Phyloscan
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Phyloscan[1][2] é um serviço web service para análise de seqüências de ADN que é livre e aberto a todos usuários (sem necessidade de login).
| Desenvolvedor | Wadsworth Center, New York State Department of Health |
| Lançamento | 14 de março de 2005 |
| Versão estável | 2.2 (28 de janeiro de 2010) |
| Sistema operacional | Multiplataforma |
| Gênero(s) | Bioinformática |
| Página oficial | phyloscan |
Para a localização de pareamentos de seqüências motivo especificadas pelo usuário para um sítio de ligação regulatório, Phyloscan fornece uma varredura estatisticamente sensível de seqüência mistas de ADN alinhados e não alinhados fornecidas pelo usuário. A força do Phyloscan é que ele reúne
- O método Staden[3] para computação da significância estatística,
- O "modelo de motivo de filogenética" funcionalidade de digitalização do software MONKEY[4] este modela relacionamentos evolutivos entre seqüências alinhadas,
- O uso do método Bailey & Gribskov[5] para combinar as estatísticas não-alinhadas em seqüência de dados, e
- A técnica Neuwald & Green[6] para combinar estatísticas em vários sítios de ligação encontrados dentro de uma única região do gene promotor.
- Palumbo, M.J.; Newberg, L.A.; (2010). «Phyloscan: locating transcription-regulating binding sites in mixed aligned and unaligned sequence data». Nucleic Acids Research. 38 (Web server issue). p. W268–W274. PMC 2896078
. PMID 20435683. doi:10.1093/nar/gkq330 - Carmack, C.S.; McCue, L.A.;Newberg, L.A.; Lawrence, C.E. (2007). «PhyloScan: identification of transcription factor binding sites using cross-species evidence». Algorithms for Molecular Biology. 2 (1). PMC 1794230. PMID 17244358. doi:10.1186/1748-7188-2-1
- Staden, R. (1989). «Methods for calculating the probabilities of finding patterns in sequences». Computer Applications in the Biosciences. 5 (2). p. 89–96. PMID 2720468. doi:10.1093/bioinformatics/5.2.89
- Moses. A.M.; Chiang, D.Y.; Pollard, D.A.; Iyer, V. N.; Eisen, M.B. (2004). «MONKEY: identifying conserved transcription-factor binding sites in multiple alignments using a binding site-specific evolutionary model». Genome Biology. 5 (12). p. R98. PMC 545801. PMID 15575972. doi:10.1186/gb-2004-5-12-r98
- Bailey, T.L.; Gribskov, M. (1998). «Methods and statistics for combining motif match scores». Journal of Computational Biology. 5 (2). p. 211–221. PMID 9672829. doi:10.1089/cmb.1998.5.211
- Neuwald, A.F.; Green, P. (1994). «Detecting patterns in protein sequences». Journal of Molecular Biology. 239 (5). p. 698–712. PMID 8014990. doi:10.1006/jmbi.1994.1407
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