Il primo documento che parla di Pacino risale al 1303, anno in cui il giovane artista, definito come artifex publicus in arte pictorum, interrompe la sua collaborazione con il pittore Tambo di Serraglio, presso il quale forse aveva condotto il suo apprendistato: questo colloca con buona approssimazione la sua presunta data di nascita a circa un ventennio prima.
L'unica opera firmata da Pacino è un polittico raffigurante la Crocifissione con i santi Nicola, Bartolomeo, Florenzio e Luca (oggi conservato alla Galleria dell'Accademia di Firenze), che porta l'iscrizione SIMON PRESPITERO S. FLORENTII PINGI FECIT HOC OPUS A PACINO BONAGUIDE ANNO DOMINI MCCCX...[1], e che in origine si trovava sull'altare principale della chiesa di San Firenze.
La sua pittura è caratterizzata da uno stile arcaico fortemente legato ai canoni della fine del XIII secolo e influenzato dalle prime opere di Giotto.
Il catalogo delle sue opere è costituito da un'ampia serie di miniature; in particolare si segnalano le iniziali istoriate di alcuni codici:
Polittico con la Crocifissione e i santi Nicola, Bartolomeo, Florenzio e Luca, 136x249 cm, (firmato), 1310-1320 circa, Firenze, Galleria dell'Accademia, inv. n. 8568
scomparto laterale con San Giacomo Maggiore, 47x28 cm,[5]Roma, Asta Christie's del 22 maggio 1980, lotto n. 301 (prov. dalla Collezione Cortese di Castagneto Carducci)
Polittico di San Procolo (?), smembrato e in parte disperso
tre scomparti laterali[3] con San Nicola (?) vescovo, San Giovanni Evangelista e San Procolo (?) vescovo, 71x45 cm ciascuno scomparto, Firenze, Galleria dell'Accademia, inv. nn. 8698-8699-8700
due scomparti di predella con Storie di san Procolo, 27x33 cm circa ciascuno,[8]Cambridge, Harvard University Art Museums, Fogg Art Museum, inv. 1943.110, 1943.111
scomparto di predella con San Procolo celebra la messa alla presenza di un vescovo, Ubicazione sconosciuta (Parigi, Asta Drouot Richelieu, 1992, n. 39)
scomparto di predella con il Martirio di un santo (san Fiorenzo?), Bergamo, Collezione privata
scomparto di predella con la Resurrezione di un fanciullo morto posto sotto la tomba di san Procolo (attribuzione Roberto Longhi, 1948), Francoforte, Collezione privata
scomparto laterale di polittico con San Giacomo maggiore, 61x36 cm,[9], New York, collezione privata
Trittico Wildenstein con la Crocifissione, Compianto sul Cristo morto, Ascensione di Cristo, 46x78 cm, Ubicazione sconosciuta (già a New York, Wildenstein & Co.)
Tabernacolo dipinto con la Crocifissione di Cristo con donatori e storie della vita di Cristo, 45x64 cm,[7]Tucson, The University of Arizona Museum of Art, inv. 61.118 (già a New York, Collezione Samuel. H. Kress, n. K1717)
Crocifissione di Cristo e santi, 27x20 cm, Ubicazione sconosciuta (già a Firenze, Villa I Tatti, The Harvard University Center for Italian Renaissance Studies)
frammento di croce dipinta con Cristo crocifisso, 139x35 cm,[7]Ponce (Puerto Rico), Museo de Arte de Ponce, inv. 62.0259 (già New York, Collezione Samuel H. Kress, inv. K126)
Dittico Strauss con San Giovanni Evangelista in Patmos, Madonna con Bambino in trono e santi, Transito della Madonna, Crocifissione di Cristo, 62x81 cm, New York, The Metropolitan Museum of Art, inv. 64.189.3
Richard Offner, A critical and historical corpus of Florentine painting, Sect. 2., voll. I-II, Firenze 1930.
Roberto Longhi, Giudizio sul Duecento, in «Proporzioni», 2, 1948, pp. 5-54.
Richard Offner, A critical and historical corpus of Florentine painting, Sect. 2., vol. IV, Firenze 1954.
Burton B. Fredericksen e Federico Zeri, Censimento dei dipinti italiani precedenti al XIX secolo nelle collezioni pubbliche di musei del Nord-America, Harvard University Press, Cambridge, 1972.
Marvin Eisenberg, A late trecento Custodia with the life of St. Eustache, in Studies in late medieval and Renaissance painting in honor of Millard Meiss, edited by Irving Lavin and John Plummer, New York 1977, pp. 143-151.
Maria Grazia Ciardi Dupre, I francescani a Firenze: due antifonari della Scuola di Pacino, in Studi di storia dell'arte in memoria di Mario Rotili, Napoli 1984, pp. 243-249.
Miklós Boskovits, A critical and historical corpus of Florentine painting, Sect. 3. The fourteenth century, Vol. IX The painters of the miniaturist tendency, Firenze 1984.
Giovanna Lazzi, Ancora sulla bottega di Pacino: un messale miniato della Biblioteca nazionale di Firenze, in "Antichita viva: rassegna d'arte", XXXIII, n.4 (1994) pp. 5-8.
Agostino Ziino e Francesco Zimei, Quattro frammenti inediti del disperso Laudario di Pacino di Bonaguida, in "Rivista italiana di musicologia", 34 (1999), n. 1, pp. 3-46.
Giusi Zanichelli, Pacino di Bonaguida: un protagonista della miniatura fiorentina, in "Alumina: pagine miniate", N.18 (luglio agosto 2007), pp. 25-33.
Laura Alidori Battaglia, Due manoscritti inediti della bottega di Pacino di Buonaguida, in "Rivista di storia della miniatura", XIII, 2009, pp. 62-72.
Raphaèle Preisinger, Das Bild als Schwelle zum Jenseits: zu Pacino di Bonaguidas 'Lignum vitae' in der Accademia von Florenz, in Topologien der Bilder, München 2008, p. 267-283 ISBN 978-3-7705-4719-7.
Francesca Pasut, Pacino di Bonaguida e le miniature della 'Divina Commedia': un percorso tra codici poco noti, in Da Giotto a Botticelli: pittura fiorentina tra Gotico e Rinascimento, a cura di Francesca Pasut e Johannes Tripps, Firenze 2008, pp. 41-62. ISBN 978-88-09-06176-7
Stella Panayotova, New Miniatures by Pacino di Bonaguida in Cambridge, in "The Burlington Magazine", CLI, n.1272, March 2009, pp. 144-147.
Daniele Guernelli, A new Manuscript for Pacino di Buonaguida, in “Manuscripta: A Journal for Manuscript Research”, 55.2, 2011, pp. 192-204.
Marco Horak, Pareri discordanti sull'attribuzione di una delicata Madonna con il Bambino di alta epoca: Pacino di Buonaguida, Lippo di Benivieni o il Maestro del Trittico Horne?, in "Panorama Musei", Anno XVIII, n. 2, 2013
Daniele Guernelli, Un dimenticato “cutting” di Pacino di Buonaguida, in “Kunstchronik. Monatsschrift für Kunstwissenschaft, Museumswesen und Denkmalpflege”, 8, 2018, pp. 459-462.