Weisskopf chegou ao CERN como professor convidado em 1957 e permaneceu um ano na divisão dos Estudos Teóricos tomando parte em trabalhos de pesquisa no Sincrocíclotron de 600 MeV. Fazia parte da Directoria encarregado da investigação quando foi nomeado o quarto Director Geral da organização em Agosto de 1961, sucedendo a John Adams.
Durante o seu mandado, o mundo em geral e a organização sofreram rápidas alterações, e assim nesse ano haviam começado as tentativas de experiências com neutrinos. Em 1965 o seu último ano como DG, o Conselho do CERN aceitou a proposta da construção do Anéis de Armazenagem a Intersecções - Intersecting Storage Rings (ISR). Nesse mesmo ano o governo francês autorizou que o CERN ocupe o terreno adjacente ao laboratório da organização em Suíça para iniciar a construção desse acelerador, tornando-se assim a primeira Organização Internacional com uma fronteira que corta o terreno em dois.
De 1966 a 1977 Victor F. Weisskopf foi membro do Comité da Política Científica e era membro do Comité Pauli.
Terminada as funções no CERN, voltou como professor no Instituto de Tecnologia de Massachusetts (MIT). Durante muitos anos voltava regularmente ao CERN como Professor convidado nas muito apreciadas programas Summer Students realizada anualmente na organização e dedicada as estudantes que durante um mês a mês e meio vêm trabalhar na organização durante as férias de Verão.