AlphaFold
Материал из Википедии — свободной encyclopedia
AlphaFold — программа на базе искусственного интеллекта (AI), разработанная Google DeepMind, которая выполняет предсказания пространственной структуры белка[2]. Программа разработана как система глубокого обучения[3].
AlphaFold | |
---|---|
Тип | модель ИИ[вд] и ИИ |
Разработчик | Google DeepMind |
Написана на | Python |
Первый выпуск | 2018 |
Последняя версия | 3 (8 мая 2024[1]) |
Репозиторий | github.com/google-deepmi… |
Лицензия | Apache License 2.0 |
Сайт | alphafold.com |
Медиафайлы на Викискладе |
AlphaFold имеет две основные версии. Команда исследователей, использовавшая AlphaFold 1, заняла первое место в общем рейтинге 13-й СASP в декабре 2018 года. Программа оказалась особенно успешной в предсказании точных структур белков в категории, которую организаторы конкурса оценивали как самую сложную — когда для белков с частично похожей последовательностью не было доступно существующих шаблонных структур[4].
Команда разработчиков AlphaFold 2 участвовала в следующем конкурсе CASP в ноябре 2020 года[5]. Команда достигла гораздо большей точности, чем любая другая группа. Модель набрала более 90 баллов примерно для двух третей белков в тесте GDT, который измеряет степень, с которой структура, предсказанная вычислительной программой, подобна структуре, определённой лабораторным экспериментом (число 100 соответствует полному совпадению)[6][7].
Результаты AlphaFold 2 в CASP были охарактеризованы как «поразительные»[8]. В то же время некоторые исследователи отметили, что точность недостаточно высока для оставшейся трети прогнозов и что не раскрывается механизм и правила сворачивания белка, чтобы проблема сворачивания белка считалась решённой[9].
15 июля 2021 года статья об AlphaFold2 была размещена в Nature в качестве публикации для предварительного доступа вместе с программным обеспечением с открытым исходным кодом и доступной для поиска базой данных с различными видами белков[10][11][12][13].
8 мая 2024 года в Nature была размещена статья о новой версии программы — AlphaFold 3[14][15].