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Metabolitos secundários são compostos orgânicos que não estão diretamente envolvidos nos processos de crescimento, desenvolvimento e reprodução dos organismos.[1] Ao contrário dos metabolitos primários, a ausência dos metabolitos secundários não resulta na morte imediata, outrossim, a longo prazo afecta a sobrevivência, fecundidade ou estética do organismo, podendo mesmo não ter qualquer impacto significativo. Os metabolitos secundários são frequentemente restritos a um grupo reduzido de espécies de um grupo filogenético. [2] Os metabolitos secundários têm frequentemente um papel importante nas defesas vegetais contra a herbivoria[3] e outras defesas inter-espécies.
A maioria dos metabolitos secundários com interesse para a Humanidade, encaixa-se em categorias que classificam os metabolitos secundários com base na sua origem biossintética. Uma vez que os metabolitos secundários são muitas vezes produzidos por sintases de metabolitos primários, ou "utilizam" substratos com origem nos metabolitos primários, estas categorias não devem ser interpretadas como se todas as moléculas em cada categoria fossem metabolitos secundários (por exemplo na categoria esteróides), mas sim que existem metabolitos secundários nestas categorias.
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