GENCODE
Материал из Википедии — свободной encyclopedia
GENCODE — проект геномных исследований, являющийся составной частью проекта «Энциклопедия элементов ДНК» (ENCODE)[2].
Краткие факты Содержимое, Описание ...
GENCODE | |
---|---|
Содержимое | |
Описание | Энциклопедия генов и генных вариантов |
Тип данных | Аннотации генов человека и мыши в формате GTF/GFF3 |
Контакты | |
Исследовательский центр | Институт Сэнгера (Welcome Trust Sanger Institute) |
Авторы | Harrow J, et al [1] |
Дата выпуска | Сентябрь 2012 |
Доступность | |
Сайт | GENCODE |
Прочее | |
Лицензия | Открытый доступ |
Частота релизов |
Геном человека — раз в 3 месяца Геном мыши — раз в 6 месяцев |
Версия | GENCODE 43 (человеческий геном), M32 (мышиный геном) |
Закрыть
GENCODE был создан в рамках пилотной фазы проекта ENCODE с целью определить и картировать все белок-кодирующие гены из библиотеки ENCODE[3]. Сейчас проект нацелен на создание энциклопедии генов и их вариантов с полным описанием их структурных характеристик в геномах человека и мыши с помощью методов вычислительного анализа, ручной аннотации и экспериментальной проверки[4].
Конечная цель проекта — создание базы аннотаций, включающей все белок-кодирующие локусы с альтернативными транскриптами[5], некодирующие локусы с обнаруженными транскриптами[6] и псевдогены[7].