Van Urk werd geboren in Leiden, als zoon van onderwijzer Hendrik Thomas van Urk en Jantje Veen. Zijn broer Arend Thomas van Urk (1891-1977) was ook schilder en daarnaast natuurkundige.
Van Urk liet in 1931 een woning bouwen aan de Zwaluwenweg 4 in Blaricum door architect Gerrit Rietveld.[4][5] Hij dreef in dit huis zijn eigen galerie De Ark; hij wilde niet gebonden zijn aan een galeriehouder.