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バルグジン自然保護区(ロシア語: Баргузи́нский запове́дник)はロシア連邦ブリヤート共和国のバルグジン山脈の東斜面に位置し、バイカル湖北岸と湖面の一部を含む自然保護区。名称はバルグジン川に因む。
面積2482km2。1916年にクロテンの保護・繁殖を目的として設立された。かつてのセンターはダヴシャ村だったが、現在はセヴェロバイカリスク市で管理されている。
保護区ではタイガと山岳地の景観も保護されており、グイマツ、ベニマツ、シベリアトウヒ、シベリアモミ、ハイマツ、ヒゲハリスゲ属などの植物および地衣類が生えている。一部に温泉があり、その付近にはスミレ属も生える[1]。キタナキウサギ、シベリアシマリス、ステップマーモット、タイリクモモンガ、アカギツネ、ヒグマ[1]、ヘラジカ、ジャコウジカ、イノシシ、オオカミ、タヌキ、ユキウサギ、トガリネズミ、ズグロマーモット、エゾライチョウなどが生息する。
区域内の河川にはオームリ、シロマス属、チョウザメ、カワヒメマス属(Grayling)、マス、アムールイトウ、レノックなどの魚種が産卵する。
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