いわゆるウェイドナー年代記(ABC 19としても知られる)では、アッカドのサルゴン(短い年代記では紀元前23世紀頃)が「アッカドの前に」バビロンを建てたと述べている(ABC19:51)。後の年代記では、サルゴンが「バビロンの穴の土を掘り起こし、アッカドの隣にバビロンと対応するもの(都市?)をつくった」と記されている(ABC 20:18-19)。マーク・ヴァン・デ・ミエロープ(Marc Van de Mieroop)は、これらの史料はアッカドのサルゴンではなく、はるかに後のアッシリア王サルゴン2世の新アッシリア帝国に言及している可能性があることを示唆している[23]。
7世紀半ば、拡大するイスラム帝国がメソポタミアに侵攻、定住し、イスラム化の時代が到来した。バビロンは州として解体され、最終的にはアラム語とキリスト教の東方教会は廃れていった。イブン・ハウカル(Ibn Hawqal、10世紀)とアラブの学者ザカリーヤー・カズウィーニー(al-Qazwini、13世紀)は、バビロン(バビル)を小さな村と表現している[56]。ザカリーヤー・カズウィーニーは、休暇中にキリスト教徒とユダヤ人が訪れた「ダニエルのダンジョン」と呼ばれる井戸についても説明している。また、アムラン・イブン・アリ(Amran ibn Ali)の墓神殿(エサギラ神殿の遺跡)はイスラム教徒によって訪問された。
多くの場合、ヨーロッパの旅行者はバビロンの場所を見つけることができなかったか、あるいはファルージャをバビロンと間違えた。12世紀の旅行者であるトゥデラのベンヤミンはバビロンについて言及しているが、彼が実際にバビロンに行ったかどうかは不明である。他の人々はバグダッドをバビロンまたはニューバビロンと呼び、この地域で発見したさまざまな建造物をバベルの塔と呼んだ[58]。ピエトロ・デッラ・ヴァッレ(Pietro della Valle)は17世紀にバビロンのバビルの村を訪れ、瀝青で固められた焼き泥レンガと乾燥泥レンガの両方の存在に気づいている[57][59]。
バグダッドのイギリス東インド会社で働いていたクローディアス・リッチ(Claudius Rich)は、1811年から1812年にかけて、そして1817年に再度、バビロンを発掘した[62][63]。ロバート・ミグナン船長(Captain Robert Mignan)は、1827年にこの遺跡の簡易調査を実施し、1829年にいくつかの村の位置を含むバビロンの地図を完成させた[64][65]。ウィリアム・ロフタス(William Loftus)は1849年にここを訪れた[66]。オースティン・ヘンリー・レイヤードは、この遺跡が放棄される以前の1850年に短期間訪れ、その間にいくつかの調査を実施した[67][68]。
ドイツ考古学研究所によるさらなる発掘作業としては、第二次世界大戦後の1956年にハインリヒ・J・レンツェン(Heinrich J. Lenzen)が、1962年にハンスイェルク・シュミット(Hansjorg Schmid)が率いるチームが行ったものがある。レンツェンの作業は主にヘレニズム劇場を扱っており、シュミットの作業はエテメナンキの神殿ジッグラトに焦点を当てていた[85]。
この遺跡は1974年に、イタリア・トリノの中東・アジア考古学研究・発掘センター(Turin Centre for Archaeological Research and Excavations in the Middle East and Asia)と、イラク・イタリア考古科学協会(Iraqi-Italian Institute of Archaeological Sciences)によって発掘された[86][87]。発掘作業の焦点は、ドイツが昔に得たデータを再調査することによって、数々の疑問点を解決することにあった。1987年から1989年にかけての追加調査は、バビロンのシュアンナ市区にあるイシャラ神殿とニヌルタ神殿の周辺に集中していた[88][89]。
バビロンの修復作業の間、イラク国家古代遺産機構(Iraqi State Organization for Antiquities and Heritage)は広範な調査、発掘、清掃を行ったが、これらの考古学的調査結果の公開範囲は限られていた[90][91]。実際、現代の発掘調査で得られたことが知られている粘土板のほとんどは、未公開のままである[24]。
SBAH(The State Board of Antiquities and Heritage:イラク国立考古学遺産委員会)は、考古学的遺跡の保護を担当する主要機関である。彼らは考古学遺産警察の支援を受け、そこに常駐している。ワールド・モニュメント財団も研究と保全に関わっている。SBAHの州監察本部は、東側の古代の内城壁の境界内にあり、数人の職員とその家族がこの地域の補助金付きの住宅に住んでいる。
Koldewey 1913" Up to the present time only about half the work has been accomplished, although since it began we have worked daily, both summer and winter, with from 200 to 250 workmen" (「現在までで作業は半分ほどしか完了していませんが、作業が始まって以来、夏も冬も毎日、200人から250人の作業員が働いています。」)
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