CHD1L

CHD1L（chromodomain helicase DNA binding protein 1 like）またはALC1（amplified in liver cancer 1）は、ヒトではCHD1L遺伝子にコードされる酵素である^[5][6]。クロマチンリモデリングのほか、DNA複製、修復や転写のために必要なDNA構造の緩和過程への関与が示唆されている。ATPアーゼドメインとマクロドメインから構成され、ATPアーゼドメイン内の相同性に基づいた分類ではSnf2ファミリーに属する^[7]。

CHD1L
識別子
記号	CHD1L, ALC1, CHDL, chromodomain helicase DNA binding protein 1-like, chromodomain helicase DNA binding protein 1 like
外部ID	OMIM: 613039 MGI: 1915308 HomoloGene: 11590 GeneCards: CHD1L
遺伝子の位置 (ヒト) 染色体 1番染色体 (ヒト)[1] バンド データ無し 開始点 147,242,654 bp[1] 終点 147,295,765 bp[1]
遺伝子の位置 (マウス) 染色体 3番染色体 (マウス)[2] バンド データ無し 開始点 97,468,058 bp[2] 終点 97,517,519 bp[2]
RNA発現パターン さらなる参照発現データ
遺伝子オントロジー 分子機能 • ヌクレオチド結合 • ATPアーゼ活性 • 血漿タンパク結合 • 加水分解酵素活性 • ATP binding • helicase activity • DNA helicase activity 細胞の構成要素 • 細胞膜 • 細胞核 • 核質 • 細胞質基質 生物学的プロセス • global genome nucleotide-excision repair • nucleotide-excision repair, DNA incision • DNA修復 • cellular response to DNA damage stimulus • nucleotide-excision repair, preincision complex stabilization • nucleotide-excision repair, preincision complex assembly • nucleotide-excision repair, DNA incision, 5'-to lesion • クロマチンリモデリング • DNA duplex unwinding • nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding • nucleotide-excision repair, DNA incision, 3'-to lesion 出典:Amigo / QuickGO
オルソログ
種	ヒト	マウス
Entrez	9557	68058
Ensembl	ENSG00000131778	ENSMUSG00000028089
UniProt	Q86WJ1	Q9CXF7
RefSeq (mRNA)	NM_001256336 NM_001256337 NM_001256338 NM_001348451 NM_001348452 NM_001348453 NM_001348454 NM_001348455 NM_001348456 NM_001348457 NM_001348458 NM_001348459 NM_001348460 NM_001348461 NM_001348462 NM_001348463 NM_001348464 NM_001348465 NM_001348466 NM_004284 NM_024568	NM_026539
RefSeq (タンパク質)	NP_001243265 NP_001243266 NP_001243267 NP_004275 NP_078844 NP_001335380 NP_001335381 NP_001335382 NP_001335383 NP_001335384 NP_001335385 NP_001335386 NP_001335387 NP_001335388 NP_001335389 NP_001335390 NP_001335391 NP_001335392 NP_001335393 NP_001335394 NP_001335395	NP_080815
場所 (UCSC)	Chr 1: 147.24 – 147.3 Mb	Chr 1: 97.47 – 97.52 Mb
PubMed検索	[3]	[4]
ウィキデータ
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機能

発生

DNAヘリカーゼであるCHD1Lはクロマチンリモデリング活性を持ち、PARP1によるポリADPリボシル化と相互作用して発生過程のリプログラミング時に多能性を調節している。CHD1LのマクロドメインはポリADPリボシル化PARP1のポリADPリボース部分と相互作用し、初期段階におけるリプログラミングと幹細胞の多能性を促進する^[8]。CHD1Lの発現は、胚発生の初期のイベントに重要であるようである^[9]。

DNA修復

DNA修復の重要な過程が行われるためには、損傷部位のクロマチンのリモデリングが必要である。CHD1Lはクロマチンリモデリングタンパク質であり、DNA修復の最初期の段階で作用する。クロマチン構造の緩和はDNA損傷部位で迅速に行われ^[10]、この過程はPARP1によって開始される。PARP1はDNA損傷部位に損傷後1秒以内に出現し、損傷後1.6秒以内に最大蓄積量の半量の蓄積が完了する^[11]。続いてクロマチンリモデリング因子CHD1LがPARP1の反応産物に迅速に結合し、DNA損傷部位への到着は損傷後10秒以内に完了する^[10]。CHD1Lの作用によるクロマチン構造の緩和は、10秒以内に最大量の半値に達する^[10]。これによってDNA修復酵素MRE11のリクルートが可能になり、13秒以内にDNA修復が開始される^[11]。MRE11は相同組換え修復に関与するタンパク質である。CHD1Lは、紫外線損傷を受けたクロマチンのヌクレオチド除去修復過程にも必要である^[12]。

関連する遺伝疾患

• 1q21.1欠失症候群（英語版）
• 1q21.1重複症候群（英語版）

1q21.1欠失症候群ではCHD1Lの作用が損なわれ、DNA切断の増加が引き起こされる。CHD1Lの役割は、ウェルナー症候群におけるWRNヘリカーゼの役割と類似している^[13]。

出典

1. GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000131778 - Ensembl, May 2017
2. GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000028089 - Ensembl, May 2017
3. Human PubMed Reference:
4. Mouse PubMed Reference:
5. “Identification of genes expressed in human CD34(+) hematopoietic stem/progenitor cells by expressed sequence tags and efficient full-length cDNA cloning”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 95 (14): 8175–80. (July 1998). Bibcode: 1998PNAS...95.8175M. doi:10.1073/pnas.95.14.8175. PMC 20949. PMID 9653160. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC20949/.
6. “Entrez Gene: CHD1L chromodomain helicase DNA binding protein 1-like”. 2022年5月15日閲覧。
7. “Identification of multiple distinct Snf2 subfamilies with conserved structural motifs”. Nucleic Acids Research 34 (10): 2887–905. (2006-05-31). doi:10.1093/nar/gkl295. PMC 1474054. PMID 16738128. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1474054/.
8. “CHD1L Regulated PARP1-Driven Pluripotency and Chromatin Remodeling During the Early-Stage Cell Reprogramming”. Stem Cells 33 (10): 2961–72. (October 2015). doi:10.1002/stem.2116. PMC 4832376. PMID 26201266. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4832376/.
9. “The chromatin remodeling factor Chd1l is required in the preimplantation embryo”. Biology Open 2 (2): 121–31. (February 2013). doi:10.1242/bio.20122949. PMC 3575647. PMID 23429299. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3575647/.
10. “The poly(ADP-ribose)-dependent chromatin remodeler Alc1 induces local chromatin relaxation upon DNA damage”. Molecular Biology of the Cell 27 (24): 3791–3799. (December 2016). doi:10.1091/mbc.E16-05-0269. PMC 5170603. PMID 27733626. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5170603/.
11. “PARP1-dependent kinetics of recruitment of MRE11 and NBS1 proteins to multiple DNA damage sites”. The Journal of Biological Chemistry 283 (2): 1197–208. (January 2008). doi:10.1074/jbc.M706734200. PMID 18025084.
12. “PARP1 promotes nucleotide excision repair through DDB2 stabilization and recruitment of ALC1”. The Journal of Cell Biology 199 (2): 235–49. (October 2012). doi:10.1083/jcb.201112132. PMC 3471223. PMID 23045548. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3471223/.
13. “Understanding the impact of 1q21.1 copy number variant”. Orphanet Journal of Rare Diseases 6: 54. (2011). doi:10.1186/1750-1172-6-54. PMC 3180300. PMID 21824431. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3180300/.

関連文献

• “The addition of 5'-coding information to a 3'-directed cDNA library improves analysis of gene expression”. Gene 146 (2): 199–207. (September 1994). doi:10.1016/0378-1119(94)90293-3. PMID 8076819.
• “Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides”. Gene 138 (1–2): 171–4. (January 1994). doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
• “Construction and characterization of a full length-enriched and a 5'-end-enriched cDNA library”. Gene 200 (1–2): 149–56. (October 1997). doi:10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID 9373149.
• “Cloning and functional analysis of cDNAs with open reading frames for 300 previously undefined genes expressed in CD34+ hematopoietic stem/progenitor cells”. Genome Research 10 (10): 1546–60. (October 2000). doi:10.1101/gr.140200. PMC 310934. PMID 11042152. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC310934/.
• “Creation of genome-wide protein expression libraries using random activation of gene expression”. Nature Biotechnology 19 (5): 440–5. (May 2001). doi:10.1038/88107. PMID 11329013.
• “The macro domain is an ADP-ribose binding module”. The EMBO Journal 24 (11): 1911–20. (June 2005). doi:10.1038/sj.emboj.7600664. PMC 1142602. PMID 15902274. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1142602/.
• “Diversification of transcriptional modulation: large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes”. Genome Research 16 (1): 55–65. (January 2006). doi:10.1101/gr.4039406. PMC 1356129. PMID 16344560. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1356129/.

外部リンク

• Human CHD1L genome location and CHD1L gene details page in the UCSC Genome Browser.