Depois do assassinato de Pompeu, César intervém na guerra civil entre Cleópatra e Ptolemeu XIII. Depois de vitórias no Cerco de Alexandria e na Batalha do Nilo, César passa mais de dois meses celebrando a vitória com Cleópatra, que torna-se sua amante, e Ptolemeu XIV, irmão e co-regente dela.
No Adriático, o cônsul Públio Vatínio derrota a fronta pompeiana liderada pelo almirante Marco Otávio na Batalha de Táuris.
Depois de seu interlúdio no Egito, Júlio César derrota Fárnaces II do Ponto na Batalha de Zela. A campanha durou apenas cinco dias e foi nesta ocasião que César disse Veni, vidi, vici, uma de suas mais famosas frases.
César reorganiza o comando das províncias romanas na região e entrega o Reino do Bósforo a Mitrídates de Pérgamo, que havia sido seu aliado no Egito.