O início do século XVI coincide com a fase de desenvolvimento das grandes navegações comandadas principalmente por portugueses e espanhóis, e posteriormente ingleses, holandeses e franceses. A América recém-descoberta por Colombo (1492), o estabelecimento do caminho para as Índias por Bartolomeu Dias e Vasco da Gama (entre 1488 e 1498), e a Descoberta do Brasil (1500) marcam a história das extinções modernas. Com os europeus alcançando todos os cantos do mundo, a ciência prospera e iniciam-se as grandes descobertas do mundo animal. Juntamente vem a expansão, a colonização, a dispersão de ratos e animais domésticos, a agricultura, o desmatamento, a caça predatória, entre tantos outros fatores, que provocam várias extinções entre os animais recém descobertos principalmente na América e Austrália. Entretanto, com o passar dos anos, vários outros fatores, como a revolução industrial, o desenvolvimento de novas armas, novos métodos da pecuária e agricultura, culminaram em novas extinções, agora por todos os continentes. Esta é uma listagem de mamíferos que foram descritos pela ciência, mas foram extintos posteriormente. Todas as extinções aqui sofreram algum tipo de interferência provocada pelo homem.
Macropus greyi (Waterhouse, 1846) – Austrália – os últimos indivíduos na natureza foram registrados em 1924, animais em cativeiro sobreviveram até 1937
Todos foram descritos a partir de material sub-fóssil, entretanto estavam associados com restos de roedores dos gêneros Rattus e Mus, acreditando-se que tenham se extinguido com a chegada dos primeiros exploradores europeus
Megaoryzomys curioi (Niethammer, 1964) – ilhas de Galápagos – data de extinção desconhecida, mas acredita-se que extinguiu-se após a introdução de roedores do gênero Mus na ilha
Prolagus sardus (Wagner, 1832) – Sardenha e ilhas vizinhas – em 1774 ainda era abundante na ilha de Tavolara, acredita-se que extinguiu-se no final de 1700 ou início de 1800
Chiroptera
Acerodon lucifer (Elliot, 1896) – Filipinas – os últimos exemplares foram coletados em 1888 e 1892
Pteropus pilosus (Andersen, 1908) – Palau – conhecido somente por dois exemplares coletados em 1874
Pteropus subniger (Kerr, 1792) – ilhas de Reunião e Maurício – em Maurício o ultimo exemplar coletado foi em 1859 e em Reunião foi em 1862, acredita-se que se extinguiram no decorrer da década de 1960
Pteropus tokudae (Tate, 1934) – ilha de Guam – o último exemplar foi morto á tiros em 1968
Thomomys mazama tacomensis (Taylor, 1919) – EUA – o último espécime foi coletado em 1962
Primatas
Procolobus badius waldroni (Hayman, 1936) – Gana e Costa do Marfim – o último exemplar registrado foi em 1978, depois de inúmeras expedições em 1993 a 1999 ele foi declarado extinto em 2000
Equus ferus ferus (Boddaert, 1875) – Tarpan – Europa – os últimos exemplares selvagens foram mortos em 1814, o último em cativeiro morreu em 1879 na Ucrânia
Equus quagga quagga (Boddaert, 1785) – Quagga – África do Sul – o último exemplar morreu em 1883, na natureza acredita-se que tenham sobrevivido até 1878
Artiodactyla
Alcelaphus buselaphus buselaphus (Pallas, 1766) – norte da África – o último animal na natureza foi registrado em 1925 em Marrocos, em cativeiro o último exemplar morreu na França em 1923
Bison bonasus caucasicus (Turkin e Satunin, 1904) – Montes Cáucasos – o último exemplar puro em cativeiro morreu em 1925, na natureza os três últimos animais foram mortos em 1927, hoje só restam animais cruzados
Bison bonasus hunganorum (Kretzoi, 1946) – Cárpatos – o último exemplar morreu em 1790
Capra pyrenaica lusitanica – Cabra-do-Gerês – Portugal – o último exemplar em cativeiro morreu na Espanha em 1890 e na natureza a última aparição foi em 1892 na Serra do Gerês