bază de date a familiilor de proteine From Wikipedia, the free encyclopedia
Pfam este o bază de date a proteine care include adnotările și alinierea secvențelor multiple generate utilizând modelul Markov ascuns.[1][2][3] Cea mai recentă versiune, Pfam 33.1, a fost lansată în mai 2020 și conține 18.259 de familii.[4]
 | |
| Content | |
|---|---|
| Description | Baza de date Pfam oferă aliniamente și modele Markov ascunse pentru domenii de proteine. |
| Data types captured | Familii de proteine |
| Organisms | toate |
| Contact | |
| Research center | EBI |
| Primary citation | PubMed |
| Access | |
| Data format | Stockholm format |
| Website | pfam.xfam.org |
| Download URL | FTP 1 FTP 2 |
| Miscellaneous | |
| License | GNU Lesser General Public License |
| Version | 33.1 |
| Bookmarkable entities | yes |
Scopul general al bazei de date Pfam este de a oferi o clasificare completă și precisă a familiilor și domeniilor de proteine.[5] Inițial, raționamentul din spatele creării bazei de date a fost de a avea o metodă semiautomată de curățare a informațiilor privind familiile de proteine cunoscute pentru a îmbunătăți eficiența adnotării genomurilor.[6] Clasificarea Pfam a familiilor de proteine a fost adoptată pe scară largă de biologi datorită acoperirii largi a proteine și convenții de denumire sensibile.[7]
Acesta este utilizată de biologii experimentali care cercetează proteine specifice, de biologii structurali pentru a identifica noi obiective pentru determinarea structurii, de biologii computaționali pentru a organiza secvențe și de biologii evoluționiști care urmăresc originile proteinelor.[8] Proiectele genomului timpuriu, ar fi umane și utilizate pe scară largă de Pfam pentru adnotarea funcțională a datelor genomice.[9][10][11]
Site-ul Pfam permite utilizatorilor să prezinte secvențe de proteine sau ADN pentru a căuta potriviri familiilor din baza de date. Dacă ADN-ul este prezentat, se efectuează un cadru cu șase cadre transtrație, apoi fiecare cadru este căutat.[12] În loc să efectueze o căutare tipică BLAST, Pfam folosește profilul modelele Markov ascunse, care acordă o greutate mai mare potrivirilor la conservată site-uri, permițând o mai bună detectare a homologiei de la distanță, făcându-le mai potrivite pentru adnotarea genomurilor organismelor fără rude apropiate bine adnotate.[13]
Pfam a fost, de asemenea, utilizat în crearea altor resurse, cum ar fi iPfam, care cataloghează interacțiunile domeniu-domeniu în interiorul și între proteine, pe baza informațiilor din bazele de date de structură și cartografierea domeniilor Pfam pe aceste structuri.[14]
Pentru fiecare familie din Pfam se poate:
Intrările pot fi de mai multe tipuri: familie, domeniu, repetări sau motive. Familia este clasa implicită, ceea ce indică pur și simplu că membrii sunt înrudiți. Domeniile sunt definite ca o unitate structurală autonomă sau o unitate secvențială reutilizabilă care poate fi găsită în mai multe contexte proteice. Repetările nu sunt de obicei stabile în mod izolat, ci mai degrabă sunt de obicei necesare pentru a forma repetă tandem în scopul de a forma un domeniu sau o structură extinsă. Motivele sunt, de obicei, unități de secvență mai scurte găsite în afara domeniilor globulare.[9]
Descrierile familiilor Pfam sunt gestionate de publicul larg folosind Wikipedia (a se vedea Istoric).
La eliberarea variantei 29.0, 76.1% din secvențele de proteine în UniprotKB s-a potrivit cu cel puțin un domeniu Pfam.[15]
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.
Every time you click a link to Wikipedia, Wiktionary or Wikiquote in your browser's search results, it will show the modern Wikiwand interface.
Wikiwand extension is a five stars, simple, with minimum permission required to keep your browsing private, safe and transparent.
