1851Ligera exposición jurídica de los derechos de don Felipe E. Cortés al Patronato de la Capellanía, fundada por el conquistador del Perú Francisco Pizarro. Lima: [Impr.del Correo].
1852Lijera [sic.] exposición de los derechos de D. José Antonio Alvarado... a la 3a. parte de los bienes del intestado D. Manuel Mena y Villalta. Lima: Impr. del Comercio.
1853 Breves observaciones a los principios en que los representantes de la finada señora Da. Catalina Merino, fundan los derechos de esta al intestado de Mena y Villalta....
1856 Biografía del Excmo. e ilustrísimo señor Don Ramón Castilla, libertador del Perú, escrita por el más fiel de sus adoradores... [El] Murciélago [seud.].
1858 Estadística general de Lima. Lima: Tip. Nacional de M. N. Corpancho.
1859 Elementos de higiene privada, extractados de diversos autores...; No es ésta sino la otra!: comedia en un acto. Arreglada al teatro nacional...
1860 Guía histórico-descriptiva, administrativa, judicial y de domicilio de Lima. Lima: Libr. Central.
1860 - 1862Colección de causas célebres contemporáneas, civiles y criminales, del foro peruano y extranjero. Lima: Establecimiento Tipográfico de Aurelio Alfaro.
1861 - 1864 Biblioteca peruana de historia, ciencias y literatura. Lima: Felipe Bailly.
1862 Colección de causas célebres del foro peruano y extranjero. Lima: Impr. de la Época.
1863 Biografía del [Murciélago, seud.] escrita por él mismo para proporcionar un momento de placer a su tocayo D. Manuel de Amunátegui. Lima: Impr. de El Mercurio.; Guía de domicilio de Lima. Lima: Impr. del autor.
1865 Compendio del derecho administrativo. París: Libr. de Rosa y Bouret.
1866 Aletazos del murciélago. París: Impr. de Ad Lainé y J. Havard; Le coca du Pérou. [París: s.n.].; Estadística general de Lima. París: Tipografía de Ad. Lainé et J. Havard.; Lima; esquisses historiques, statistiques, administratives, comerciale et morales. Paris: F. Didot, Feres, File & cie.; Lima; or sketches of the capital of Perú, historical, stastestical, administrative, comercial and moral. paris: Firmin Didot, brother, Sons & Co.; Mémoire sur le coca du Pérou. París: Impr. de Ad. Lainé et. J. Harvard.
1867 Lima: apuntes históricos, descriptivos, estadísticos y de costumbres. Paris: Librería de F. Didot.
1868 Cuestiones civiles. I. Apuntes sobre los registros del estado civil y la necesidad de organizarlos en el Perú. Lima: [s.n.].; Flores místicas del murciélago. Lima: Impr. de El Murciélago.
1869 Manual de prácticas parlamentarias. Lima: Impr. del estado.; Manual práctico de medicina legal. Lima: Impr. del Estado.
1870 Compendio de historia santa. Havre: Impr. de A. Lemale.
1873 Apuntes sobre exhumaciones y autopsias y modelos de reconocimientos médico legales. Lima: Impr. de La Patria.; Derecho constitucional filosófico. Lima: Impr. del Estado.; Formulario para los jueces de paz del Perú. Lima: Impr. del Estado.
1874 Derecho constitucional universal é historia del derecho público peruano. Lima: Impr. del Estado.
1875 Lecciones de jurisprudencia médica. Lima: Impr. del Estado.; Principios generales de derecho, de política y de legislación. Lima: Impr. del Estado.
1875 - 1876 Repertorio judicial. Lima: Impr. del Estado.
1876 Catecismo de economía política. Lima: Impr. del Estado.; Curso de enciclopedia del derecho. Lima: Impr. del Estado.; Lecciones de Jurisprudencia médica, dadas en la Facultad de Jurisprudencia de la Universidad de Lima. Lima: Impr. del Estado.; Principios de derecho político peruano para los colegios de instrucción media. Lima: Impr. del Estado.
1877 Catecismo de economía política. Lima: Impr. del Estado [i.e. Havre, Impr. A. Lemale].Diccionario de jurisprudencia y de legislación peruana. Lima: Impr. del Estado. Los autores del diccionario son Manuel Atanasio Fuentes y Miguel Antonio de la Lama. De este diccionario en varios tomos solo se publicaron los Tomos I (Parte Civil, Letras A-I, 774 pp., con palabras introductorias firmadas por el mismo Manuel A. Fuentes en Lima, Julio de 1877), y el Tomo III (Parte Criminal, Letras A-Z, 736 pp., con palabras introductorias sin firma, fechadas en Lima, 1877). Jorge Basadre, "Introducción a las bases documentales para la Historia de la República del Perú con algunas reflexiones", Tomo I, p. 450, dice que "El tomo II con el resto de la parte civil (...) quedó en pliegos que los chilenos vendieron en 1881 como papel de envolver". Según las palabras introductorias firmadas por Fuentes en el Tomo I de la obra, el diccionario debía tener una tercera parte dedicada al Derecho Público; en cambio, Fuentes desechó la idea de completar la obra extendiéndose sobre el Derecho Internacional porque estando por entonces el gobierno publicando una Colección de los Tratados del Perú, Fuentes planeaba que dicha colección le sirviera de base para un Diccionario de Derecho Internacional y de Diplomacia, que debería publicarse por separado; Formulario para los jueces de paz del Perú. Lima: [s.n.].; Hojas de coca. Lima: Impr. del Estado.