Reisen in der Regentschaft Algier in den Jahren 1836, 1837 und 1838. 3 Bde. Leipzig 1841.
Der Kaukasus und das Land der Kosaken. 2 Bde. Leipzig 1847.
Reise nach dem Ararat und dem Hochlande Armeniens. Stuttgart 1848.
Reise nach Kolchis und nach den deutschen Colonien jenseits des Kaukasus. Arnoldische Buchhandlung, Leipzig 1850
Reise nach Persien und dem Lande der Kurden. 2 Bde. Leipzig 1851.
Carl Scherzer と共著: Reisen in Nordamerika in den Jahren 1852 und 1853. Arnoldische Buchhandlung, Leipzig 1854
Die Republik Costa-Rica. Leipzig 1856.
Über die hydrographischen Verhältnisse und das Vorkommen der Süßwasserfische in den Staaten Panama und Ecuador (= Abhandlungen der königlich bayerischen Akademie der Wissenschaften, II Classe 10, I Abt.). München 1864
Moriz Wagner: Die Darwinsche Theorie und das Migrationsgesetz der Organismen, Leipzig 1868
Moriz Wagner: Naturwissenschaftliche Reisen im tropischen Amerika, Stuttgart 1870
Über den Einfluß der geographischen Isolierung und Kolonienbildung auf die morphologischen Veränderungen der Organismen. München 1871.
Moriz Wagner: Die Entstehung der Arten durch räumliche Sonderung. Gesammelte Aufsätze von Moriz Wagner, gest. den 30. Mai 1887. Basel 1889 (hrsg. von seinem Neffen Moriz Wagner)
Friedrich Ratzel: Wagner, Moritz. In: Allgemeine Deutsche Biographie (ADB). Band 40, Duncker & Humblot, Leipzig 1896, S. 532–543.
Karl von Scherzer: Biographische Skizze. In: Moriz Wagner: Die Entstehung der Arten durch räumliche Sonderung. Basel 1889, S. 9-32