Verrucomicrobia (лат., от лат. verruca — бугорок) — тип бактерий, к которому относятся в основном некультивируемые формы. Как указывают метагеномные данные, в природе они распространены исключительно широко. Они составляют от 1 до 10 % почвенной микробиоты и потому имеют важное экологическое значение[2].
Краткие факты Научная классификация, Международное научное название ...
Verrucomicrobia |
---|
|
|
Verrucomicrobia Hedlund 1997[1] |
|
Закрыть
Представители Verrucomicrobia — грамотрицательные бактерии, у многих из которых на поверхности имеются простеки (бугорки), за что тип и получил своё название. Клетки — палочковидные, овоидные, одиночные или в парах, веретеновидные. У Prosthecobacter[англ.] на одном из конце клетки имеется уникальное бульбовидное утолщение. По типу питания Verrucomicrobia — хемоорганогетеротрофы и сбраживают разнообразные сахара[3]. Некоторые представители способны окислять метан при экстремально низких значениях рН[4][5].
Среди Verrucomicrobia есть анаэробы, факультативные анаэробы и аэробы; лучше всего представители филы растут при температуре 25 °C и pH от 4 до 7. Помимо почв, встречаются в пресноводных водоёмах, пелагиали и желудочно-кишечном тракте человека[3].
По данным филогенетического анализа, ближайшими родственниками Verrumicrobia являются представители типа Chlamydiae[англ.][6]. В 2008 году был секвенирован и опубликован геном одного из представителей типа, Methylacidiphilum infernorum[англ.]. Его анализ указал на возможное родство Verrumicrobia и протеобактерий[7].
Филогения
Ниже представлено филогенетическое дерево Verrumicrobia, построенное по последовательностям 16S рРНК в рамках проекта The All-Species Living Tree[англ.].
Verrumicrobia |
Opitutae |
Puniceicoccaceae |
|
Coraliomargarita akajimensis |
|
|
|
Puniceicoccus vermicola |
|
|
Cerasicoccus arenae |
|
|
|
|
|
|
Opitutaceae |
|
Opitutus terrae[англ.] |
|
|
Alterococcus agarolyticus |
|
|
|
Pelagicoccus |
|
|
|
|
|
|
Verrucomicrobiales |
|
Limisphaera ngatamarikiensis |
|
|
Verrucomicrobiaceae |
|
Terrimicrobium sacchariphilum |
|
|
|
Verrucomicrobium spinosum[англ.] |
|
|
|
Roseimicrobium gellanilyticum |
|
Prosthecobacter |
|
|
P. fluviatilis |
|
|
P. vanneervenii |
|
|
|
|
|
Brevifollis gellanilyticus |
|
|
|
|
|
|
|
P. debontii |
|
|
P. fusiformis (типовой вид) |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Akkermansia muciniphila[англ.] |
|
|
|
Luteolibacter |
|
L. cuticulihirudinis |
|
|
|
L. pohnpeiensis (типовой вид) |
|
|
|
L. algae |
|
|
|
L. luojiensis |
|
|
L. yonseiensis |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Haloferula |
|
|
H. luteola |
|
|
H. sargassicola |
|
|
|
|
|
H. helveola |
|
|
|
H. phyci |
|
|
|
H. harenae |
|
|
|
H. chungangensis |
|
|
H. rosea (типовой вид) |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Roseibacillus |
|
R. persicicus |
|
|
|
R. ishigakijimensis (типовой вид) |
|
|
R. ponti |
|
|
|
|
|
|
|
Persicirhabdus sediminis |
|
Rubritalea |
|
|
R. sabuli |
|
|
|
R. halochordaticola |
|
|
R. squalenifaciens |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Классификация
На декабрь 2017 года в тип включают следующие таксоны до рода включительно[8]:
- Класс "Spartobacteria"
- Класс Opitutae Choo et al. 2007
- Порядок Opitutales Choo et al. 2007
- Семейство Opitutaceae Choo et al. 2007
- Роды Alterococcus, Opitutus
- Порядок Puniceicoccales Choo et al. 2007
- Семейство Puniceicoccaceae Choo et al. 2007
- Роды Cerasicoccus, Coraliomargarita, Pelagicoccus, Puniceicoccus
- Класс Verrucomicrobiae Hedlund et al. 1998 emend. Yoon et al. 2008
- Порядок Verrucomicrobiales Ward-Rainey et al. 1996 emend. Yoon et al. 2008
- Семейство Akkermansiaceae Hedlund and Derrien 2012
- Семейство Rubritaleaceae Hedlund 2012
- Семейство Verrucomicrobiaceae Ward-Rainey et al. 1996 emend. Takeda et al. 2008
- Роды Brevifollis, Haloferula, Luteolibacter, Persicirhabdus, Prosthecobacter, Roseibacillus, Roseimicrobium, Verrucomicrobium
- Роды incertae sedis
Pol Arjan, Heijmans Klaas, Harhangi Harry R., Tedesco Dario, Jetten Mike S. M., Op Den Camp Huub J. M. Methanotrophy below pH 1 by a new Verrucomicrobia species // Nature. — 2007. — Vol. 450. — P. 874—878. — ISSN 0028-0836. — doi:10.1038/nature06222. [исправить]
Dunfield P. F., Yuryev A., Senin P., Smirnova A. V., Stott M. B., Hou S., Ly B., Saw J. H., Zhou Z., Ren Y., Wang J., Mountain B. W., Crowe M. A., Weatherby T. M., Bodelier P. L., Liesack W., Feng L., Wang L., Alam M. Methane oxidation by an extremely acidophilic bacterium of the phylum Verrucomicrobia. (англ.) // Nature. — 2007. — Vol. 450, no. 7171. — P. 879—882. — doi:10.1038/nature06411. — PMID 18004300. [исправить]
Hou S., Makarova K. S., Saw J. H., Senin P., Ly B. V., Zhou Z., Ren Y., Wang J., Galperin M. Y., Omelchenko M. V., Wolf Y. I., Yutin N., Koonin E. V., Stott M. B., Mountain B. W., Crowe M. A., Smirnova A. V., Dunfield P. F., Feng L., Wang L., Alam M. Complete genome sequence of the extremely acidophilic methanotroph isolate V4, Methylacidiphilum infernorum, a representative of the bacterial phylum Verrucomicrobia. (англ.) // Biology Direct. — 2008. — 1 July (vol. 3). — P. 26—26. — doi:10.1186/1745-6150-3-26. — PMID 18593465. [исправить]
- Пиневич А. В. Микробиология. Биология прокариотов: в 3 т. — СПб.: Издательство С.-Петербургского университета, 2006. — ISBN 5-288-04056-7.