LDK laikais Jurbarko seniūnija buvo vidurio ir pietų Lietuvoje. Jai priklausė ne tik Jurbarko apylinkės, bet žemės į vakarus (net už Pagėgių) ir į pietus (iki Virbalio) nuo Jurbarko. Seniūnija minima nuo XV a. vidurio.
Dabartinė seniūnija įkurta 2007 m. sausio 1 d. ir apima tik miesto teritoriją.
Algirdo-Gedimino seniūnaitija (1392 gyv.): Algirdo g., Gedimino g., Žemaitės g. 12, 14, 16, 18, 20, 21 ir iki sankryžos su Kęstučio g.
Centro seniūnaitija (1928 gyv.): M. Valančiaus g. 6 ir iki sankryžos su Vilniaus g., Vilniaus g., P. Cvirkos g., K. Donelaičio g., Taikos g., Kalninės g., Vasario 16-osios g., S. Daukanto g., Žemaitės g. 1-11, 13, 15, 17, 19, Lauko g. 1, 3, 5, 7, 9, Vytauto Didžiojo g. 7, 9-30, 32, 34, 36, V. Baltrušaičio g., A. Šabaniausko g., B. Nedzinskienės g., J. Banaičio g., R. Marcinkaus g.
Dariaus ir Girėno seniūnaitija (1249 gyv.): Dariaus ir Girėno g.
Kalnėnų seniūnaitija (613 gyv.): P. Paulaičio g., Pramonės g., A. Giedraičio-Giedriaus g., Barkūnų g., Upeivių g., Muitinės g. 1-31, Tėviškės g., B. Vasiliausko g., Sielininkų g., Žiobrinės g., Statybininkų g., Kalnėnų g.
Kęstučio seniūnaitija (2075 gyv.): Kęstučio g.
Miškininkų seniūnaitija (967 gyv.): E. Grinaveckienės g., Muitinės g. nuo 32 iki gatvės pabaigos, Knygnešių g., Lelijų g., Tulpių g., Klevų g., Pušų g., Mituvos g., Miškininkų g., Eglių g., Miško g., V. Grybo g., Vydūno g. 4, 6, 7 ir iki sankryžos su Knygnešių g., Pamituvio g. 1-12.
Naujamiesčio seniūnaitija (1456 gyv.): Mokyklos g., Pilies g., Imsrės g., V. Kudirkos g., Birutės g., Lino g., Purienų g., Lauko g. 2, 4, 6, 8, 11 ir iki sankryžos su Sodų g., Vytauto Didžiojo g. 31, 33, 35 37, 52, 53, 55, Stadiono g., Bišpilio sodo 1-oji g., Bišpilio sodo 2-oji g. Pilies sodo 1-oji g., Pilies sodo 2-oji g.
Nemuno seniūnaitija (1511 gyv.): Nemuno g., Kauno g., Kranto g., Ugniagesių g., Birželio g., Vydūno g. 1, 2, 3, 5, Vytauto Didžiojo g. 1, 2, 3, 4, 5, 6, 8, Pamituvio g. nuo 13 iki sankryžos su Vydūno g., Tilžės g., M. Valančiaus g. 1-5.
