Stabilitosi a Vienna nel 1728, ottenne numerosi incarichi ufficiali, sino alla nomina, nel 1754, a direttore dell'Accademia di arti figurative, carica che detenne sino al 1757. Tra i suoi più celebri lavori, il Trionfo della Ragione, nella decorazione a fresco della biblioteca dell'abbaziabenedettina di Melk (1731-1732).
Affreschi delle volte
Abbazia di Melk: affreschi delle volte nella sala dei marmi e nella Biblioteca, 1731/32; nella sala del ricevimento della prelatura, 1739 (non aperta al pubblico); nella sala Kolomani, con la rappresentazione della storia dell'abbazia, 1745.
Abbazia di Zwettl: affreschi delle volte della biblioteca con temi sulla costruzione dell'abbazia, 1733
Abbazia di Altenburg: affreschi sulla cupola della chiesa abbaziale: un'interpretazione dell'Apocalisse di san Giovanni, uno dei significativi affreschi barocchi dell'Europa centrale, 1733; Biblioteca: affreschi della cupola con personificazioni allegoriche e scene esemplari, nel centro dell'affresco la personificazione della saggezza divina e scene della visita di Salomone alla regina di Saba, 1742
Abbazia di Seitenstetten: Affresco sul soffitto della sala dei marmi, 1735; Affresco sul soffitto della biblioteca, 1741
Abbazia di Geras: Affresco sul soffitto della sala dei marmi (già refettorio estivo): La moltiplicazione dei pani, 1738
Abbazia di Göttweig: Affresco sul soffitto della scala imperiale: Apoteosi dell'imperatore Carlo VI, che è rappresentato nella figura del dio del sole Apollo, 1739
Duomo di Bressanone: ciclo di affreschi sull'Adorazione dell'Agnello (secondo l'Apocalisse di Giovanni) nella navata, sul Concerto di Angeli sull'organo, sull'Assunzione di Maria in cielo, nel presbiterio sopra l'altar maggiore, così come su San Cassiano quale insegnante e messaggero di fede in entrambi i bracci del transetto. Un ulteriore affresco di falsa architettura nella crociera fu distrutto nel 1895. Questi affreschi risalgono al periodo 1748-50.
Firma di Troger nella sala dei marmi nell'Abbazia di Geras (1738)
Scala imperiale nell'abbazia di Altenburg (1739)
Biblioteca nell'abbazia di Altenburg (1742)
Adorazione dell'Agnello nel Duomo di Bressanone (1748–50)
Assunzione di Maria in cielo nel Duomo di Bressanone (1748–50)
Il concerto degli angeli nel Duomo di Bressanone (1748–50)
Affresco sulla volta della Basilica di Santa Maria alle Tre Querce (1750–1752)
Pale d'altare
Troger, Cristo nell'orto degli ulivi, 1730 circa, Bressanone, Museo diocesano
Monguelfo, chiesa parrocchiale di Santa Margherita: altar maggiore con Santa Margherita ed altri santi; altare laterale con Adorazione dei Magi (datato 1737) ed Elemosina di san Giovanni da Nepomuk
Vienna, cappella del castello di Schönbrunn: pala dell'altar maggiore con lo Sposalizio della Vergine, ca. 1744
Salisburgo, chiesa dell'ospedale cittadino di San Biagio: pala di altare laterale con Adorazione dei Magi, 1746
Dommelstadl (Bassa Baviera), chiesa parrocchiale della Santissima Trinità: pala dell'altar maggiore La Santissima Trinità, 1752
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