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制限酵素 ウィキペディアから
EcoRII (えこあーるつー)とは、Escherichia coliで見られる制限修飾系(RM)の制限酵素(REase)である。その分子量は45.2 kDaであり、402残基のアミノ酸で構成されている[1]。
EcoRIIは真正細菌のタイプIIE [2] REaseである。疑似回文構造のDNA 認識配列 5' - CC W GG - 3' (W = AまたはT )の2個[3]または3個 [4] (このうち1個は実際に標的を切断し、残りはアロステリックアクチベーターとして機能する)と相互作用する。 EcoRIIは、粘着末端を生成する標的DNA配列CCWGGを切断する[5]。
認識部位 | 切断結果 |
5 'NN CCWGG NN 3 'NN GGWCC NN |
5 'NN CCWGG NN 3 'NN GGWCC NN |
EcoRIIの構造変異体 R88A( PDB: 1NA6 )のアポ状態の結晶構造 [6] は、2.1Åの分解能で解明されている。EcoRIIの単量体は、ヒンジループを介して結合されたN末端及びC末端ドメインで構成されている。
N末端のエフェクター結合ドメインは、顕著な裂溝を有する典型的なDNA結合性偽バレルフォールド(SCOP 101936)を持つ。構造から、進化的に以下に関連していることが明らかになっている。
C末端触媒ドメインは、典型的な制限酵素様フォールド( SCOP 52979 )を持ち[10]、30を超える巨大な制限酵素スーパーファミリー( SCOP 52980 )の構成タンパク質の一つである。
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