Loading AI tools
Из Википедии, свободной энциклопедии
Clustal (англ. Cluster alignment) — одна из самых широко используемых компьютерных программ для множественного выравнивания нуклеотидных и аминокислотных последовательностей[1].
Clustal Omega | |||
---|---|---|---|
![]() | |||
Тип | Биоинформатика | ||
Автор | Desmond G. Higgins[вд] | ||
Разработчики | Des Higgins, Fabian Sievers, David Dineen и Andreas Wilm (Conway Institute, UCD) | ||
Написана на | C++ | ||
Операционные системы | UNIX, Linux, Mac, Windows | ||
Последняя версия | 1.2.2 (2016-07-01) | ||
| |||
Лицензия | GNU GPL 2 | ||
Сайт | clustal.org/omega/ |
ClustalW/ClustalX | |||
---|---|---|---|
![]() | |||
Тип | Биоинформатика | ||
Автор | Desmond G. Higgins[вд] | ||
Разработчики | Gibson T. (EMBL), Thompson J. (CNRS), Higgins D. (UCD) | ||
Написана на | C++ | ||
Операционные системы | UNIX, Linux, Mac, Windows | ||
Последняя версия | 2.1 (2010-11-17) | ||
| |||
Лицензия | GNU GPL 2 | ||
Сайт | clustal.org |
Clustal использует метод попарного прогрессивного выравнивания.
Программа представлена в трех версиях:
Несмотря на то что ClustalW и ClustalX не были первыми инструментами для множественного выравнивания, они получили широкое распространение благодаря своей широкой доступности для персональных компьютеров и интуитивно понятному пользовательскому интерфейсу.
Все современные версии Clustal базируются на Clustal Omega (ClustalΩ). Clustal Omega предоставила новую систему оценки нуклеотидных последовательностей: сначала программа выравнивает наиболее схожие последовательности, постепенно переходя к наименее схожим, тем самым создавая глобальное выравнивание. Для проведения глобального выравнивания в этой программе необходимо иметь минимум три последовательности, для парного выравнивания можно использовать EMBOSS[англ.] или LALIGN[5].
Сначала ClustalΩ рассчитывает приблизительную матрицу расстояний одним из двух методов:
Затем методом присоединения соседей строится направляющее дерево, на котором и будет построена глобальная сеть выравниваний. Дерево укореняется методом средней точки (mid-point)[6].
Хотя другие программы для множественного выравнивания, основанные на методе согласованности (Probcons, T-Coffee, Probalign и MAFFT), превосходят по точности Clustal Omega, они используют больше оперативной памяти и медленнее чем Clustal[7].
ClustalX — это версия ClustalW с графическим интерфейсом. В данном обновлении не было новых функций, однако были обновлены и улучшены старые версии, описанные выше.
ClustalX используется для следующих функций[8]:
ClustalX, как и ClustalW, скомпилирована для загрузки на всех операционных системах: Linux, Mac OS X, Windows (как XP, так и Vista). Предыдущие версии по-прежнему доступны для загрузки на сайте.
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.
Every time you click a link to Wikipedia, Wiktionary or Wikiquote in your browser's search results, it will show the modern Wikiwand interface.
Wikiwand extension is a five stars, simple, with minimum permission required to keep your browsing private, safe and transparent.