De Keizersgracht, de tweede van de drie grachten behorende tot de Amsterdamse grachtengordel, werd in 1612 aangelegd. Het deel tussen de Amstel en de Leidsegracht behoort tot de uitleg van 1658. Bij de laatste uitbreiding werd het gedeelte ten oosten van de Amstel gegraven. Dit laatste deel, de Nieuwe Keizersgracht (ook wel de Joodse Keizersgracht genoemd), lag evenals de Nieuwe Herengracht en de Nieuwe Prinsengracht in het welvarende deel van de Amsterdamse Jodenbuurt.
Tussen de zijingang van de Hermitage, nu het H'ART Museum op het adres Nieuwe Keizersgracht 1, en de Weesperstraat ligt de Van Limmikhof (Nieuwe Keizersgracht 1A) uit 1895. Daarnaast ligt Het Hodshonhuis, uit 1876. De gebouwen werden, evenals de aan de Nieuwe Herengracht gelegen 18e-eeuwse huizen Het Corvershof en Amstelrank, in opdracht van de Diaconie gebouwd ter huisvesting en verzorging van bejaarden en zieken. De huizen maken deel uit van het Amstelhoven-complex, waar vroeger ook het gebouw waarin nu de Hermitage Amsterdam is gehuisvest toe behoorde. Zij huisvesten nog steeds aan De Protestante Diaconie Amsterdam verwante organisaties en delen de aan het museum grenzende "Mien Ruys" binnentuin.
In 1772 werd bij de Roetersstraat tussen Nieuwe Keizersgracht en de Nieuwe Kerkstraat de Wittenberg, een Evangelisch-LuthersDiaconiehuis voor oude mannen en vrouwen geopend. Het Amsterdamse stadsbestuur stelde langs de Muidergracht (thans Nieuwe Keizersgracht) een perceel "vrijelijk" ter beschikking en vroeg geen accijnzen. Dit gebaar werd in grote dank aanvaard en door deze ruimhartigheid kon het gebouw ook groter worden dan aanvankelijk de bedoeling was geweest.
Het imposante Van Brants-Rushofje, Nieuwe Keizersgracht 28-44, werd in 1733 in opdracht van Christoffel Brants naar ontwerp van Daniël Marot gebouwd ter huisvesting van kinderloze oudere vrouwen. Het bestuur bestond uit door lutherse ouderlingen aangestelde regenten. De fraaie voorgevel van het huis met dubbele stoep in Lodewijk XIV-stijl, oogt als een patricisch grachtenhuis en toont een zinnebeeldig reliëf dat de weldadigheid symboliseert. Daaronder bevindt zich het adellijke wapen van Brants. Boven de deur staat de naam van het hofje met een gedicht.
Het Hofje van Barmhartigheid, Nieuwe Keizersgracht 94, beter bekend als Occo's hofje, werd in 1774 gebouwd ten behoeve van de rooms-katholiekeouderenzorg. De leuningen van de bijzondere stoep zijn vormgegeven in de stijl van de rococo en eindigen in een adelaarskop.
Abraham Henriquez de Ferrera, grootaandeelhouder van de VOC.
Isaac de Pinto (1717-1787), filosoof tijdens De Verlichting en onder andere bewindhebber bij de VOC. Hij woonde lange tijd op de Nieuwe Keizersgracht bij Abraham Henriquez de Ferrera, grootaandeelhouder van de VOC.
Het restaurant van het museum de Hermitage Amsterdam "Neva" is, via de ingang Nieuwe Keizersgracht 1, vrij toegankelijk.
Stichting Landelijk Homojongeren Overleg (LHJO), is gevestigd geweest in een kelder aan de Nieuwe Keizersgracht in Amsterdam. In 1991 namen zij tijdelijk de uitgave van het magazine Expreszo over, waarmee landelijke publicatie en losse verkoop mogelijk werd gemaakt.
Aan de Nieuwe Keizersgracht 58 zetelde tijdens de Tweede Wereldoorlog de Joodsche Raad, tot aan de ontmanteling en deportatie van de medewerkers in september 1943.
Op nummer 24 is op 13 december 2009 een plaquette geplaatst ter nagedachtenis aan de Joodse familie Kok, die vanuit dit pand zijn weggevoerd en later vermoord in Auschwitz en Mauthausen.
In 2013 is het monument De Schaduwkade onthuld, ter nagedachtenis aan de tweehonderd vermoorde Joodse bewoners van de Nieuwe Keizersgracht tussen de Amstel en Weesperstraat. Het bestaat uit kleine plaquettes op de kaderand, tegenover de huizen waar zij woonden.[1]