Trzon ekspozycji muzealnej stanowiło egzotarium, akwarium oraz stałe wystawy Muzeum Przyrodniczego PAN. Na strukturę organizacyjną ekspozycji składały się:

akwarium
- akwarium słodkowodne (m.in. arowana srebrna, ryby Jeziora Tanganika)
- akwarium morskie (m.in. skrzydlica, konik morski, błazenka, rozdymka żółta, meduza, rozgwiazda – szkarłupnia, ośmiornica)
- w budowie: rekinarium
egzotarium
- akwaterrarium z basenem dla żółwi (żółw czerwonolicy, skorpucha jaszczurowata)
- herpetarium (m.in. boa dusiciel, pyton siatkowany, pyton tygrysi, pyton ametystowy, kobra, żmija grabarska, biczówka, mokasyn, agama kołnierzasta, iguama kubańska, heloderma, felsuma, waran salvadori, bazyliszki, drzewołazy, żaba rogata)
- terrarium (m.in. żółw lądowy, biczonogi, petrosaurus, dracaenaceae, tamaryny białoczube)
- insektarium (ptaszniki, insekty)
Część stałej ekspozycji Muzeum Przyrodniczego ISEZ PAN
- Sala z Nosorożcem (nosorożec włochaty, czaszka mamuta)
- Sala Skamieniałości
- Sala Minerałów

W ujęciu zoologicznym, w akwarium i egzotarium zgromadzono następujące gatunki^[1]:

Ryby i organizmy wodne
- słodkowodne: ryby Amazonki i jeziora Tanganika,
- słonowodne: ryby i inne zwierzęta zamieszkujące rafy koralowe, mureny, rekiny, koniki morskie, świecące ryby głębinowe
Gady
- kajmany, węże (dusiciele: anakondy, pytony), węże jadowite (żmije, grzechotniki, żararaki, trwożnice, kobry, mokasyny) – największa kolekcja w Polsce
- jaszczurki (warany, iguany, gekony, kameleony, teju, dracena, bazyliszki, biczogony, agamy, helodermy – jedyne na świecie jadowite jaszczurki)
Płazy
- żaby (między innymi: drzewołazy, argentyńskie żaby rogate)
Żółwie
- żółwie wodne i lądowe
Ssaki:
- małpy: tamaryny białoczube

Ekspozycja w latach 2009-2012

Galeria