O Paysandu Sport Club em 2012 disputou três torneios distintos: o Campeonato Paraense (96º), Copa do Brasil (15º) e Campeonato Brasileiro - Série C (7º). Foi um ano marcante para o clube, que após seis anos, conquistou o acesso no campeonato nacional, e de maneira inédita avançou às oitavas-de-finais da Copa.
O ano começou com o Campeonato Paraense entre os meses de janeiro e abril. Porém, o Paysandu decepcionou e terminou na 4ª colocação. No torneio houve a primeira mudança de treinador, o técnico Nad foi demitido após ter feito um primeiro turno ruim, no qual o clube nem passou de fase, e no seu lugar, o então auxiliar técnico Lecheva assumiu o comando do clube bicolor. No certame, o novo treinador perdeu apenas um jogo, para o Águia de Marabá, porém foi suficiente para decretar a eliminação do clube nas semi-finais do segundo turno.
No decorrer do Campeonato Paraense, houve também a Copa do Brasil. O Paysandu estreou contra o Espigão e já eliminou o jogo de volta. Na segunda fase o adversário foi o Sport, da Série A do Brasileirão. Em um duelo histórico, o Papão da Curuzu conquistou a classificação com duas vitórias, inclusive um 4 a 1 em plena Ilha do Retiro, em Recife, casa do Sport. Pela primeira vez na história o Paysandu conseguiu eliminar dois times na Copa. E nas oitavas-de-final enfrentou o Coritiba, que venceu o clube paraense nos dois jogos. Com isso, o Paysandu de despedia de sua melhor campanha na Copa do Brasil.
Restava o Campeonato Brasileiro da Série C, que começou em julho. Para a competição, o Paysandu quis um novo técnico, mais experiente e trouxe Roberval Davino[3] para o comando. E quando começou o torneio, o clube alvi-celeste estreou bem, com duas vitórias nos dois primeiros jogos, se isolando na liderança. Porém, o time comandado por Davino caiu de produção e em seguida perdeu para o Fortaleza, depois entrou em dois empates até perder para o então lanterna Treze da Paraíba, o que culminou a demissão do técnico. No jogo posterior, contra o Cuiabá o time foi comandado pelo interino Lecheva e voltou a vencer, quebrando o jejum de quatro jogos. Porém a diretoria não queria o ex-jogador como treinado e contratou outro técnico. Até chegarem no experiente Givanildo Oliveira[8] que já fez história no Paysandu ao conquistar a Copa dos Campeões de 2002. Porém a fama do treinador veio à tona, e após sete jogos seguidos sem vencer pediu demissão e indicou o auxiliar e ex-técnico Lecheva para assumir o cargo[7]. Com o ex-jogador e ídolo bicolor novamente no comando, o Paysandu voltou a vencer no segundo jogo do treinador, goleando o Treze por 5 a 1. Nos últimos jogos da primeira fase, o time foi ajeitado por Lecheva e conseguiu a classificação para as quartas-de-finais. Na fase eliminatória, venceu o Macaé em casa por 2 a 0, e depois perdeu fora por 3 a 2, o que não foi suficiente para o Paysandu ser eliminado da competição. Enfim, classificado, o Paysandu comemorou o acesso heroico após seis anos de tentativas frustradas. Nas semi-finais foi eliminado pelo Icasa, o que não desanimou a torcida, que ainda estava eufórica pela conquista da vaga na Série B.
O ano foi marcado também pela eleição do novo presidente bicolor, que pela primeira vez foi realizada de maneira direta, possibilitando o voto de todos os sócios[9]. E no dia 1 de dezembro o ex-jogador e ídolo do Paysandu, Vandick Lima foi eleito novo presidente e dirigirá o clube em 2013 e 2014[10].