML и Java.Это была первая реализация, специфичная для предметной области, основанная исключительно на XML , сначала на основе DTD , а затем на схеме XML , наиболее надежной и широко используемой системы для точного управления информацией во многих областях. Он разрабатывался более десяти лет компаниями Murray-Rust , Rzepa и другими и был протестирован во многих областях и на различных машинах.
| cml | |
|---|---|
| Расширение |
.cml[1] |
| MIME-тип | chemical/x-cml[1] |
| Разработчик | Мюррей-Руст, Питер[2] и Henry S. Rzepa[вд][2] |
| Тип формата | Язык описания химических соединений |
| Расширен из | XML |
| Сайт |
xml-cml.org cml.sourceforge.net |
Химическая информация традиционно хранится в файлах различных типов, что препятствует повторному использованию документов. CML использует переносимость XML, чтобы помочь разработчикам CML и химикам создавать совместимые документы. Существует ряд инструментов, которые могут создавать, обрабатывать и просматривать документы CML. Издатели могут распространять химические данные в документах XML с помощью CML, например, в документах RSS .
CML способен поддерживать широкий спектр химических концепций, включая:
- молекулы
- реакции
- спектры и аналитические данные
- вычислительная химия
- химическая кристаллография и материалы
Подробности о ХМЛ и обсуждаемые в настоящее время вопросы теперь публикуются в блоге XML.
Управление версиями
Версии схемы доступны на SourceForge . По состоянию на апрель 2012 г. последней замороженной схемой является CML v2.4. Некоторые конструкции в CML v1 объявлены устаревшими.
Инструменты
JUMBO начинал свою жизнь как универсальный молекулярный браузер Java для объектов, но теперь представляет собой библиотеку Java, которая поддерживает проверку, чтение и запись CML, а также преобразование нескольких устаревших форматов в CML и, например, реакцию CML на анимированное представление SVG . реакции. [7] JUMBO превратился в обширную Java-библиотеку CMLDOM, [8] поддерживающую все элементы схемы. [9] Хотя раньше JUMBO был браузером, предпочтительным подходом является использование инструментов с открытым исходным кодом Jmol и JChemPaint , некоторые из которых используют альтернативные библиотеки CML. [10] См. Синий обелиск .
Поддержка программного обеспечения
Программное обеспечение, импортирующее и экспортирующее действительный формат CML
- Bioclipse
- CDK
- JOELib
- OpenBabel
- Avogadro
- XDrawChem
Примечания
Литература
Ссылки
Wikiwand - on
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.