1978年に道徳・政治学アカデミーの会員になった。1931年から1945年まで、フランスの地方部とパリにある幾つかのリセで教えた後、モンペリエ大学の教授となり、その後1979年に退職するまでソルボンヌ大学で教鞭をとった。
アルキエの研究者としてのキャリアは、デカルト主義者である自身と、スピノザ主義者であるライバルのマルシャル・ゲルーとの数十年にわたる論争に支配されていた。アルキエはあらゆる形態の哲学的一元論に対して猛烈に反対し、人間の生活は様々な種類の二元論で満ちていると考えたのである。また、全体主義やマルクス主義にも反対しており、アンドレ・ブルトンの親友として、シュルレアリスム運動にも関わっていた。
アルキエの教え子にはジル・ドゥルーズがいるが、マイケル・ハートによれば、ドゥルーズが哲学を軽んじて生物学や心理学から好んで引用することをアルキエは咎めていたという。ドゥルーズは師の批判に対してその通りだと答えた。そればかりか、ドゥルーズの一番の関心は、科学が必要とする形而上学であって、その逆である哲学が必要とする科学ではない、と言ってアルキエに賛同した。アルキエはドゥルーズの国家博士号請求論文『スピノザと表現の問題』の論文指導も行った。
デカルト、カント、スピノザについて多くの本を書き、またニコラ・ド・マルブランシュについての研究書も出した。アンドレ・ブルトンと親しい関係にあったことから、『シュルレアリスムの哲学』(1955年)という本を上梓した。同書において、シュルレアリスムはある種のヒューマニズムであり、無意識の躍動的な潜在性の価値を認める思想だと述べて、これを支持した。
- Leçon de philosophie, 2 vol., Didier, 1931-1951.
- Notes sur la première partie des Principes de la philosophie de Descartes, Éditions Chantiers, 1933.
- Le Problème moral, Éditions Chantiers, 1933.
- Les États représentatifs, Éditions Chantiers, 1934.
- Les Mouvements et les actes, Éditions Chantiers, 1934.
- Plans de philosophie générale, Éditions Chantiers, 1934; réédition La Table Ronde, "La Petite Vermillon", 2000.
- La Science, Éditions Chantiers, 1934.
- Les Devoirs et la vie morale (plans de morale spéciale), Éditions Chantiers, 1935.
- Notions de psychologie générale, Éditions Chantiers, 1935.
- Les Tendances et la raison, Éditions Chantiers, 1935.
- Les Sciences mathématiques, les sciences de la matière et de la vie, Éditions Chantiers, 1936.
- Les Synthèses représentatives, Éditions Chantiers, 1936.
- Les États affectifs, Éditions Chantiers, 1937.
- Les Opérations intellectuelles, Éditions Chantiers, 1937.
- Le Désir d'éternité, PUF, 1943.
- 野田又夫, 布施佳宏訳『永遠への欲望』以文社、1979年
- Introduction à la lecture de la Critique de la raison pure, PUF, 1943.
- La Découverte métaphysique de l'homme chez Descartes, PUF, 1950.
- La Nostalgie de l'être, PUF, 1950.
- Science et métaphysique chez Descartes, Les Cours de Sorbonne, CDU, 1955.
- Philosophie du surréalisme, Flammarion, 1955.
- 巌谷国士、内田洋訳『シュルレアリスムの哲学』河出書房新社、1981年
- Descartes, l'homme et l'œuvre, Connaissance des Lettres, Hatier, 1956.
- 坂井昭宏訳『デカルトにおける人間の発見』木鐸社、1979年
- L'Expérience, PUF, 1957.
- Édition de textes choisis de l'Éthique de Spinoza, PUF, 1961.
- Édition des Œuvres philosophiques de Descartes, 3 vol., Garnier, 1963-1973.
- Nature et vérité dans la philosophie de Spinoza, Les Cours de Sorbonne, CDU, 1965.
- Solitude de la raison, Le Terrain vague, 1966.
- La Critique kantienne de la métaphysique, PUF, 1968.
- Entretiens sur le surréalisme, W. de Gruyter, 1968.
- Signification de la philosophie, Hachette, 1971.
- Le Cartésianisme de Malebranche, Vrin, 1974.
- Malebranche et le rationalisme chrétien, Seghers, 1977.
- 藤江泰男訳『マルブランシュ――マルブランシュとキリスト教的合理主義』理想社、2006年
- La Conscience affective, Vrin, 1979.
- Le Rationalisme de Spinoza, PUF, 1981.
- Servitude et liberté chez Spinoza, Les Cours de Sorbonne, CDU.
- La Morale de Kant, Les Cours de Sorbonne, 1957.
- Édition des Œuvres philosophiques de Kant, 3 vol., Gallimard, Bibliothèque de la Pléiade, 1980, 1984, 1986.
- Études cartésiennes, Vrin, 1983.
- Bell, J. (2011). "Between Realism and Anti-realism: Deleuze and the Spinozist Tradition in Philosophy". Deleuze Studies. Vol. 5:1-17.
- Peden, K. (2011). "Descartes, Spinoza, and the impasse of French philosophy: Ferdinand Alquie versus Martial Gueroult". Modern Intellectual History. Vol. 8(2): 361-390.