O grupo é distinguido pelo ângulo de inserção dos flagelos e pelo seu padrão de motilidade em natação, bem como pelas suas características moleculares.[4]
As Bolidophyceae são o grupo irmão das diatomáceas (Bacillariophyceae), embora sejam organismos desprovidos da característica teca ou de estruturas siliciosas,[5] tendo por isso sido propostos como um grupo intermédio entre as diatomáceas e os restantes heterocontes.[4][6]
Classe Bolidophyceae Guillou & Chretiennot-Dinet 1999[7]
Daugbjerg, N.; Guillou, L. (Março 2001). «Phylogenetic analyses of Bolidophyceae (Heterokontophyta) using gene sequences support their sister group relationship to diatoms». Phycologia. 40 (2): 153–161. doi:10.2216/i0031-8884-40-2-153.1